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- PDB-7bhv: Crystal structure of MAT2a bound to allosteric inhibitor and in v... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bhv
タイトルCrystal structure of MAT2a bound to allosteric inhibitor and in vivo tool compound 28
要素S-adenosylmethionine synthase isoform type-2
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / allosteric inhibitor / fragment-based drug design / synthetic lethal therapy / oncology (腫瘍学)
機能・相同性
機能・相同性情報


methionine adenosyltransferase complex / methionine adenosyltransferase / methionine adenosyltransferase activity / S-adenosylmethionine biosynthetic process / メチル化 / protein heterooligomerization / protein hexamerization / small molecule binding / cellular response to leukemia inhibitory factor / one-carbon metabolic process ...methionine adenosyltransferase complex / methionine adenosyltransferase / methionine adenosyltransferase activity / S-adenosylmethionine biosynthetic process / メチル化 / protein heterooligomerization / protein hexamerization / small molecule binding / cellular response to leukemia inhibitory factor / one-carbon metabolic process / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
S-adenosylmethionine synthetase / S-adenosylmethionine synthetase, N-terminal / S-adenosylmethionine synthetase, central domain / S-adenosylmethionine synthetase, C-terminal / S-adenosylmethionine synthetase, conserved site / S-adenosylmethionine synthetase superfamily / S-adenosylmethionine synthetase, N-terminal domain / S-adenosylmethionine synthetase, central domain / S-adenosylmethionine synthetase, C-terminal domain / S-adenosylmethionine synthase signature 1. / S-adenosylmethionine synthase signature 2.
類似検索 - ドメイン・相同性
S-アデノシルメチオニン / Chem-TQB / S-adenosylmethionine synthase isoform type-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.16 Å
データ登録者Schimpl, M. / De Fusco, C. / Borjesson, U. / Cheung, T. / Collie, I. / Evans, L. / Narasimhan, P. / Stubbs, C. / Vazquez-Chantada, M. / Wagner, D.J. ...Schimpl, M. / De Fusco, C. / Borjesson, U. / Cheung, T. / Collie, I. / Evans, L. / Narasimhan, P. / Stubbs, C. / Vazquez-Chantada, M. / Wagner, D.J. / Grondine, M. / Tentarelli, S. / Underwood, E. / Argyrou, A. / Bagal, S. / Chiarparin, E. / Robb, G. / Scott, J.S.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Fragment-Based Design of a Potent MAT2a Inhibitor and in Vivo Evaluation in an MTAP Null Xenograft Model.
著者: De Fusco, C. / Schimpl, M. / Borjesson, U. / Cheung, T. / Collie, I. / Evans, L. / Narasimhan, P. / Stubbs, C. / Vazquez-Chantada, M. / Wagner, D.J. / Grondine, M. / Sanders, M.G. / ...著者: De Fusco, C. / Schimpl, M. / Borjesson, U. / Cheung, T. / Collie, I. / Evans, L. / Narasimhan, P. / Stubbs, C. / Vazquez-Chantada, M. / Wagner, D.J. / Grondine, M. / Sanders, M.G. / Tentarelli, S. / Underwood, E. / Argyrou, A. / Smith, J.M. / Lynch, J.T. / Chiarparin, E. / Robb, G. / Bagal, S.K. / Scott, J.S.
履歴
登録2021年1月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年5月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22021年6月9日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: S-adenosylmethionine synthase isoform type-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,6343
ポリマ－43,9361
非ポリマー6982
水7,656425
1
A: S-adenosylmethionine synthase isoform type-2
ヘテロ分子

A: S-adenosylmethionine synthase isoform type-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,2686
ポリマ－87,8722
非ポリマー1,3964
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
Buried area6630 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area24090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.176, 93.853, 117.069
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-505-

HOH

21A-632-

HOH

31A-812-

HOH

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要素

#1: タンパク質 S-adenosylmethionine synthase isoform type-2 / AdoMet synthase 2 / Methionine adenosyltransferase 2 / MAT 2 / Methionine adenosyltransferase II / MAT-II


分子量: 43935.828 Da / 分子数: 1 / 断片: full length protein / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAT2A, AMS2, MATA2 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): BL21 Gold (DE3) / 参照: UniProt: P31153, methionine adenosyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-TQB / 7-chloranyl-4-(dimethylamino)-1-phenyl-quinazolin-2-one


分子量: 299.755 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H14ClN3O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE / S-アデノシルメチオニン


分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 425 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.28 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8
詳細: 8-12 % PEG8000, 8-12 % ethylene glycol, 0.1 M HEPES pH 8.0; soaked with 0.01 M compound (10 % DMSO)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.16→73.226 Å / Num. obs: 118866 / % possible obs: 92.2 % / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 9.36 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.032 / Rpim(I) all: 0.014 / Rrim(I) all: 0.035 / Net I/σ(I): 27.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.16-1.1982.10.1151256459430.980.0950.154.650.4
3.253-73.2266.10.0263613759420.9990.0120.0295896.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
BUSTER2.11.7精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: internal model

解像度: 1.16→16.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.97 / SU R Cruickshank DPI: 0.032 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.034 / SU Rfree Blow DPI: 0.033 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.032
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.157 5930 4.99 %RANDOM
Rwork0.149 ---
obs0.149 118866 91.9 %-
原子変位パラメータBiso max: 63 Å2 / Biso mean: 12.8 Å2 / Biso min: 6.21 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.1436 Å20 Å20 Å2
2---0.0108 Å20 Å2
3----0.1327 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.11 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.16→16.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2923 0 48 425 3396
Biso mean--9.19 24.15 -
残基数----380
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1067SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes526HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3066HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion397SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4102SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d3066HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg4166HARMONIC21.08
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion5.52
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion14.63
LS精密化 シェル解像度: 1.16→1.18 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.178 105 4.42 %
Rwork0.1569 2273 -
all0.1578 2378 -
obs--43.26 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 26.1236 Å / Origin y: 38.7306 Å / Origin z: 32.6235 Å
111213212223313233
T-0.0024 Å2-0.0045 Å2-0.0042 Å2--0.0009 Å2-0.0013 Å2---0.0034 Å2
L0.135 °2-0.0529 °20.0216 °2-0.2372 °20.0032 °2--0.1117 °2
S-0.003 Å °0.0085 Å °-0.0238 Å °-0.0232 Å °0.0084 Å °0.0306 Å °0.0144 Å °-0.0154 Å °-0.0055 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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