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万見
- PDB-7dss: Complex of FMDV and M8 Nab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dss
タイトルComplex of FMDV and M8 Nab
要素
  • M8 Nab
  • VP1 of O type FMDV capsid
  • VP2 of O-type FMDV capsid
  • VP3 of O-type FMDV capsid
  • VP4 of O-type FMDV capsid
キーワードVIRUS (ウイルス) / Nab / complex / FMDV (口蹄疫ウイルス)
生物種Vicugna pacos (アルパカ)
Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Dong, H. / Liu, P.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)No. 31941011, 12034006, 31672592, 31873023, 31811540395, 31772739, 315725153 and 1811540395 中国
引用ジャーナル: Protein Cell / 年: 2022
タイトル: Structural and molecular basis for foot-and-mouth disease virus neutralization by two potent protective antibodies.
著者: Hu Dong / Pan Liu / Manyuan Bai / Kang Wang / Rui Feng / Dandan Zhu / Yao Sun / Suyu Mu / Haozhou Li / Michiel Harmsen / Shiqi Sun / Xiangxi Wang / Huichen Guo /
履歴
登録2021年1月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年5月25日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete icosahedral assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral pentamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral 23 hexamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-30843
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-30843
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: M8 Nab
1: VP1 of O type FMDV capsid
2: VP2 of O-type FMDV capsid
3: VP3 of O-type FMDV capsid
4: VP4 of O-type FMDV capsid


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,5415
ポリマ－91,5415
非ポリマー00
水0
1
A: M8 Nab
1: VP1 of O type FMDV capsid
2: VP2 of O-type FMDV capsid
3: VP3 of O-type FMDV capsid
4: VP4 of O-type FMDV capsid
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,492,443300
ポリマ－5,492,443300
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: M8 Nab
1: VP1 of O type FMDV capsid
2: VP2 of O-type FMDV capsid
3: VP3 of O-type FMDV capsid
4: VP4 of O-type FMDV capsid
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 458 kDa, 25 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)457,70425
ポリマ－457,70425
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: M8 Nab
1: VP1 of O type FMDV capsid
2: VP2 of O-type FMDV capsid
3: VP3 of O-type FMDV capsid
4: VP4 of O-type FMDV capsid
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 549 kDa, 30 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)549,24430
ポリマ－549,24430
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

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要素

#1: タンパク質 M8 Nab


分子量: 13932.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Lama glama (ラマ)
#2: タンパク質 VP1 of O type FMDV capsid


分子量: 22849.139 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス)
#3: タンパク質 VP2 of O-type FMDV capsid


分子量: 23091.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス)
#4: タンパク質 VP3 of O-type FMDV capsid


分子量: 23704.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス)
#5: タンパク質 VP4 of O-type FMDV capsid


分子量: 7963.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1FMDV in complex with M8 Nab口蹄疫ウイルスCOMPLEXall0MULTIPLE SOURCES
2M8 NabCOMPLEX#11RECOMBINANT
3FMDV口蹄疫ウイルスCOMPLEX#2-#51NATURAL
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Vicugna pacos (アルパカ)30538
32Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス)12110
由来(組換発現)生物種: Lama glama (ラマ)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: DARK FIELD
撮影電子線照射量: 30 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1_3660: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
3次元再構成解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 3000 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0076283
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.7198570
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d13.436861
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.047968
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0051110

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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