PDB-7c6x: Crystal structure of beta-glycosides-binding protein (W41A) of AB...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7c6x

タイトル

Crystal structure of beta-glycosides-binding protein (W41A) of ABC transporter in an open state (Form I)

要素

Sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / Conformational dynamics / substrate-binding protein / Induced-fit mechanism / Two-step ligand binding / Venus Fly-trap mechanism

機能・相同性

Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / DI(HYDROXYETHYL)ETHER /

TRIETHYLENE GLYCOL / Sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein

機能・相同性情報

生物種

Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.65 Å

データ登録者

Kanaujia, S.P. / Chandravanshi, M. / Samanta, R.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2020
タイトル: Conformational Trapping of a beta-Glucosides-Binding Protein Unveils the Selective Two-Step Ligand-Binding Mechanism of ABC Importers.
著者: Chandravanshi, M. / Samanta, R. / Kanaujia, S.P.

履歴

登録	2020年5月22日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年9月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年10月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7c6x.cif.gz	1.7 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7c6x.ent.gz	1.4 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7c6x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c6/7c6x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c6/7c6x	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7c63SC 7c64C 7c66C 7c67C 7c68C 7c69C 7c6fC 7c6gC 7c6hC 7c6iC 7c6jC 7c6kC 7c6lC 7c6mC 7c6nC 7c6rC 7c6tC 7c6vC 7c6wC 7c6yC 7c6zC 7c70C 7c71C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7c6h-2 7c71-2 4jn5-2 7c6v-1 6sf9-d 7kz9-2 7c71-1 7c70-2 7c6v-3 4opg-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (1) #221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (1) #243 - 2020年3月電位依存性ナトリウムチャネル (Voltage-gated Sodium Channels) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein

B: Sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein

C: Sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein

D: Sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein

E: Sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein

F: Sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein

G: Sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein

H: Sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein

I: Sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein

J: Sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein

K: Sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein

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ヘテロ分子

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1

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2

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3

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単位格子

Length a, b, c (Å)	80.990, 116.400, 132.140
Angle α, β, γ (deg.)	83.390, 88.730, 89.950
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: 0 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / Refine code: 0

