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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7c0z | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a dinucleotide-binding protein (Y246A) of ABC transporter endogenously bound to uridylyl-3'-5'-phospho-guanosine (Form II) | ||||||
要素 | Sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / c-di-GMP/AMP / Substrate-binding protein / Thermus thermophilus / tRNA synthesis and/or modification / Venus Fly-trap mechanism / UgpB | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / transmembrane transport 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Kanaujia, S.P. / Chandravanshi, M. / Samanta, R. | ||||||
資金援助 | インド, 1件
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引用 | ジャーナル: Febs J. / 年: 2021 タイトル: Structural and thermodynamic insights into the novel dinucleotide-binding protein of ABC transporter unveils its moonlighting function. 著者: Chandravanshi, M. / Samanta, R. / Kanaujia, S.P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7c0z.cif.gz | 306 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7c0z.ent.gz | 249.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7c0z.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7c0z_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7c0z_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7c0z_validation.xml.gz | 29.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7c0z_validation.cif.gz | 41.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c0/7c0z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c0/7c0z | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7c0fSC 7c0kC 7c0lC 7c0oC 7c0rC 7c0sC 7c0tC 7c0uC 7c0vC 7c0wC 7c0xC 7c0yC 7c14C 7c15C 7c16C 7c19C 7c1bC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / End auth comp-ID: ASP / End label comp-ID: ASP / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 391 / Label seq-ID: 3 - 393
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44412.691 Da / 分子数: 2 / 変異: Y246A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) 遺伝子: TTHA0379 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q5SLB4 #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-EDO / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.16 % / 解説: Monoclinic |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2M ammonium phosphate, 0.1M sodium cacodylate pH 6.5, 30% PEG 8000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2019年7月14日 / 詳細: VariMax HF | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection twin |
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反射 | 解像度: 2.2→65.74 Å / Num. obs: 39359 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 4.4 % / CC1/2: 0.978 / Rmerge(I) obs: 0.174 / Rpim(I) all: 0.091 / Rrim(I) all: 0.197 / Net I/σ(I): 7.1 / Num. measured all: 172451 / Scaling rejects: 83 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7C0F 解像度: 2.2→65.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.918 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.873 / SU B: 10.261 / SU ML: 0.134 / SU R Cruickshank DPI: 0.0642 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.064 / ESU R Free: 0.047 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 51.64 Å2 / Biso mean: 20.675 Å2 / Biso min: 2.96 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.2→65.74 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / 数: 11840 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.14 Å / Weight position: 0.05
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.257 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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