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万見
- PDB-7ad9: Structure of the Lifeact-F-actin complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ad9
タイトルStructure of the Lifeact-F-actin complex
要素
  • Actin, alpha skeletal muscle
  • LifeactLifeAct Dye
  • Phalloidin
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / Cytoskeleton (細胞骨格) / Actin (アクチン) / Lifeact / labelling.
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNAThr (cytosine32-N3)-methyltransferase / tRNA (cytidine-3-)-methyltransferase activity / tRNA methylation / mating projection tip / cytoskeletal motor activator activity / tropomyosin binding / myosin heavy chain binding / mesenchyme migration / troponin I binding / actin filament bundle ...tRNAThr (cytosine32-N3)-methyltransferase / tRNA (cytidine-3-)-methyltransferase activity / tRNA methylation / mating projection tip / cytoskeletal motor activator activity / tropomyosin binding / myosin heavy chain binding / mesenchyme migration / troponin I binding / actin filament bundle / filamentous actin / actin filament bundle assembly / skeletal muscle thin filament assembly / striated muscle thin filament / skeletal muscle myofibril / actin monomer binding / skeletal muscle fiber development / stress fiber / titin binding / actin filament polymerization / filopodium / マイクロフィラメント / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / calcium-dependent protein binding / actin filament binding / protein-macromolecule adaptor activity / lamellipodium / cell body / hydrolase activity / protein domain specific binding / calcium ion binding / positive regulation of gene expression / magnesium ion binding / ATP binding / identical protein binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
tRNA N(3)-methylcytidine methyltransferase METTL2/6/8-like / Methyltransferase type 12 / Methyltransferase domain / Actins signature 1. / Actin, conserved site / Actins signature 2. / Actin/actin-like conserved site / Actins and actin-related proteins signature. / アクチン / Actin family ...tRNA N(3)-methylcytidine methyltransferase METTL2/6/8-like / Methyltransferase type 12 / Methyltransferase domain / Actins signature 1. / Actin, conserved site / Actins signature 2. / Actin/actin-like conserved site / Actins and actin-related proteins signature. / アクチン / Actin family / アクチン / ATPase, nucleotide binding domain / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Phalloidin / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / リン酸塩 / Actin, alpha skeletal muscle / tRNA(Thr) (cytosine(32)-N(3))-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Belyy, A. / Merino, F. / Sitsel, O. / Raunser, S.
引用ジャーナル: PLoS Biol / 年: 2020
タイトル: Structure of the Lifeact-F-actin complex.
著者: Alexander Belyy / Felipe Merino / Oleg Sitsel / Stefan Raunser /
要旨: Lifeact is a short actin-binding peptide that is used to visualize filamentous actin (F-actin) structures in live eukaryotic cells using fluorescence microscopy. However, this popular probe has been ...Lifeact is a short actin-binding peptide that is used to visualize filamentous actin (F-actin) structures in live eukaryotic cells using fluorescence microscopy. However, this popular probe has been shown to alter cellular morphology by affecting the structure of the cytoskeleton. The molecular basis for such artefacts is poorly understood. Here, we determined the high-resolution structure of the Lifeact-F-actin complex using electron cryo-microscopy (cryo-EM). The structure reveals that Lifeact interacts with a hydrophobic binding pocket on F-actin and stretches over 2 adjacent actin subunits, stabilizing the DNase I-binding loop (D-loop) of actin in the closed conformation. Interestingly, the hydrophobic binding site is also used by actin-binding proteins, such as cofilin and myosin and actin-binding toxins, such as the hypervariable region of TccC3 (TccC3HVR) from Photorhabdus luminescens and ExoY from Pseudomonas aeruginosa. In vitro binding assays and activity measurements demonstrate that Lifeact indeed competes with these proteins, providing an explanation for the altering effects of Lifeact on cell morphology in vivo. Finally, we demonstrate that the affinity of Lifeact to F-actin can be increased by introducing mutations into the peptide, laying the foundation for designing improved actin probes for live cell imaging.
履歴
登録2020年9月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月2日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-11721
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-11721
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lifeact
B: Actin, alpha skeletal muscle
C: Lifeact
D: Actin, alpha skeletal muscle
L: Lifeact
H: Actin, alpha skeletal muscle
E: Lifeact
F: Actin, alpha skeletal muscle
G: Lifeact
I: Actin, alpha skeletal muscle
O: Phalloidin
P: Phalloidin
Q: Phalloidin
R: Phalloidin
S: Phalloidin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)226,96330
ポリマ－224,23115
非ポリマー2,73215
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area27480 Å2
ΔGint-290 kcal/mol
Surface area72750 Å2
手法PISA

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要素

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タンパク質・ペプチド , 2種, 10分子 ACLEGOPQRS

#1: タンパク質・ペプチド
Lifeact / LifeAct Dye


分子量: 1927.243 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成
詳細: Lifeact. Actin-binding peptide derived from the yeast protein ABP140
由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q08641*PLUS
#3: タンパク質・ペプチド
Phalloidin / /


タイプ: Cyclic peptide環状ペプチド / クラス: 毒素毒素 / 分子量: 808.899 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: Phalloidin

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タンパク質 , 1種, 5分子 BDHFI

#2: タンパク質
Actin, alpha skeletal muscle / / Alpha-actin-1


分子量: 42109.973 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Alpha-actin from rabbit skeletal muscle / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: P68135

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非ポリマー , 3種, 15分子

#4: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸


分子量: 427.201 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Complex between skeletal Actin from rabbit, Phalloidin and LifeActCOMPLEX#1-#30MULTIPLE SOURCES
2LifeActLifeAct DyeCOMPLEX#11RECOMBINANT
3ActinアクチンCOMPLEX#21NATURAL
4PhalloidinCOMPLEX#31RECOMBINANT
分子量値: 163 kDa/nm / 実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)4932
23Oryctolagus cuniculus (ウサギ)9986
34synthetic construct (人工物)32630
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12synthetic construct (人工物)32630
24synthetic construct (人工物)32630
緩衝液pH: 8
詳細: 120 mM KCl, 20 mM Tris pH 8, 2 mM MgCl2, 1 mM DTT, and 0.02% w/v Tween-20
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1100 mMPotassion ChlorideKCl1
22 mMMagnesium ChlorideMgCl21
320 mMTrisトリスヒドロキシメチルアミノメタン1
41 mMDTT1
50.02 % w/vTween-201
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 286 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影平均露光時間: 3 sec. / 電子線照射量: 60 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 915

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
2EPU画像取得
4CTFFINDCTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
9SPHIRE初期オイラー角割当
10SPHIRE最終オイラー角割当
12SPHIRE３次元再構成
13Rosettaモデル精密化
14PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: -167.18 ° / 軸方向距離/サブユニット: 27.3 Å / らせん対称軸の対称性: C1
粒子像の選択選択した粒子像数: 246423
3次元再構成解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 223480 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: HELICAL
原子モデル構築PDB-ID: 6FHL

6fhl


PDB chain-ID: C

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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