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万見
- PDB-7a40: Nucleotide-free OSM-3 kinesin motor domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7a40
タイトルNucleotide-free OSM-3 kinesin motor domain
要素Osmotic avoidance abnormal protein 3
キーワードMOTOR PROTEIN (モータータンパク質) / Kinesin-2 (キネシン) / Kif17 / motor domain (機関 (機械)) / ATPase (ATPアーゼ)
機能・相同性
機能・相同性情報


dauer entry / positive regulation of dauer larval development / negative regulation of non-motile cilium assembly / Intraflagellar transport / intraciliary anterograde transport / positive regulation of non-motile cilium assembly / intraciliary transport / regulation of insulin receptor signaling pathway / anterograde dendritic transport of neurotransmitter receptor complex / cell projection organization ...dauer entry / positive regulation of dauer larval development / negative regulation of non-motile cilium assembly / Intraflagellar transport / intraciliary anterograde transport / positive regulation of non-motile cilium assembly / intraciliary transport / regulation of insulin receptor signaling pathway / anterograde dendritic transport of neurotransmitter receptor complex / cell projection organization / non-motile cilium assembly / non-motile cilium / plus-end-directed microtubule motor activity / 微小管形成中心 / kinesin complex / microtubule motor activity / cilium assembly / dendrite cytoplasm / ciliary basal body / 繊毛 / microtubule binding / 微小管 / neuron projection / 樹状突起 / neuronal cell body / perinuclear region of cytoplasm / ATP hydrolysis activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Kinesin-like protein / Kinesin motor domain signature. / Kinesin motor domain, conserved site / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain profile. / Kinesin motor, catalytic domain. ATPase. / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Osmotic avoidance abnormal protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.297 Å
データ登録者Varela, F.P. / Menetrey, J. / Gigant, B.
引用ジャーナル: Febs Open Bio / 年: 2021
タイトル: Structural snapshots of the kinesin-2 OSM-3 along its nucleotide cycle: implications for the ATP hydrolysis mechanism.
著者: Varela, P.F. / Chenon, M. / Velours, C. / Verhey, K.J. / Menetrey, J. / Gigant, B.
履歴
登録2020年8月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22021年3月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Osmotic avoidance abnormal protein 3
B: Osmotic avoidance abnormal protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,8236
ポリマ－76,4462
非ポリマー3764
水1,17165
1
A: Osmotic avoidance abnormal protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,4113
ポリマ－38,2231
非ポリマー1882
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Osmotic avoidance abnormal protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,4113
ポリマ－38,2231
非ポリマー1882
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.770, 155.180, 63.720
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.970, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Osmotic avoidance abnormal protein 3 / Kinesin-like protein osm-3


分子量: 38223.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: osm-3, M02B7.3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P46873
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.98 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 20% (W/V) polyethylene glycol 3350, 170 mM (NH4)2SO4, and 0.1 M Mes buffer at pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.979338 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979338 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.297→47.6 Å / Num. obs: 34809 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7 % / CC1/2: 0.997 / Rrim(I) all: 0.121 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 2.3→2.4 Å / 冗長度: 6.6 % / Num. unique obs: 5500 / CC1/2: 0.625 / % possible all: 95.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3 (6-FEB-2020)精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7A3Z

7a3z


解像度: 2.297→47.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU R Cruickshank DPI: 0.276 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.261 / SU Rfree Blow DPI: 0.205 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.213
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2539 1740 5 %RANDOM
Rwork0.2251 ---
obs0.2265 34801 99.6 %-
原子変位パラメータBiso max: 169.59 Å2 / Biso mean: 86.85 Å2 / Biso min: 22.56 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.1158 Å20 Å2-6.6888 Å2
2--11.7161 Å20 Å2
3----7.6003 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.4 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.297→47.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4546 0 22 65 4633
Biso mean--73.48 64.25 -
残基数----628
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1515SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes813HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4644HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion659SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3579SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d4644HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg6319HARMONIC21.02
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.95
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.08
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.32 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3377 34 4.88 %
Rwork0.2496 663 -
all0.2536 697 -
obs--85.12 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.86370.6346-0.13457.82923.5966.451-0.16560.49750.6842-0.62360.10910.3265-0.46930.43960.0564-0.5359-0.00690.0784-0.5840.1317-0.36212.2206-22.93141.5997
24.033.1191-2.25767.8659-1.4723.0525-0.48270.6454-0.8896-0.70430.2685-0.78260.2114-0.34640.2142-0.4783-0.0620.2465-0.5908-0.156-0.14096.678-52.5665-30.3449
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A0 - 338
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B1 - 337

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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