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- PDB-7d58: cryo-EM structure of human RNA polymerase III in elongating state -

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基本情報

登録情報

データベース: PDB / ID: 7d58

タイトル

cryo-EM structure of human RNA polymerase III in elongating state

要素

(DNA-directed RNA polymerase III subunit ...ポリメラーゼ) x 10
(DNA-directed RNA polymerases I and III subunit ...) x 2
(DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ...RNAポリメラーゼ) x 5
Non-template DNA
RNAリボ核酸
Template DNA

キーワード

TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) /

RNA Polymerase III (RNAポリメラーゼIII)

機能・相同性

機能・相同性情報

snRNA transcription by RNA polymerase III / RNA Polymerase III Chain Elongation / RNA Polymerase III Transcription Termination /

calcitonin gene-related peptide receptor activity / DNA/RNA hybrid binding / regulation of transcription by RNA polymerase I / RPAP3/R2TP/prefoldin-like complex / regulation of transcription by RNA polymerase III /

DNA polymerase III complex / Cytosolic sensors of pathogen-associated DNA ...snRNA transcription by RNA polymerase III / RNA Polymerase III Chain Elongation / RNA Polymerase III Transcription Termination /

DNA polymerase III complex / Cytosolic sensors of pathogen-associated DNA / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 3 Promoter / RNA Polymerase III Abortive And Retractive Initiation /

RNA polymerase III activity / positive regulation of innate immune response / Abortive elongation of HIV-1 transcript in the absence of Tat / nucleobase-containing compound metabolic process / MicroRNA (miRNA) biogenesis / RNA Polymerase I Transcription Termination / FGFR2 alternative splicing / Viral Messenger RNA Synthesis / Signaling by FGFR2 IIIa TM / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE during HIV infection / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / Formation of the HIV-1 Early Elongation Complex / mRNA Capping / termination of RNA polymerase III transcription / PIWI-interacting RNA (piRNA) biogenesis /

RNA polymerase I activity / mRNA Splicing - Minor Pathway / HIV Transcription Initiation / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape / Transcription of the HIV genome / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance /

transcription initiation at RNA polymerase III promoter / tRNA transcription by RNA polymerase III / RNA Polymerase I Transcription Initiation / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / neuropeptide signaling pathway / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat /

RNA polymerase I complex / transcription by RNA polymerase I /

RNA polymerase III complex / transcription by RNA polymerase III / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat /

RNA polymerase II, core complex / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / Inhibition of DNA recombination at telomere / positive regulation of interferon-beta production / mRNA Splicing - Major Pathway / acrosomal vesicle /

デオキシリボ核酸 / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / RNA Polymerase I Promoter Escape / Transcriptional regulation by small RNAs / NoRC negatively regulates rRNA expression / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / Transcription-Coupled Nucleotide Excision Repair (TC-NER) /

ribonucleoside binding / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex /

核小体 / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity /

ポリメラーゼ / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER /

single-stranded DNA binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding /

double-stranded DNA binding / defense response to virus / Estrogen-dependent gene expression / cell population proliferation / transcription by RNA polymerase II /

nucleic acid binding / protein stabilization /

nuclear body /

protein dimerization activity /

nucleotide binding / intracellular membrane-bounded organelle /

自然免疫系 /

中心体 / DNA-templated transcription /

chromatin binding / magnesium ion binding /

DNA binding / zinc ion binding /

核質
類似検索 - 分子機能

DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC5, C-terminal /

DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC5 C-terminal /

DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC4 / RNA polymerase III RPC4 /

DNA-directed RNA polymerase III, subunit Rpc31 /

DNA-directed RNA polymerase III subunit Rpc31 /

Pol III subunit C11, C-terminal zinc ribbon /

DNA-directed RNA polymerase III subunit Rpc5 /

DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC1, N-terminal /

DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC1, C-terminal ...

DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC5, C-terminal /

DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC5 C-terminal /

DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC4 / RNA polymerase III RPC4 /

DNA-directed RNA polymerase III, subunit Rpc31 /

DNA-directed RNA polymerase III subunit Rpc31 /

Pol III subunit C11, C-terminal zinc ribbon /

DNA-directed RNA polymerase III subunit Rpc5 /

DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC1, N-terminal /

DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC1, C-terminal / RPC5 protein /

RNA polymerase III, subunit Rpc25 /

DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC9 /

RNA polymerase III subunit Rpc25 / RNA polymerase Rpc34 / RNA polymerase III Rpc82, C -terminal / RNA polymerase Rpc34-like /

DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC3 / RNA polymerase Rpc34 subunit /

RNA polymerase III subunit RPC82 /

DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC3, helical hairpin domain /

RNA polymerase III subunit RPC82-related, helix-turn-helix /

RNA polymerase III subunit RPC82 helix-turn-helix domain /

DNA-directed RNA polymerase, subunit E/RPC8 / DNA-directed RNA polymerases I and III subunit AC19 / DNA-directed RNA polymerases I and III subunit AC40 / RNA polymerase Rpb4/RPC9, core / DNA-directed RNA-polymerase II subunit / Rpb4/RPC9 superfamily /

RNA polymerase subunit Rpb4/RPC9 / RNA polymerase Rpb4 / Zinc finger TFIIS-type signature. /

RNA polymerase subunit Rpb7-like / RNA polymerase Rpb7-like , N-terminal / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain superfamily / SHS2 domain found in N terminus of Rpb7p/Rpc25p/MJ0397 / HRDC-like superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 /

DNA-directed RNA polymerase, M/15kDa subunit / RNA polymerases M/15 Kd subunit /

RNA polymerase subunit 9 /

DNA-directed RNA polymerase subunit RPABC5/Rpb10 /

RNA polymerases, subunit N, zinc binding site /

RNA polymerase subunit RPB10 / RNA polymerases N / 8 kDa subunit / RNA polymerases N / 8 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase M, 15kDa subunit, conserved site / RNA polymerases M / 15 Kd subunits signature. /

DNA-directed RNA polymerase subunit/transcription factor S /

RNA polymerase, Rpb8 /

DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / RNA polymerase Rpb8 /

RNA polymerase subunit 8 /

RNA polymerase, Rpb5, N-terminal / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain /

DNA-directed RNA polymerase, subunit RPB6 / DNA directed RNA polymerase, 7 kDa subunit /

DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11 / RNA polymerase archaeal subunit P/eukaryotic subunit RPABC4 /

RNA polymerase, subunit H/Rpb5, conserved site / RNA polymerases H / 23 Kd subunits signature. /

RNA polymerase subunit CX / DNA-directed RNA polymerase Rpb11, 13-16kDa subunit, conserved site /

DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5/Rpb5 / RNA polymerases L / 13 to 16 Kd subunits signature. /

Zinc finger, TFIIS-type / Transcription factor S-II (TFIIS) / Zinc finger TFIIS-type profile. / C2C2 Zinc finger /

DNA-directed RNA polymerase, 30-40kDa subunit, conserved site /

DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3/Rpb3/RPAC1 / RNA polymerases D / 30 to 40 Kd subunits signature. /

DNA-directed RNA polymerase, RBP11-like dimerisation domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain /

RNA polymerase, subunit H/Rpb5 C-terminal /

RNA polymerase subunit RPABC4/transcription elongation factor Spt4 / RPB5-like RNA polymerase subunit superfamily / RNA polymerase Rpb5, C-terminal domain / Archaeal Rpo6/eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit /

DNA-directed RNA polymerase, 14-18kDa subunit, conserved site / RNA polymerases K / 14 to 18 Kd subunits signature. / RNA polymerase Rpb6 /

RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily /

DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 /

RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 4
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

電子顕微鏡法 /

単粒子再構成法 /

クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Wang, Q. / Wan, F. / Lan, P. / Wu, J. / Lei, M.

引用

ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2021
タイトル: Structural insights into transcriptional regulation of human RNA polymerase III.
著者: Qianmin Wang / Shaobai Li / Futang Wan / Youwei Xu / Zhenfang Wu / Mi Cao / Pengfei Lan / Ming Lei / Jian Wu /

要旨: RNA polymerase III (Pol III) synthesizes structured, essential small RNAs, such as transfer RNA, 5S ribosomal RNA and U6 small nuclear RNA. Pol III, the largest nuclear RNA polymerase, is composed of ...

