[日本語] English
万見
- PDB-7coj: Crystal structure of the b-carbonic anhydrase CafA of the fungal ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7coj
タイトルCrystal structure of the b-carbonic anhydrase CafA of the fungal pathogen Aspergillus fumigatus
要素Carbonic anhydrase炭酸脱水酵素
キーワードLYASE (リアーゼ) / b-class carbonic anhydrase / CafA / zinc metalloenzyme / Aspergillus fumigatus (アスペルギルス・フミガーツス)
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to carbon dioxide / carbon utilization / 炭酸脱水酵素 / carbonate dehydratase activity / cellular response to oxidative stress / zinc ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Prokaryotic-type carbonic anhydrases signature 2. / Carbonic anhydrase, prokaryotic-like, conserved site / 炭酸脱水酵素 / Carbonic anhydrase superfamily / 炭酸脱水酵素 / 炭酸脱水酵素
類似検索 - ドメイン・相同性
5-ACETAMIDO-1,3,4-THIADIAZOLE-2-SULFONAMIDE / 炭酸脱水酵素
類似検索 - 構成要素
生物種Neosartorya fumigata (アスペルギルス・フミガーツス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Jin, M.S. / Kim, S. / Yeon, J. / Sung, J.
資金援助 韓国, 2件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea)NRF-2017M3A9F6029753 韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)NRF-2019M3E5D6063908 韓国
引用ジャーナル: Mol.Cells / 年: 2020
タイトル: Crystal Structure of beta-Carbonic Anhydrase CafA from the Fungal Pathogen Aspergillus fumigatus .
著者: Kim, S. / Yeon, J. / Sung, J. / Jin, M.S.
履歴
登録2020年8月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Carbonic anhydrase
B: Carbonic anhydrase
C: Carbonic anhydrase
D: Carbonic anhydrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,62112
ポリマ－123,4704
非ポリマー1,1518
水9,404522
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19450 Å2
ΔGint-272 kcal/mol
Surface area30880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.921, 87.953, 144.717
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 0 / Refine code: 0

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERTHRTHRAA78 - 28578 - 285
21SERSERTHRTHRBB78 - 28578 - 285
12SERSERASPASPAA76 - 28676 - 286
22SERSERASPASPCC76 - 28676 - 286
13ASPASPTHRTHRAA79 - 28579 - 285
23ASPASPTHRTHRDD79 - 28579 - 285
14SERSERTHRTHRBB78 - 28578 - 285
24SERSERTHRTHRCC78 - 28578 - 285
15ASPASPTHRTHRBB79 - 28579 - 285
25ASPASPTHRTHRDD79 - 28579 - 285
16ASPASPTHRTHRCC79 - 28579 - 285
26ASPASPTHRTHRDD79 - 28579 - 285

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Carbonic anhydrase / 炭酸脱水酵素 / Carbonate dehydratase


分子量: 30867.516 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Neosartorya fumigata (strain ATCC MYA-4609 / Af293 / CBS 101355 / FGSC A1100) (アスペルギルス・フミガーツス)
株: ATCC MYA-4609 / Af293 / CBS 101355 / FGSC A1100 / 遺伝子: AFUA_4G11250 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4WQ18, 炭酸脱水酵素
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-AZM / 5-ACETAMIDO-1,3,4-THIADIAZOLE-2-SULFONAMIDE / アセタゾラミド / アセタゾラミド


分子量: 222.245 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: C4H6N4O3S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 522 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 28.68 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M MES (or Tris-HCl) pH 6.0-7.5 24-30% (w/v) PEG2000MME 0.2-0.4 M sodium acetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2019年3月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 58640 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.085 / Χ2: 2.494 / Net I/σ(I): 12.8 / Num. measured all: 417852
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2-2.077.20.30657640.9750.1230.331.922100
2.07-2.157.20.23957890.9840.0960.2582.023100
2.15-2.257.20.19158210.9860.0760.2062.202100
2.25-2.377.30.16157820.9910.0640.1732.218100
2.37-2.527.30.1358220.9940.0520.142.355100
2.52-2.717.20.10358370.9960.0410.1112.524100
2.71-2.997.20.08458740.9960.0340.092.66100
2.99-3.427.10.06858790.9970.0280.0742.812100
3.42-4.3170.05659550.9980.0230.0613.096100
4.31-506.50.05461170.9970.0230.0593.16898.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4O1K

4o1k


解像度: 2→33.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 3.294 / SU ML: 0.092 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.165 / ESU R Free: 0.148 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2046 2919 5 %RANDOM
Rwork0.161 ---
obs0.1631 55669 99.54 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 121.15 Å2 / Biso mean: 29.166 Å2 / Biso min: 14.93 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.53 Å20 Å20 Å2
2---0.49 Å20 Å2
3----2.04 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→33.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6427 0 56 522 7005
Biso mean--27.61 34.28 -
残基数----840
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0136623
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0176356
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6881.638982
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4331.57514730
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7615842
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.25222.152316
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.264151156
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.1861544
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2851
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.027393
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021291
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.07 Å / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数
11A6364
12B6364
21A6430
22C6430
31A6337
32D6337
41B6389
42C6389
51B6375
52D6375
61C6382
62D6382
LS精密化 シェル解像度: 2→2.048 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.223 200 -
Rwork0.189 3930 -
obs--95.89 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る