PDB-6zxv: Structure of Archaeoglobus fulgidus Trm11 m2G10 tRNA methyltransf...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6zxv

タイトル

Structure of Archaeoglobus fulgidus Trm11 m2G10 tRNA methyltransferase enzyme bound to sinefungin

要素

tRNA (Guanine(10)-N2)-dimethyltransferase

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / tRNA modifications / Epitranscriptomics / Methyltransferase / Heterodimeric enzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

tRNA (guanine10-N2)-dimethyltransferase / tRNA (guanine(10)-N2)-dimethyltransferase activity / tRNA (guanine(10)-N2)-methyltransferase activity / tRNA methylation / tRNA binding / RNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Archaeoglobus fulgidus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.88 Å

データ登録者

Graille, M. / Wang, C.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2020
タイトル: Functional and structural characterization of the Trm11-Trm112 m2G10 tRNA methyltransferase complex
著者: Wang, C. / Tran, N.V. / Jactel, V. / Guerineau, V. / Graille, M.

履歴

登録	2020年7月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年9月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6zxv.cif.gz	280 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6zxv.ent.gz	223.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6zxv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6zxv_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6zxv_full_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示
XML形式データ	6zxv_validation.xml.gz	26.3 KB	表示
CIF形式データ	6zxv_validation.cif.gz	37.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zx/6zxv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zx/6zxv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6zxwC 6zxyC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2iph-d 5e72-d 6zxy-d 5j63-1 5j63-2 5j63-4 5lv5-d 4c05-d 2qqj-d 5gk9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#226 - 2018年10月アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance) 類似性 (1)

登録構造単位

A: tRNA (Guanine(10)-N2)-dimethyltransferase

B: tRNA (Guanine(10)-N2)-dimethyltransferase

ヘテロ分子

78.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: tRNA (Guanine(10)-N2)-dimethyltransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: light scattering, gel filtration
39.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: tRNA (Guanine(10)-N2)-dimethyltransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.553, 74.172, 112.894
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 93.510, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	tRNA (Guanine(10)-N2)-dimethyltransferase 分子量: 38932.879 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (古細菌) / 遺伝子: XD40_1676, XD48_1558 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: A0A117KU88, UniProt: O29011*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-SFG / SINEFUNGIN / ADENOSYL-ORNITHINE / シネフンギン分子量: 381.387 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₃N₇O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 196 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.85 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1 M Hepes pH 7, 0.8 M KNaTartrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.980096 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.980096 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.88→50 Å / Num. obs: 54554 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 3.3 % / B_iso Wilson estimate: 33.78 Å² / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.113 / Net I/σ(I): 10.2
反射シェル	解像度: 1.88→2 Å / R_merge(I) obs: 1.103 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 8304 / CC_1/2: 0.585

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
BUSTER	2.10.3	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.88→21.68 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.928 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.913 / SU R Cruickshank DPI: 0.174 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.169 / SU R_free Blow DPI: 0.15 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.154

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.256	2725	5 %	RANDOM
R_work	0.223	-	-	-
obs	0.225	54497	98.3 %	-

原子変位パラメータ

B_iso max: 123.32 Å² / B_iso mean: 39.11 Å² / B_iso min: 17.53 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.5026 Å²	0 Å²	-4.5089 Å²
2-	-	2.2956 Å²	0 Å²
3-	-	-	-6.7981 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.3 Å

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.88→21.68 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5219	0	70	196	5485
B_iso mean	-	-	35.99	41.57	-
残基数	-	-	-	-	648

拘束条件

Refine-ID	タイプ	数	Restraint function	Weight	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d	2007	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes	950	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it	5456	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion	687	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact	6461	SEMIHARMONIC	4
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	5456	HARMONIC	2	0.01
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	7363	HARMONIC	2	1.09
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion				3.56
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion				19.04

LS精密化シェル

解像度: 1.88→1.9 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 50

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2394	55	5.05 %
R_work	0.2529	1035	-
all	0.2522	1090	-
obs	-	-	66.75 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9069	-0.0901	-0.1762	0.5515	0.5531	0.9206	0.0421	0.139	-0.0295	-0.0851	-0.0641	0.0228	-0.073	-0.0691	0.022	0.0423	0.0174	0.0465	-0.0054	0.0178	-0.2569	11.6172	0.5209	48.6354
2	0.478	-0.2287	-0.1766	0.4725	0.3569	0.8108	0.0068	0.024	-0.0483	0.0075	-0.0071	0.0172	0.0126	-0.003	0.0002	0.0437	0.0199	0.0235	0.0434	-0.0078	-0.2265	-5.6997	22.4818	8.4364

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|* }	A	-3 - 321
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|* }	B	-1 - 321

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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