Dom-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LEU	LEU	A	A	3 - 415	4 - 416
2	1	LEU	LEU	B	B	3 - 415	4 - 416
1	2	LEU	LEU	A	A	3 - 415	4 - 416
2	2	LEU	LEU	C	C	3 - 415	4 - 416
1	3	LEU	LEU	A	A	3 - 415	4 - 416
2	3	LEU	LEU	D	D	3 - 415	4 - 416
1	4	LEU	LEU	A	A	3 - 415	4 - 416
2	4	LEU	LEU	E	E	3 - 415	4 - 416
1	5	LEU	LEU	A	A	3 - 415	4 - 416
2	5	LEU	LEU	F	F	3 - 415	4 - 416
1	6	ALA	ALA	A	A	3 - 414	4 - 415
2	6	ALA	ALA	G	G	3 - 414	4 - 415
1	7	LEU	LEU	A	A	3 - 415	4 - 416
2	7	LEU	LEU	H	H	3 - 415	4 - 416
1	8	LEU	LEU	A	A	3 - 415	4 - 416
2	8	LEU	LEU	I	I	3 - 415	4 - 416
1	9	LEU	LEU	A	A	3 - 415	4 - 416
2	9	LEU	LEU	J	J	3 - 415	4 - 416
1	10	LEU	LEU	A	A	3 - 415	4 - 416
2	10	LEU	LEU	K	K	3 - 415	4 - 416
1	11	LEU	LEU	A	A	3 - 415	4 - 416
2	11	LEU	LEU	L	L	3 - 415	4 - 416
1	12	LEU	LEU	B	B	3 - 415	4 - 416
2	12	LEU	LEU	C	C	3 - 415	4 - 416
1	13	LEU	LEU	B	B	3 - 415	4 - 416
2	13	LEU	LEU	D	D	3 - 415	4 - 416
1	14	LEU	LEU	B	B	3 - 415	4 - 416
2	14	LEU	LEU	E	E	3 - 415	4 - 416
1	15	LEU	LEU	B	B	3 - 415	4 - 416
2	15	LEU	LEU	F	F	3 - 415	4 - 416
1	16	ALA	ALA	B	B	3 - 414	4 - 415
2	16	ALA	ALA	G	G	3 - 414	4 - 415
1	17	LEU	LEU	B	B	3 - 415	4 - 416
2	17	LEU	LEU	H	H	3 - 415	4 - 416
1	18	LEU	LEU	B	B	3 - 415	4 - 416
2	18	LEU	LEU	I	I	3 - 415	4 - 416
1	19	LEU	LEU	B	B	3 - 415	4 - 416
2	19	LEU	LEU	J	J	3 - 415	4 - 416
1	20	LEU	LEU	B	B	3 - 415	4 - 416
2	20	LEU	LEU	K	K	3 - 415	4 - 416
1	21	LEU	LEU	B	B	3 - 415	4 - 416
2	21	LEU	LEU	L	L	3 - 415	4 - 416
1	22	LEU	LEU	C	C	3 - 415	4 - 416
2	22	LEU	LEU	D	D	3 - 415	4 - 416
1	23	LEU	LEU	C	C	3 - 415	4 - 416
2	23	LEU	LEU	E	E	3 - 415	4 - 416
1	24	LEU	LEU	C	C	3 - 415	4 - 416
2	24	LEU	LEU	F	F	3 - 415	4 - 416
1	25	ALA	ALA	C	C	3 - 414	4 - 415
2	25	ALA	ALA	G	G	3 - 414	4 - 415
1	26	LEU	LEU	C	C	3 - 415	4 - 416
2	26	LEU	LEU	H	H	3 - 415	4 - 416
1	27	LEU	LEU	C	C	3 - 415	4 - 416
2	27	LEU	LEU	I	I	3 - 415	4 - 416
1	28	LEU	LEU	C	C	3 - 415	4 - 416
2	28	LEU	LEU	J	J	3 - 415	4 - 416
1	29	LEU	LEU	C	C	3 - 415	4 - 416
2	29	LEU	LEU	K	K	3 - 415	4 - 416
1	30	LEU	LEU	C	C	3 - 415	4 - 416
2	30	LEU	LEU	L	L	3 - 415	4 - 416
1	31	LEU	LEU	D	D	3 - 415	4 - 416
2	31	LEU	LEU	E	E	3 - 415	4 - 416
1	32	LEU	LEU	D	D	3 - 415	4 - 416
2	32	LEU	LEU	F	F	3 - 415	4 - 416
1	33	ALA	ALA	D	D	3 - 414	4 - 415
2	33	ALA	ALA	G	G	3 - 414	4 - 415
1	34	LEU	LEU	D	D	3 - 415	4 - 416
2	34	LEU	LEU	H	H	3 - 415	4 - 416
1	35	LEU	LEU	D	D	3 - 415	4 - 416
2	35	LEU	LEU	I	I	3 - 415	4 - 416
1	36	LEU	LEU	D	D	3 - 415	4 - 416
2	36	LEU	LEU	J	J	3 - 415	4 - 416
1	37	LEU	LEU	D	D	3 - 415	4 - 416
2	37	LEU	LEU	K	K	3 - 415	4 - 416
1	38	LEU	LEU	D	D	3 - 415	4 - 416
2	38	LEU	LEU	L	L	3 - 415	4 - 416
1	39	LEU	LEU	E	E	3 - 415	4 - 416
2	39	LEU	LEU	F	F	3 - 415	4 - 416
1	40	ALA	ALA	E	E	3 - 414	4 - 415
2	40	ALA	ALA	G	G	3 - 414	4 - 415
1	41	LEU	LEU	E	E	3 - 415	4 - 416
2	41	LEU	LEU	H	H	3 - 415	4 - 416
1	42	LEU	LEU	E	E	3 - 415	4 - 416
2	42	LEU	LEU	I	I	3 - 415	4 - 416
1	43	LEU	LEU	E	E	3 - 415	4 - 416
2	43	LEU	LEU	J	J	3 - 415	4 - 416
1	44	LEU	LEU	E	E	3 - 415	4 - 416
2	44	LEU	LEU	K	K	3 - 415	4 - 416
1	45	LEU	LEU	E	E	3 - 415	4 - 416
2	45	LEU	LEU	L	L	3 - 415	4 - 416
1	46	ALA	ALA	F	F	3 - 414	4 - 415
2	46	ALA	ALA	G	G	3 - 414	4 - 415
1	47	LEU	LEU	F	F	3 - 415	4 - 416
2	47	LEU	LEU	H	H	3 - 415	4 - 416
1	48	LEU	LEU	F	F	3 - 415	4 - 416
2	48	LEU	LEU	I	I	3 - 415	4 - 416
1	49	LEU	LEU	F	F	3 - 415	4 - 416
2	49	LEU	LEU	J	J	3 - 415	4 - 416
1	50	LEU	LEU	F	F	3 - 415	4 - 416
2	50	LEU	LEU	K	K	3 - 415	4 - 416
1	51	LEU	LEU	F	F	3 - 415	4 - 416
2	51	LEU	LEU	L	L	3 - 415	4 - 416
1	52	ALA	ALA	G	G	3 - 414	4 - 415
2	52	ALA	ALA	H	H	3 - 414	4 - 415
1	53	ALA	ALA	G	G	3 - 414	4 - 415
2	53	ALA	ALA	I	I	3 - 414	4 - 415
1	54	ALA	ALA	G	G	3 - 414	4 - 415
2	54	ALA	ALA	J	J	3 - 414	4 - 415
1	55	ALA	ALA	G	G	3 - 414	4 - 415
2	55	ALA	ALA	K	K	3 - 414	4 - 415
1	56	ALA	ALA	G	G	3 - 414	4 - 415
2	56	ALA	ALA	L	L	3 - 414	4 - 415
1	57	LEU	LEU	H	H	3 - 415	4 - 416
2	57	LEU	LEU	I	I	3 - 415	4 - 416
1	58	LEU	LEU	H	H	3 - 415	4 - 416
2	58	LEU	LEU	J	J	3 - 415	4 - 416
1	59	LEU	LEU	H	H	3 - 415	4 - 416
2	59	LEU	LEU	K	K	3 - 415	4 - 416
1	60	LEU	LEU	H	H	3 - 415	4 - 416
2	60	LEU	LEU	L	L	3 - 415	4 - 416
1	61	LEU	LEU	I	I	3 - 415	4 - 416
2	61	LEU	LEU	J	J	3 - 415	4 - 416
1	62	LEU	LEU	I	I	3 - 415	4 - 416
2	62	LEU	LEU	K	K	3 - 415	4 - 416
1	63	LEU	LEU	I	I	3 - 415	4 - 416
2	63	LEU	LEU	L	L	3 - 415	4 - 416
1	64	LEU	LEU	J	J	3 - 415	4 - 416
2	64	LEU	LEU	K	K	3 - 415	4 - 416
1	65	LEU	LEU	J	J	3 - 415	4 - 416
2	65	LEU	LEU	L	L	3 - 415	4 - 416
1	66	LEU	LEU	K	K	3 - 415	4 - 416
2	66	LEU	LEU	L	L	3 - 415	4 - 416

