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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7aoc | |||||||||
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タイトル | Schizosaccharomyces pombe RNA polymerase I (monomer) | |||||||||
要素 |
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キーワード | TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RNA Polymerase I Transcription Initiation / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / Estrogen-dependent gene expression / RNA Polymerase I Promoter Escape ...RNA Polymerase I Transcription Initiation / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / Estrogen-dependent gene expression / RNA Polymerase I Promoter Escape / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / mRNA Capping / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / DNA-templated transcription elongation / RNA polymerase III activity / RNA polymerase I activity / termination of RNA polymerase I transcription / tRNA transcription by RNA polymerase III / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / transcription elongation by RNA polymerase I / RNA polymerase I complex / transcription by RNA polymerase I / RNA polymerase III complex / transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase II, core complex / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / ポリメラーゼ / transcription by RNA polymerase II / nucleic acid binding / protein dimerization activity / 核小体 / DNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.84 Å | |||||||||
データ登録者 | Heiss, F. / Daiss, J. / Becker, P. / Engel, C. | |||||||||
資金援助 | ドイツ, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Conserved strategies of RNA polymerase I hibernation and activation. 著者: Florian B Heiss / Julia L Daiß / Philipp Becker / Christoph Engel / 要旨: RNA polymerase (Pol) I transcribes the ribosomal RNA precursor in all eukaryotes. The mechanisms 'activation by cleft contraction' and 'hibernation by dimerization' are unique to the regulation of ...RNA polymerase (Pol) I transcribes the ribosomal RNA precursor in all eukaryotes. The mechanisms 'activation by cleft contraction' and 'hibernation by dimerization' are unique to the regulation of this enzyme, but structure-function analysis is limited to baker's yeast. To understand whether regulation by such strategies is specific to this model organism or conserved among species, we solve three cryo-EM structures of Pol I from Schizosaccharomyces pombe in different functional states. Comparative analysis of structural models derived from high-resolution reconstructions shows that activation is accomplished by a conserved contraction of the active center cleft. In contrast to current beliefs, we find that dimerization of the S. pombe polymerase is also possible. This dimerization is achieved independent of the 'connector' domain but relies on two previously undescribed interfaces. Our analyses highlight the divergent nature of Pol I transcription systems from their counterparts and suggest conservation of regulatory mechanisms among organisms. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7aoc.cif.gz | 698.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7aoc.ent.gz | 553.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7aoc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ao/7aoc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ao/7aoc | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-DNA-directed RNA polymerase I subunit ... , 4種, 4分子 ADGI
#1: タンパク質 | 分子量: 189489.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母) 株: 972 / ATCC 24843 / 参照: UniProt: P15398, ポリメラーゼ |
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#4: タンパク質 | 分子量: 17008.439 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母) 株: 972 / ATCC 24843 / 参照: UniProt: Q9P7P1 |
#7: タンパク質 | 分子量: 19406.354 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母) 株: 972 / ATCC 24843 / 参照: UniProt: O43036 |
#9: タンパク質 | 分子量: 13127.667 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母) 株: 972 / ATCC 24843 / 参照: UniProt: O94703 |
-DNA-directed RNA polymerases I and III subunit ... , 2種, 2分子 CK
#3: タンパク質 | 分子量: 39205.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母) 株: 972 / ATCC 24843 / 参照: UniProt: O94616 |
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#11: タンパク質 | 分子量: 13734.478 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母) 株: 972 / ATCC 24843 / 参照: UniProt: Q09177 |
-DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ... , 5種, 5分子 EFHJL
#5: タンパク質 | 分子量: 23954.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母) 株: 972 / ATCC 24843 / 参照: UniProt: Q09191 |
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#6: タンパク質 | 分子量: 15742.497 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母) 株: 972 / ATCC 24843 / 参照: UniProt: P36595 |
#8: タンパク質 | 分子量: 14317.318 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母) 株: 972 / ATCC 24843 / 参照: UniProt: Q92399 |
#10: タンパク質 | 分子量: 8286.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母) 株: 972 / ATCC 24843 / 参照: UniProt: O13877 |
#12: タンパク質 | 分子量: 7216.495 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母) 株: 972 / ATCC 24843 / 参照: UniProt: P48011 |
-タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 7分子 B
#13: 化合物 | ChemComp-ZN / #2: タンパク質 | | 分子量: 131854.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母) 株: 972 / ATCC 24843 / 参照: UniProt: Q9P7X8, ポリメラーゼ |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: S. pombe RNA polymerase I / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#12 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母) |
緩衝液 | pH: 7.8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | 電子線照射量: 86.5 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.84 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 79313 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 40.13 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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