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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7d7c | ||||||
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タイトル | CryoEM structure of gp55-dependent RNA polymerase-promoter open complex | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / RNA polymerase (RNAポリメラーゼ) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 DNA-directed RNA polymerase complex / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / ポリメラーゼ / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) Escherichia coli 1-392-07_S4_C3 (大腸菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | ||||||
データ登録者 | Shi, J. / Wen, A. / Jin, S. / Feng, Y. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Transcription activation by a sliding clamp. 著者: Jing Shi / Aijia Wen / Sha Jin / Bo Gao / Yang Huang / Yu Feng / 要旨: Transcription activation of bacteriophage T4 late genes is accomplished by a transcription activation complex containing RNA polymerase (RNAP), the promoter specificity factor gp55, the coactivator ...Transcription activation of bacteriophage T4 late genes is accomplished by a transcription activation complex containing RNA polymerase (RNAP), the promoter specificity factor gp55, the coactivator gp33, and a universal component of cellular DNA replication, the sliding clamp gp45. Although genetic and biochemical studies have elucidated many aspects of T4 late gene transcription, no precise structure of the transcription machinery in the process is available. Here, we report the cryo-EM structures of a gp55-dependent RNAP-promoter open complex and an intact gp45-dependent transcription activation complex. The structures reveal the interactions between gp55 and the promoter DNA that mediate the recognition of T4 late promoters. In addition to the σR2 homology domain, gp55 has a helix-loop-helix motif that chaperons the template-strand single-stranded DNA of the transcription bubble. Gp33 contacts both RNAP and the upstream double-stranded DNA. Gp45 encircles the DNA and tethers RNAP to it, supporting the idea that gp45 switches the promoter search from three-dimensional diffusion mode to one-dimensional scanning mode. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7d7c.cif.gz | 594.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7d7c.ent.gz | 474.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7d7c.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d7/7d7c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d7/7d7c | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 3種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 36558.680 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: U9ZUN7, ポリメラーゼ #2: タンパク質 | | 分子量: 150820.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Escherichia coli 1-392-07_S4_C3 (大腸菌) 遺伝子: rpoB, AD40_4833 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A080FHH4, ポリメラーゼ #3: タンパク質 | | 分子量: 155366.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D7Y6A2, ポリメラーゼ |
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-DNA鎖 , 2種, 2分子 TN
#4: DNA鎖 | 分子量: 18203.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌) |
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#6: DNA鎖 | 分子量: 18155.713 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌) |
-タンパク質 , 1種, 1分子 F
#5: タンパク質 | 分子量: 21565.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
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-非ポリマー , 2種, 3分子
#7: 化合物 | ChemComp-MG / |
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#8: 化合物 |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: gp55-dependent RNA polymerase-promoter open complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#6 / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) |
緩衝液 | pH: 7.9 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | 電子線照射量: 59 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 57776 / 対称性のタイプ: POINT |