NCSアンサンブル:

-
タンパク質 , 1種, 12分子 ABCDEFGHIJKL

#1: タンパク質

Sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein

分子量: 45908.156 Da / 分子数: 12 / 変異: W41A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 遺伝子: TTHB082 / プラスミド: pET22b / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q53W80

-
非ポリマー , 5種, 506分子

#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール分子量: 150.173 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 484 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.34 % / 解説: Triclinic
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M Ammonium sulphate, 30% PEG 8000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2019年4月28日 / 詳細: VariMax HF

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.865
1	1	h,-k,-l	2	0.135

反射

解像度: 2.65→82.19 Å / Num. obs: 130991 / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 3.5 % / CC_1/2: 0.793 / R_merge(I) obs: 0.264 / R_pim(I) all: 0.16 / R_rim(I) all: 0.309 / Net I/σ(I): 3.5

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.65-2.7	3.3	0.432	20071	6096	0.806	0.263	0.507	2	88.3
14.51-82.19	3.9	0.11	3196	830	0.986	0.065	0.128	5.1	97.9

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.65 Å	82.19 Å
Translation	2.65 Å	82.19 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000	3000	データ収集
MOSFLM	7.2.2	データ削減
Aimless	0.7.4	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定
Coot	0.8.9.2	モデル構築
REFMAC	5.8.0258	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7C63

7c63

解像度: 2.65→82.19 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.796 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.768 / SU B: 17.625 / SU ML: 0.189 / SU R Cruickshank DPI: 0.0791 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.087 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2679	6334	4.8 %	RANDOM
R_work	0.243	-	-	-
obs	0.2442	124655	88.07 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 72.67 Å² / B_iso mean: 13.233 Å² / B_iso min: 0.5 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-8.52 Å²	3.33 Å²	3.63 Å²
2-	-	-2.73 Å²	0.71 Å²
3-	-	-	11.24 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.65→82.19 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	37771	0	79	484	38334
B_iso mean	-	-	15.89	4.6	-
残基数	-	-	-	-	4959

