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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7cvj | ||||||
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タイトル | Crystal structure of lysozyme by fixed-target serial synchrotron crystallography (100 ms) | ||||||
要素 | Lysozyme C | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / room temperature structure / serial crystallography / serial synchrotron crystallography | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 抗微生物ペプチド / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium ...抗微生物ペプチド / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / 小胞体 / extracellular space / identical protein binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Gallus gallus (ニワトリ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å | ||||||
データ登録者 | Nam, K.H. | ||||||
資金援助 | 韓国, 1件
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引用 | ジャーナル: Crystals / 年: 2020 タイトル: Fixed-Target Serial Synchrotron Crystallography Using Nylon Mesh and Enclosed Film-Based Sample Holder 著者: Park, S.Y. / Choi, H. / Eo, C. / Cho, Y. / Nam, K.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7cvj.cif.gz | 62.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7cvj.ent.gz | 44.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7cvj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cv/7cvj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cv/7cvj | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 7cvkC 7cvlC 7cvmC 6jxqS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
実験データセット #1 | データ参照: 10.11577/1659489 / データの種類: diffraction image data |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16257.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, リゾチーム | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-NA / | ||||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.09 % |
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結晶化 | 温度: 293.5 K / 手法: small tubes / 詳細: sodium acetate, PEG 8000, NaCl |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298.15 K / Serial crystal experiment: Y |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 11C / 波長: 0.97942 Å |
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月3日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97942 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→80 Å / Num. obs: 20320 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 427 % / CC1/2: 0.9969 / CC star: 0.9877 / Net I/σ(I): 7.94 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.55 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.24 / Num. unique obs: 1969 / CC1/2: 0.584 / CC star: 0.8587 |
Serial crystallography sample delivery | 手法: fixed target |
Serial crystallography sample delivery fixed target | Sample dehydration prevention: polyimide films / Sample holding: nylon-mesh |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6JXQ 解像度: 1.5→56.18 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 17.38 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 82.15 Å2 / Biso mean: 26.2989 Å2 / Biso min: 12.22 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.5→56.18 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14 / % reflection obs: 100 %
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