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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7e8m | ||||||
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タイトル | Crystal structure of SARS-CoV-2 antibody P2C-1F11 with mutated RBD | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / SARS-CoV-2 spike / receptor binding domain / antibody / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.09 Å | ||||||
データ登録者 | Wang, X.Q. / Zhang, L.Q. / Ge, J.W. / Wang, R.K. / Lan, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Immunity / 年: 2021 タイトル: Analysis of SARS-CoV-2 variant mutations reveals neutralization escape mechanisms and the ability to use ACE2 receptors from additional species. 著者: Wang, R. / Zhang, Q. / Ge, J. / Ren, W. / Zhang, R. / Lan, J. / Ju, B. / Su, B. / Yu, F. / Chen, P. / Liao, H. / Feng, Y. / Li, X. / Shi, X. / Zhang, Z. / Zhang, F. / Ding, Q. / Zhang, T. / Wang, X. / Zhang, L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7e8m.cif.gz | 260.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7e8m.ent.gz | 206.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7e8m.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7e8m_validation.pdf.gz | 459.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7e8m_full_validation.pdf.gz | 463.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7e8m_validation.xml.gz | 28.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7e8m_validation.cif.gz | 42 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e8/7e8m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e8/7e8m | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7cdiS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21907.557 Da / 分子数: 1 / 変異: K417N, E484K, N501Y / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) 遺伝子: S, 2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P0DTC2 |
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#2: 抗体 | 分子量: 22851.592 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
#3: 抗体 | 分子量: 23274.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
#4: 糖 | ChemComp-NAG / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 65 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.2M Ammonium sulfate, 0.1M Tris pH 8.5, 12%w/v PEG 8000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9796 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9796 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.09→26.17 Å / Num. obs: 50710 / % possible obs: 90.92 % / 冗長度: 5.3 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 17.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.09→2.17 Å / Num. unique obs: 3033 / CC1/2: 0.762 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7CDI 解像度: 2.09→26.17 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.85 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 110.55 Å2 / Biso mean: 41.7495 Å2 / Biso min: 20.87 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.09→26.17 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 18
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -59.8228 Å / Origin y: 3.8823 Å / Origin z: 26.8046 Å
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精密化 TLSグループ |
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