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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7buq | |||||||||
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タイトル | mcGAS bound with 23-cGAMP | |||||||||
要素 | Cyclic GMP-AMP synthase | |||||||||
キーワード | IMMUNE SYSTEM (免疫系) / mcGAS / activator / inverted-orientation / metal-ion binding protein | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of type I interferon production / cyclic GMP-AMP synthase / 2',3'-cyclic GMP-AMP synthase activity / 傍分泌 / poly-ADP-D-ribose modification-dependent protein binding / negative regulation of DNA repair / cGAS/STING signaling pathway / regulation of immunoglobulin production / regulation of T cell activation / pattern recognition receptor signaling pathway ...regulation of type I interferon production / cyclic GMP-AMP synthase / 2',3'-cyclic GMP-AMP synthase activity / 傍分泌 / poly-ADP-D-ribose modification-dependent protein binding / negative regulation of DNA repair / cGAS/STING signaling pathway / regulation of immunoglobulin production / regulation of T cell activation / pattern recognition receptor signaling pathway / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / negative regulation of cGAS/STING signaling pathway / cellular response to exogenous dsRNA / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / cGMP-mediated signaling / cAMP-mediated signaling / nucleosome binding / positive regulation of type I interferon production / regulation of immune response / positive regulation of defense response to virus by host / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / activation of innate immune response / molecular condensate scaffold activity / determination of adult lifespan / positive regulation of cellular senescence / site of double-strand break / double-stranded DNA binding / defense response to virus / nuclear body / DNA修復 / 自然免疫系 / DNA damage response / chromatin binding / GTP binding / protein homodimerization activity / DNA binding / 核質 / ATP binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.091 Å | |||||||||
データ登録者 | Wang, B. / Su, X.D. | |||||||||
資金援助 | 中国, 2件
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引用 | ジャーナル: Cell Rep / 年: 2020 タイトル: Mn2+Directly Activates cGAS and Structural Analysis Suggests Mn2+Induces a Noncanonical Catalytic Synthesis of 2'3'-cGAMP. 著者: Zhao, Z. / Ma, Z. / Wang, B. / Guan, Y. / Su, X.D. / Jiang, Z. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7buq.cif.gz | 312 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7buq.ent.gz | 250.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7buq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bu/7buq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bu/7buq | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 58299.863 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cgas, Mb21d1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8C6L5, cyclic GMP-AMP synthase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 27.33 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M BIS-Tris, 25 % w/v PEG-3350, pH 6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97892 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月2日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97892 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 3.091→50 Å / Num. obs: 14136 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.25 / Rpim(I) all: 0.104 / Rrim(I) all: 0.271 / Χ2: 0.984 / Net I/σ(I): 3.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4K96 解像度: 3.091→37.72 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.37
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 289.55 Å2 / Biso mean: 67.1826 Å2 / Biso min: 25.4 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3.091→37.72 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 9.1561 Å / Origin y: 1.2781 Å / Origin z: -16.5842 Å
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精密化 TLSグループ |
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