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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7d5x | ||||||||||||
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タイトル | Bovine heart cytochrome c oxidase in a catalytic intermediate, IO10, at 1.74 angstrom resolution | ||||||||||||
要素 | (Cytochrome c oxidase subunit ...シトクロムcオキシダーゼ) x 13 | ||||||||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / cytochrome c oxidase membrane protein heme protein | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 TP53 Regulates Metabolic Genes / respiratory chain complex IV assembly / Cytoprotection by HMOX1 / mitochondrial respirasome assembly / respiratory chain complex IV / Respiratory electron transport / regulation of oxidative phosphorylation / mitochondrial respiratory chain complex IV / mitochondrial respirasome / シトクロムcオキシダーゼ ...TP53 Regulates Metabolic Genes / respiratory chain complex IV assembly / Cytoprotection by HMOX1 / mitochondrial respirasome assembly / respiratory chain complex IV / Respiratory electron transport / regulation of oxidative phosphorylation / mitochondrial respiratory chain complex IV / mitochondrial respirasome / シトクロムcオキシダーゼ / 酸化的リン酸化 / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / electron transport coupled proton transport / cytochrome-c oxidase activity / ATP synthesis coupled electron transport / enzyme regulator activity / central nervous system development / ミトコンドリア内膜 / oxidoreductase activity / copper ion binding / heme binding / ミトコンドリア / 核質 / metal ion binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.74 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Tsukihara, T. / Shimada, A. | ||||||||||||
資金援助 | 日本, 3件
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引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021 タイトル: Critical roles of the Cu B site in efficient proton pumping as revealed by crystal structures of mammalian cytochrome c oxidase catalytic intermediates. 著者: Shimada, A. / Hara, F. / Shinzawa-Itoh, K. / Kanehisa, N. / Yamashita, E. / Muramoto, K. / Tsukihara, T. / Yoshikawa, S. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7d5x.cif.gz | 1.5 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7d5x.ent.gz | 1.2 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7d5x.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d5/7d5x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d5/7d5x | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-Cytochrome c oxidase subunit ... , 13種, 26分子 ANBOCPDQERFSGTHUIVJWKXLYMZ
#1: タンパク質 | 分子量: 57093.852 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00396, シトクロムcオキシダーゼ #2: タンパク質 | 分子量: 26068.404 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P68530, シトクロムcオキシダーゼ #3: タンパク質 | 分子量: 29725.328 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00415, シトクロムcオキシダーゼ #4: タンパク質 | 分子量: 16913.367 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00423 #5: タンパク質 | 分子量: 12083.727 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00426 #6: タンパク質 | 分子量: 10233.528 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00428 #7: タンパク質 | 分子量: 9452.687 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P07471 #8: タンパク質 | 分子量: 9411.600 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00429 #9: タンパク質 | 分子量: 8537.019 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P04038 #10: タンパク質 | 分子量: 6553.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P07470 #11: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5442.168 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P13183 #12: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5362.319 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00430 #13: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4738.523 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P10175 |
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-糖 , 1種, 23分子
#21: 糖 | ChemComp-DMU / |
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-非ポリマー , 16種, 2742分子
#14: 化合物 | ChemComp-HEA / #15: 化合物 | #16: 化合物 | #17: 化合物 | ChemComp-NA / #18: 化合物 | ChemComp-PGV / ( #19: 化合物 | #20: 化合物 | ChemComp-EDO / #22: 化合物 | ChemComp-TGL / #23: 化合物 | #24: 化合物 | #25: 化合物 | ChemComp-CHD / #26: 化合物 | ChemComp-PEK / ( #27: 化合物 | ChemComp-CDL / #28: 化合物 | #29: 化合物 | #30: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.6 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: batch mode / pH: 6.7 / 詳細: PEG 4000, Sodium Phosphate Buffer |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 50 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.74→137 Å / Num. obs: 663784 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 8.7 % / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rpim(I) all: 0.033 / Net I/σ(I): 30.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.74→1.76 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 16459 / Rpim(I) all: 0.362 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5B1A 解像度: 1.74→39.699 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 19.16 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.74→39.699 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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