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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7bz5 | ||||||
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タイトル | Structure of COVID-19 virus spike receptor-binding domain complexed with a neutralizing antibody | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM (ウイルス性) / covid-19 antibody / VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex (ウイルス性) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.84 Å | ||||||
データ登録者 | Wu, Y. / Qi, J. / Gao, F. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2020 タイトル: A noncompeting pair of human neutralizing antibodies block COVID-19 virus binding to its receptor ACE2. 著者: Wu, Y. / Wang, F. / Shen, C. / Peng, W. / Li, D. / Zhao, C. / Li, Z. / Li, S. / Bi, Y. / Yang, Y. / Gong, Y. / Xiao, H. / Fan, Z. / Tan, S. / Wu, G. / Tan, W. / Lu, X. / Fan, C. / Wang, Q. / ...著者: Wu, Y. / Wang, F. / Shen, C. / Peng, W. / Li, D. / Zhao, C. / Li, Z. / Li, S. / Bi, Y. / Yang, Y. / Gong, Y. / Xiao, H. / Fan, Z. / Tan, S. / Wu, G. / Tan, W. / Lu, X. / Fan, C. / Wang, Q. / Liu, Y. / Zhang, C. / Qi, J. / Gao, G.F. / Gao, F. / Liu, L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7bz5.cif.gz | 269.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7bz5.ent.gz | 212.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7bz5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bz/7bz5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bz/7bz5 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25951.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) 遺伝子: S, 2 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P0DTC2 |
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#2: 抗体 | 分子量: 23442.205 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
#3: 抗体 | 分子量: 23745.365 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
#4: 糖 | ChemComp-NAG / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.86 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.15 M ammonium sulfate, 0.1 M MES pH 6, 15% w/v PEG 400 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97981 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97981 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.84→50 Å / Num. obs: 80095 / % possible obs: 99.41 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 30.11 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rpim(I) all: 0.044 / Net I/σ(I): 16.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.84→1.92 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 7992 / CC1/2: 0.662 / Rpim(I) all: 0.526 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6LZG, 4TSA 解像度: 1.84→28.49 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.88
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 161.9 Å2 / Biso mean: 39.9588 Å2 / Biso min: 17.27 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.84→28.49 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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