履歴

登録	2020年9月25日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年2月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年2月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed
改定 1.2	2024年3月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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集合体

登録構造単位

A: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC1

B: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC2

C: DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC1

D: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC9

E: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1

F: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2

G: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC8

H: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3

I: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC10

J: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5

K: DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC2

L: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4

M: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC5

N: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC4

O: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC3

P: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC6

Q: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC7

R: Non-template DNA

S: Template DNA

T: RNA

ヘテロ分子

741 kDa, 20 ポリマー
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登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: microscopy

-
要素

-
DNA-directed RNA polymerase III subunit ... , 10種, 10分子 ABDGIMNOPQ

#1: タンパク質	DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC1 / ポリメラーゼ / RNA polymerase III subunit C1 / DNA-directed RNA polymerase III largest subunit / DNA-directed RNA ...RNA polymerase III subunit C1 / DNA-directed RNA polymerase III largest subunit / DNA-directed RNA polymerase III subunit A / RNA polymerase III 155 kDa subunit / RPC155 / RNA polymerase III subunit C160 分子量: 155860.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O14802, ポリメラーゼ
#2: タンパク質	DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC2 / ポリメラーゼ / RNA polymerase III subunit C2 / C128 / DNA-directed RNA polymerase III 127.6 kDa polypeptide / DNA- ...RNA polymerase III subunit C2 / C128 / DNA-directed RNA polymerase III 127.6 kDa polypeptide / DNA-directed RNA polymerase III subunit B 分子量: 127953.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NW08, ポリメラーゼ
#4: タンパク質	DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC9 / ポリメラーゼ / RNA polymerase III subunit C9 / Calcitonin gene-related peptide-receptor component protein / HsC17 分子量: 16893.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O75575
#7: タンパク質	DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC8 / ポリメラーゼ / RNA polymerase III subunit C8 / DNA-directed RNA polymerase III subunit H / RNA polymerase III ...RNA polymerase III subunit C8 / DNA-directed RNA polymerase III subunit H / RNA polymerase III subunit 22.9 kDa subunit / RPC22.9 分子量: 22938.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y535
#9: タンパク質	DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC10 / ポリメラーゼ / RNA polymerase III subunit C10 / DNA-directed RNA polymerase III subunit K / RNA polymerase III 12. ...RNA polymerase III subunit C10 / DNA-directed RNA polymerase III subunit K / RNA polymerase III 12.5 kDa subunit / RPC12.5 / RNA polymerase III subunit C11 / hRPC11 分子量: 12354.104 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y2Y1
#13: タンパク質	DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC5 / ポリメラーゼ / RNA polymerase III subunit C5 / DNA-directed RNA polymerase III 80 kDa polypeptide 分子量: 80004.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NVU0
#14: タンパク質	DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC4 / ポリメラーゼ / RNA polymerase III subunit C4 / DNA-directed RNA polymerase III subunit D / Protein BN51 / RNA ...RNA polymerase III subunit C4 / DNA-directed RNA polymerase III subunit D / Protein BN51 / RNA polymerase III 47 kDa subunit / RPC53 homolog 分子量: 44471.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P05423
#15: タンパク質	DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC3 / ポリメラーゼ / RNA polymerase III subunit C3 / DNA-directed RNA polymerase III subunit C / RNA polymerase III 62 ...RNA polymerase III subunit C3 / DNA-directed RNA polymerase III subunit C / RNA polymerase III 62 kDa subunit / RPC62 分子量: 60692.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BUI4
#16: タンパク質	DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC6 / ポリメラーゼ / RNA polymerase III subunit C6 / DNA-directed RNA polymerase III subunit F / RNA polymerase III 39 ...RNA polymerase III subunit C6 / DNA-directed RNA polymerase III subunit F / RNA polymerase III 39 kDa subunit / RPC39 分子量: 35726.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9H1D9
#17: タンパク質	DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC7 / ポリメラーゼ / RNA polymerase III subunit C7 / DNA-directed RNA polymerase III subunit G / RNA polymerase III 32 ...RNA polymerase III subunit C7 / DNA-directed RNA polymerase III subunit G / RNA polymerase III 32 kDa apha subunit / RPC32-alpha / RNA polymerase III 32 kDa subunit / RPC32 分子量: 25953.510 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O15318