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.013	38916
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	36028
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.622	1.639	52979
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.299	1.568	83435
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.375	5	4957
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.614	22.172	1837
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.182	15	5946
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.815	15	221
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	4868
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	44142
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	8437

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	13210	0.05
1	2	B	13210	0.05
2	1	A	13186	0.06
2	2	C	13186	0.06
3	1	A	13310	0.05
3	2	D	13310	0.05
4	1	A	13154	0.06
4	2	E	13154	0.06
5	1	A	13190	0.05
5	2	F	13190	0.05
6	1	A	13146	0.06
6	2	G	13146	0.06
7	1	A	13255	0.05
7	2	H	13255	0.05
8	1	A	13284	0.05
8	2	I	13284	0.05
9	1	A	13068	0.07
9	2	J	13068	0.07
10	1	A	13100	0.06
10	2	K	13100	0.06
11	1	A	13111	0.06
11	2	L	13111	0.06
12	1	B	13372	0.04
12	2	C	13372	0.04
13	1	B	13190	0.05
13	2	D	13190	0.05
14	1	B	13208	0.06
14	2	E	13208	0.06
15	1	B	13366	0.04
15	2	F	13366	0.04
16	1	B	13305	0.05
16	2	G	13305	0.05
17	1	B	13230	0.05
17	2	H	13230	0.05
18	1	B	13206	0.06
18	2	I	13206	0.06
19	1	B	13135	0.06
19	2	J	13135	0.06
20	1	B	13189	0.06
20	2	K	13189	0.06
21	1	B	13171	0.06
21	2	L	13171	0.06
22	1	C	13154	0.06
22	2	D	13154	0.06
23	1	C	13147	0.06
23	2	E	13147	0.06
24	1	C	13340	0.05
24	2	F	13340	0.05
25	1	C	13269	0.05
25	2	G	13269	0.05
26	1	C	13207	0.06
26	2	H	13207	0.06
27	1	C	13177	0.06
27	2	I	13177	0.06
28	1	C	13108	0.06
28	2	J	13108	0.06
29	1	C	13140	0.06
29	2	K	13140	0.06
30	1	C	13127	0.06
30	2	L	13127	0.06
31	1	D	13181	0.06
31	2	E	13181	0.06
32	1	D	13187	0.06
32	2	F	13187	0.06
33	1	D	13144	0.06
33	2	G	13144	0.06
34	1	D	13316	0.05
34	2	H	13316	0.05
35	1	D	13266	0.05
35	2	I	13266	0.05
36	1	D	13076	0.07
36	2	J	13076	0.07
37	1	D	13103	0.06
37	2	K	13103	0.06
38	1	D	13167	0.06
38	2	L	13167	0.06
39	1	E	13224	0.05
39	2	F	13224	0.05
40	1	E	13182	0.06
40	2	G	13182	0.06
41	1	E	13203	0.06
41	2	H	13203	0.06
42	1	E	13171	0.06
42	2	I	13171	0.06
43	1	E	13210	0.06
43	2	J	13210	0.06
44	1	E	13275	0.05
44	2	K	13275	0.05
45	1	E	13313	0.04
45	2	L	13313	0.04
46	1	F	13299	0.05
46	2	G	13299	0.05
47	1	F	13230	0.05
47	2	H	13230	0.05
48	1	F	13208	0.06
48	2	I	13208	0.06
49	1	F	13096	0.06
49	2	J	13096	0.06
50	1	F	13160	0.06
50	2	K	13160	0.06
51	1	F	13191	0.06
51	2	L	13191	0.06
52	1	G	13174	0.06
52	2	H	13174	0.06
53	1	G	13177	0.06
53	2	I	13177	0.06
54	1	G	13091	0.07
54	2	J	13091	0.07
55	1	G	13125	0.06
55	2	K	13125	0.06
56	1	G	13154	0.06
56	2	L	13154	0.06
57	1	H	13293	0.05
57	2	I	13293	0.05
58	1	H	13130	0.07
58	2	J	13130	0.07
59	1	H	13157	0.06
59	2	K	13157	0.06
60	1	H	13202	0.06
60	2	L	13202	0.06
61	1	I	13114	0.07
61	2	J	13114	0.07
62	1	I	13130	0.06
62	2	K	13130	0.06
63	1	I	13153	0.06
63	2	L	13153	0.06
64	1	J	13221	0.06
64	2	K	13221	0.06
65	1	J	13213	0.06
65	2	L	13213	0.06
66	1	K	13259	0.06
66	2	L	13259	0.06

