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万見
- PDB-7e15: Protein ternary complex working for DNA replication initiation -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7.0E+15
タイトルProtein ternary complex working for DNA replication initiation
要素
  • DNA polymerase II small subunit
  • Gins51
  • SsDNA-specific exonuclease
キーワードDNA BINDING PROTEIN/REPLICATION / DNA replication (DNA複製) / DNA BINDING PROTEIN-REPLICATION COMPLEX / REPLICATION (DNA複製)
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA polymerase complex / エキソデオキシリボヌクレアーゼI / single-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / DNA catabolic process / exonuclease activity / DNA strand elongation involved in DNA replication / nucleic acid binding / DNAポリメラーゼ / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Archaeal GINS complex, Gins51 subunit / : / DHH-CID domain / DNA polymerase II small subunit, archaeal / DNA polymerase delta/II small subunit family / DDH domain / DHH family / DHH phosphoesterase superfamily / DHHA1 domain / DHHA1 domain ...Archaeal GINS complex, Gins51 subunit / : / DHH-CID domain / DNA polymerase II small subunit, archaeal / DNA polymerase delta/II small subunit family / DDH domain / DHH family / DHH phosphoesterase superfamily / DHHA1 domain / DHHA1 domain / DNA polymerase alpha/delta/epsilon, subunit B / DNA polymerase alpha/epsilon subunit B / Metallo-dependent phosphatase-like / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA polymerase II small subunit / DNA replication complex GINS family protein / Single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ
類似検索 - 構成要素
生物種Thermococcus kodakarensis (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Oyama, T. / Ishino, Y.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)18K06081 日本
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2022
タイトル: Family D DNA polymerase interacts with GINS to promote CMG-helicase in the archaeal replisome.
著者: Oki, K. / Nagata, M. / Yamagami, T. / Numata, T. / Ishino, S. / Oyama, T. / Ishino, Y.
履歴
登録2021年1月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22022年5月11日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SsDNA-specific exonuclease
B: Gins51
C: DNA polymerase II small subunit
D: SsDNA-specific exonuclease
E: Gins51
F: DNA polymerase II small subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,3406
ポリマ－138,3406
非ポリマー00
水1,62190
1
A: SsDNA-specific exonuclease
B: Gins51
C: DNA polymerase II small subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,1703
ポリマ－69,1703
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3010 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area24230 Å2
手法PISA
2
D: SsDNA-specific exonuclease
E: Gins51
F: DNA polymerase II small subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,1703
ポリマ－69,1703
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3060 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area23950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.302, 48.308, 205.759
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.195, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質 SsDNA-specific exonuclease


分子量: 52910.023 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermococcus kodakarensis (strain ATCC BAA-918 / JCM 12380 / KOD1) (古細菌)
株: ATCC BAA-918 / JCM 12380 / KOD1 / 遺伝子: TK1252 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5JGL0
#2: タンパク質 Gins51


分子量: 9008.398 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermococcus kodakarensis (strain ATCC BAA-918 / JCM 12380 / KOD1) (古細菌)
株: ATCC BAA-918 / JCM 12380 / KOD1 / 遺伝子: TK0536 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5JF31
#3: タンパク質 DNA polymerase II small subunit / / PolDP1 / Pol II / Exodeoxyribonuclease small subunit


分子量: 7251.381 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermococcus kodakarensis (strain ATCC BAA-918 / JCM 12380 / KOD1) (古細菌)
株: ATCC BAA-918 / JCM 12380 / KOD1 / 遺伝子: polB, TK1902 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q5JET1, DNAポリメラーゼ, エキソデオキシリボヌクレアーゼI
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.31 %
解説: The entry contains friedel pairs in F_plus/minus columns and I_plus/minus columns
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.15 M DL-malic acid (pH 7.0), 20 % (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月29日 / 詳細: two dimensional focusing mirror
放射モノクロメーター: Si double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→50 Å / Num. obs: 93014 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 31.22 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rpim(I) all: 0.077 / Rrim(I) all: 0.11 / Net I/σ(I): 6.9
反射 シェル解像度: 2.45→2.49 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.398 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 16322 / CC1/2: 0.927 / Rpim(I) all: 0.395 / Rrim(I) all: 0.56 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19_4092精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5ghr

5ghr


解像度: 2.45→47.01 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.16 / 位相誤差: 30.6113
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
詳細: The entry contains friedel pairs in F_plus/minus columns and I_plus/minus columns
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2419 4386 4.72 %
Rwork0.2162 88628 -
obs0.2174 93014 95.31 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 37.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→47.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8884 0 0 90 8974
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0029034
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.476812205
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04051380
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00281595
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.18733341
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.45-2.480.3721660.34123047X-RAY DIFFRACTION95.57
2.48-2.510.36851570.3242842X-RAY DIFFRACTION95.03
2.51-2.540.3171720.31353016X-RAY DIFFRACTION94.94
2.54-2.570.30931550.30712993X-RAY DIFFRACTION96.45
2.57-2.60.28371600.29332855X-RAY DIFFRACTION96.42
2.6-2.640.30521810.29623012X-RAY DIFFRACTION95.66
2.64-2.680.30761790.29712887X-RAY DIFFRACTION94.51
2.68-2.720.32381550.28462966X-RAY DIFFRACTION96.87
2.72-2.760.33591420.29222989X-RAY DIFFRACTION96.73
2.76-2.80.32921510.27612962X-RAY DIFFRACTION95.61
2.8-2.850.29351580.28092923X-RAY DIFFRACTION95.12
2.85-2.90.36191490.2693043X-RAY DIFFRACTION97.23
2.9-2.960.29971510.25352907X-RAY DIFFRACTION95.65
2.96-3.020.34581020.25893100X-RAY DIFFRACTION94.68
3.02-3.090.26531370.25232847X-RAY DIFFRACTION96.29
3.09-3.160.27851530.23693005X-RAY DIFFRACTION96.19
3.16-3.240.28761360.23982981X-RAY DIFFRACTION94.43
3.24-3.320.26131270.24772931X-RAY DIFFRACTION95.98
3.33-3.420.2441120.2353036X-RAY DIFFRACTION95.6
3.42-3.530.27561500.20232933X-RAY DIFFRACTION95.21
3.53-3.660.23381570.20192962X-RAY DIFFRACTION94.43
3.66-3.810.21581400.19512891X-RAY DIFFRACTION94.34
3.81-3.980.15621580.17952877X-RAY DIFFRACTION93.38
3.98-4.190.15171250.162869X-RAY DIFFRACTION92.32
4.19-4.450.15511340.15612967X-RAY DIFFRACTION94.34
4.45-4.790.1851530.14762864X-RAY DIFFRACTION93.49
4.79-5.280.20171480.17162978X-RAY DIFFRACTION95.65
5.28-6.040.2021150.18323027X-RAY DIFFRACTION96.17
6.04-7.60.18151100.18082988X-RAY DIFFRACTION96.36
7.6-47.010.18581530.14282930X-RAY DIFFRACTION94.92

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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