-
DNA-directed RNA polymerases I and III subunit ... , 2種, 2分子 CK

#3: タンパク質	DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC1 / RNA polymerases I and III subunit AC1 / AC40 / DNA-directed RNA polymerases I and III 40 kDa ...RNA polymerases I and III subunit AC1 / AC40 / DNA-directed RNA polymerases I and III 40 kDa polypeptide / RPA40 / RPA39 / RPC40 分子量: 39301.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O15160
#11: タンパク質	DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC2 / RNA polymerases I and III subunit AC2 / AC19 / DNA-directed RNA polymerase I subunit D / RNA ...RNA polymerases I and III subunit AC2 / AC19 / DNA-directed RNA polymerase I subunit D / RNA polymerase I 16 kDa subunit / RPA16 / RPC16 / hRPA19 分子量: 15259.222 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DPB6

#3: タンパク質

DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC1 / RNA polymerases I and III subunit AC1 / AC40 / DNA-directed RNA polymerases I and III 40 kDa ...

分子量: 39301.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然)

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O15160

#11: タンパク質

DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC2 / RNA polymerases I and III subunit AC2 / AC19 / DNA-directed RNA polymerase I subunit D / RNA ...

分子量: 15259.222 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然)

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DPB6

-
DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ... , 5種, 5分子 EFHJL

#5: タンパク質	DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / RNAポリメラーゼ / RNA polymerases I / II / and III subunit ABC1 / DNA-directed RNA polymerase II 23 kDa polypeptide / ...RNA polymerases I / II / and III subunit ABC1 / DNA-directed RNA polymerase II 23 kDa polypeptide / DNA-directed RNA polymerase II subunit E / RPB5 homolog / XAP4 分子量: 24584.223 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P19388
#6: タンパク質	DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / RNAポリメラーゼ / RNA polymerases I / II / and III subunit ABC2 / DNA-directed RNA polymerase II subunit F / DNA- ...RNA polymerases I / II / and III subunit ABC2 / DNA-directed RNA polymerase II subunit F / DNA-directed RNA polymerases I / and III 14.4 kDa polypeptide / RPABC14.4 / RPB14.4 / RPB6 homolog / RPC15 分子量: 14491.026 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61218
#8: タンパク質	DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / RNAポリメラーゼ / RNA polymerases I / II / and III subunit ABC3 / DNA-directed RNA polymerase II subunit H / DNA- ...RNA polymerases I / II / and III subunit ABC3 / DNA-directed RNA polymerase II subunit H / DNA-directed RNA polymerases I / and III 17.1 kDa polypeptide / RPB17 / RPB8 homolog / hRPB8 分子量: 17162.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P52434
#10: タンパク質	DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / RNAポリメラーゼ分子量: 7655.123 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62875*PLUS
#12: タンパク質	DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / RNAポリメラーゼ / RNA polymerases I / II / and III subunit ABC4 / ABC10-alpha / DNA-directed RNA polymerase II ...RNA polymerases I / II / and III subunit ABC4 / ABC10-alpha / DNA-directed RNA polymerase II subunit K / RNA polymerase II 7.0 kDa subunit / RPB7.0 / RPB10alpha 分子量: 7018.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P53803

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 RS

#18: DNA鎖	Non-template DNA 分子量: 12596.099 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#19: DNA鎖	Template DNA 分子量: 12664.114 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
RNA鎖 , 1種, 1分子 T

#20: RNA鎖	RNA / リボ核酸分子量: 6345.783 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 2種, 8分子

#21: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#22: 化合物	ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄S₄

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

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実験情報

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実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素	名称: Human Pol3 EC / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#20 / 由来: MULTIPLE SOURCES
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液	pH: 8
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影	電子線照射量: 50 e/Å² / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正	タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成	解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 155030 / 対称性のタイプ: POINT

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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