LS精密化シェル

解像度: 2.65→2.66 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.305	80	-
R_work	0.277	1189	-
all	-	1269	-
obs	-	-	11.59 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1823	-0.0457	-0.1336	0.0523	0.0017	0.1347	0.0016	0.0122	-0.0009	-0.0091	0.008	0.0223	-0.0087	0.0051	-0.0097	0.0942	0.0053	-0.0319	0.0606	0.0095	0.0206	-27.1785	-3.2707	0.2442
2	0.2784	-0.0122	0.0748	0.178	-0.0942	0.1923	0.0164	-0.0065	0.0522	-0.0207	-0.0115	-0.0068	-0.0122	0.0041	-0.0049	0.1051	0.0164	-0.023	0.0383	-0.0013	0.0241	-15.1853	25.3405	5.3495
3	0.4172	-0.0591	-0.1767	0.0785	0.0764	0.2548	-0.0141	0.0142	-0.0424	0.0163	0.0054	0.0067	0.0053	-0.0068	0.0086	0.1061	0.0141	-0.0258	0.0296	0.0089	0.0195	16.6453	54.1688	5.3878
4	0.3176	-0.0117	0.0859	0.0237	0.0043	0.2083	-0.0098	0.0425	0.0304	-0.0017	0.0147	-0.0031	0.0017	0.0163	-0.0049	0.1027	0.0026	-0.0367	0.0435	0.0094	0.0191	28.6833	82.824	0.4106
5	0.0093	-0.0103	-0.0159	0.3371	-0.034	0.1616	0.019	-0.0103	-0.0115	0.0101	-0.0159	-0.0204	-0.0201	-0.0086	-0.0032	0.0737	0.0018	-0.0333	0.0602	0.0035	0.043	15.5623	-13.4746	37.9595
6	0.4071	0.0279	-0.2277	0.1576	-0.104	0.2702	-0.0185	0.0184	-0.0429	0.0279	-0.0014	-0.0179	0.0043	0.0012	0.0199	0.1001	-0.0046	-0.0345	0.031	0.0082	0.0221	22.3101	-19.0206	-46.042
7	0.2012	-0.0471	0.1222	0.1166	0.0547	0.1636	-0.0016	0.0008	0.0258	0.0078	-0.0143	0.0055	0.0068	-0.001	0.0159	0.109	-0.0115	-0.0241	0.0445	0.0038	0.0141	-26.7131	68.4918	-45.9185
8	0.2257	-0.0831	-0.1646	0.0507	0.0626	0.1374	-0.0197	-0.0152	-0.0155	0.0058	0.0273	0.0068	-0.011	0.0062	-0.0076	0.1117	0.0019	-0.0138	0.0502	0.0157	0.0329	-14.7109	39.9322	-41.058
9	0.1552	0.0172	0.0959	0.1045	-0.0282	0.1319	-0.0014	-0.0214	0.0182	0.0152	0.008	0.0007	0.0076	-0.0205	-0.0066	0.1082	0.0026	-0.0361	0.0464	0.0076	0.0197	10.2923	9.5475	-40.921
10	0.0127	-0.0528	0.0175	0.4127	0.0454	0.2183	0.0133	-0.0008	-0.0005	0	0.0139	0.0061	0.0055	-0.0095	-0.0272	0.0755	0.0066	-0.0211	0.061	0.0117	0.0385	-14.1015	-23.19	37.9583
11	0.0047	0.0182	-0.0054	0.4495	0.0969	0.248	0.0152	0.0045	-0.005	-0.0204	-0.0045	0.0114	-0.0249	-0.0204	-0.0107	0.0624	0.0133	-0.0218	0.0587	0.0096	0.0368	26.4263	44.7167	52.5911
12	0.0067	0.0184	0.0107	0.2894	-0.0782	0.1378	0.0086	0.0061	0.0007	-0.0075	0.0075	-0.0169	0.0071	0.0013	-0.0161	0.0734	0.0024	-0.0282	0.0706	0.0043	0.0395	-24.9204	34.9994	52.5833

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 415
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	3 - 415
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	3 - 415
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	3 - 415
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	3 - 415
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	3 - 415
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	3 - 418
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	3 - 415
9	X-RAY DIFFRACTION	9	I	3 - 415
10	X-RAY DIFFRACTION	10	J	3 - 415
11	X-RAY DIFFRACTION	11	K	3 - 415
12	X-RAY DIFFRACTION	12	L	3 - 415

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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