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- PDB-7dcl: Crystal structure of the Zn-directed tetramer of the engineered c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dcl
タイトルCrystal structure of the Zn-directed tetramer of the engineered cyt cb 562 variant, C96I/A38S AB5
要素engineered cyt cb 562 variant, AB5
キーワードELECTRON TRANSPORT (電子伝達系) / Artificial enzyme (人工酵素) / Metallohydrolase / Directed evolution / METAL BINDING PROTEIN
機能・相同性HEME C
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Song, W.J. / Yu, J.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea)NRF-2019R1C1C1003863 韓国
引用ジャーナル: Chem Sci / 年: 2021
タイトル: Symmetry-related residues as promising hotspots for the evolution of de novo oligomeric enzymes.
著者: Yu, J. / Yang, J. / Seok, C. / Song, W.J.
履歴
登録2020年10月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年3月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: engineered cyt cb 562 variant, AB5
B: engineered cyt cb 562 variant, AB5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,49213
ポリマ－23,6962
非ポリマー1,79611
水1,928107
1
A: engineered cyt cb 562 variant, AB5
B: engineered cyt cb 562 variant, AB5
ヘテロ分子

A: engineered cyt cb 562 variant, AB5
B: engineered cyt cb 562 variant, AB5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,98426
ポリマ－47,3934
非ポリマー3,59122
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_664-y+1,-x+1,-z-1/61
Buried area13510 Å2
ΔGint-648 kcal/mol
Surface area17270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.408, 53.408, 251.610
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-203-

ZN

21B-310-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Auth seq-ID: 1 - 106 / Label seq-ID: 1 - 106

Dom-IDComponent-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
22BB

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要素

#1: タンパク質 engineered cyt cb 562 variant, AB5


分子量: 11848.235 Da / 分子数: 2 / 変異: C96I, A38S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#2: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C / Heme C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.62 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 21% Polyethylene glycol (PEG) 400, bis-tris, ammonium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 11C / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→46.55 Å / Num. obs: 14826 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 34.2 % / Rpim(I) all: 0.021 / Rrim(I) all: 0.12 / Rsym value: 0.118 / Χ2: 6.04 / Net I/σ(I): 88.55 / Num. measured all: 296066
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.45-2.4937.30.1774000.9940.0290.182.89100
2.49-2.5437.10.1714220.9960.0290.1733.034100
2.54-2.5936.20.1663940.9960.0280.1693.063100
2.59-2.64370.1634350.9960.0270.1653.28100
2.64-2.735.50.1634090.9850.0280.1654.08100
2.7-2.7635.10.1544150.9970.0260.1563.614100
2.76-2.8332.30.1484250.9950.0270.1513.918100
2.83-2.936.20.144070.9960.0240.1423.72599.8
2.9-2.9936.40.1414260.9960.0240.1434.36199.8
2.99-3.0935.40.1344240.9970.0230.1363.655100
3.09-3.235.20.134160.9970.0220.1324.419100
3.2-3.3233.80.124300.9980.0210.1224.017100
3.32-3.4831.40.124190.9960.0220.1225.254100
3.48-3.6635.30.1154250.9950.0190.1175.467100
3.66-3.8934.40.114530.9940.0190.1126.72100
3.89-4.1934.60.114300.9950.0190.1127.58100
4.19-4.61310.1044460.9960.0190.1067.61100
4.61-5.2834.60.1094590.9960.0190.1119.368100
5.28-6.6531.20.1254780.9780.0230.12712.79899.6
6.65-5026.90.0975430.9970.0190.09922.15499.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3.58 Å45.49 Å
Translation3.58 Å45.49 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3QI5

3qi5


解像度: 2.45→45.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.885 / SU B: 8.931 / SU ML: 0.199 / SU R Cruickshank DPI: 0.8138 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.814 / ESU R Free: 0.306 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2563 420 4.9 %RANDOM
Rwork0.1973 ---
obs0.2001 8155 99.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 107.43 Å2 / Biso mean: 37.945 Å2 / Biso min: 19.76 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.25 Å2-0.12 Å2-0 Å2
2---0.25 Å20 Å2
3---0.81 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.45→45.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1660 0 95 107 1862
Biso mean--30.81 37.17 -
残基数----212
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0131805
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0171627
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3521.7252467
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2151.6463758
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0015212
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg45.20825.60491
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.9215300
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg4.641154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0550.2225
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022093
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02383
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 3257 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.1 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.452→2.516 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.412 30 -
Rwork0.194 572 -
all-602 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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