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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7bms | ||||||
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タイトル | HEWL in cesium chloride (1.5 M CsCl in crystallization condition and cryo protectant) | ||||||
要素 | Lysozymeリゾチーム | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / Cesium (セシウム) / Phasing (フェイザー (音響機器)) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 抗微生物ペプチド / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium ...抗微生物ペプチド / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / 小胞体 / extracellular space / identical protein binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Gallus gallus (ニワトリ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.75 Å | ||||||
データ登録者 | Koelmel, W. / Kuper, J. / Kisker, C. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: Sci Rep / 年: 2021 タイトル: Cesium based phasing of macromolecules: a general easy to use approach for solving the phase problem. 著者: Koelmel, W. / Kuper, J. / Kisker, C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7bms.cif.gz | 41.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7bms.ent.gz | 30.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7bms.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bm/7bms ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bm/7bms | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, リゾチーム | ||||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-CL / #3: 化合物 | ChemComp-CS / #4: 化合物 | ChemComp-EDO / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.5 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 / 詳細: 50 mM sodium acetate pH 4.5, 1.5 M cesium chloride |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.71075 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月22日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.71075 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.75→37.96 Å / Num. obs: 10988 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 20.3 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.157 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.161 / Net I/σ(I): 18.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.75→37.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 2.341 / SU ML: 0.075 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.143 / ESU R Free: 0.126 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 57.8 Å2 / Biso mean: 16.969 Å2 / Biso min: 9.27 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.75→37.96 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.75→1.795 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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