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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ztz | |||||||||
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タイトル | Assembly intermediates of orthoreovirus captured in the cell | |||||||||
要素 |
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キーワード | VIRUS LIKE PARTICLE (ウイルス様粒子) / Assemble Intermediates / Orthoreovirus / cryo-electron tomography / cellular lamellae | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 icosahedral viral capsid / host cell surface binding / viral inner capsid / symbiont-mediated suppression of host PKR/eIFalpha signaling / viral outer capsid / permeabilization of host organelle membrane involved in viral entry into host cell / symbiont entry into host cell via permeabilization of inner membrane / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / host cell endoplasmic reticulum / 7-methylguanosine mRNA capping ...icosahedral viral capsid / host cell surface binding / viral inner capsid / symbiont-mediated suppression of host PKR/eIFalpha signaling / viral outer capsid / permeabilization of host organelle membrane involved in viral entry into host cell / symbiont entry into host cell via permeabilization of inner membrane / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / host cell endoplasmic reticulum / 7-methylguanosine mRNA capping / host cell mitochondrion / ウイルスのライフサイクル / カプシド / mRNA guanylyltransferase activity / mRNA guanylyltransferase / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / ヘリカーゼ / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / GTP binding / host cell plasma membrane / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / RNA binding / ATP binding / 生体膜 / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Reovirus sp. (ウイルス) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法 | |||||||||
データ登録者 | Sutton, G.C. / Stuart, D.I. | |||||||||
資金援助 | 英国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020 タイトル: Assembly intermediates of orthoreovirus captured in the cell. 著者: Geoff Sutton / Dapeng Sun / Xiaofeng Fu / Abhay Kotecha / Corey W Hecksel / Daniel K Clare / Peijun Zhang / David I Stuart / Mark Boyce / 要旨: Traditionally, molecular assembly pathways for viruses are inferred from high resolution structures of purified stable intermediates, low resolution images of cell sections and genetic approaches. ...Traditionally, molecular assembly pathways for viruses are inferred from high resolution structures of purified stable intermediates, low resolution images of cell sections and genetic approaches. Here, we directly visualise an unsuspected 'single shelled' intermediate for a mammalian orthoreovirus in cryo-preserved infected cells, by cryo-electron tomography of cellular lamellae. Particle classification and averaging yields structures to 5.6 Å resolution, sufficient to identify secondary structural elements and produce an atomic model of the intermediate, comprising 120 copies each of protein λ1 and σ2. This λ1 shell is 'collapsed' compared to the mature virions, with molecules pushed inwards at the icosahedral fivefolds by ~100 Å, reminiscent of the first assembly intermediate of certain prokaryotic dsRNA viruses. This supports the supposition that these viruses share a common ancestor, and suggests mechanisms for the assembly of viruses of the Reoviridae. Such methodology holds promise for dissecting the replication cycle of many viruses. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6ztz.cif.gz | 1.2 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6ztz.ent.gz | 1 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6ztz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zt/6ztz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zt/6ztz | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Inner capsid protein lambda- ... , 2種, 2分子 BC
#1: タンパク質 | 分子量: 116214.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Reovirus sp. (ウイルス) / 参照: UniProt: Q9WAB2 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 113187.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Reovirus sp. (ウイルス) / 参照: UniProt: Q9WAB2 |
-タンパク質 , 1種, 2分子 DP
#3: タンパク質 | 分子量: 47024.016 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Reovirus sp. (ウイルス) / 参照: UniProt: P11314 |
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-Outer capsid protein ... , 3種, 7分子 KLMOXYZ
#4: タンパク質 | 分子量: 69315.602 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Reovirus sp. (ウイルス) / 参照: UniProt: P11077 #5: タンパク質 | | 分子量: 143665.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Reovirus sp. (ウイルス) / 参照: UniProt: P11079 #6: タンパク質 | 分子量: 41237.117 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Reovirus sp. (ウイルス) / 参照: UniProt: P07939 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: CELL / 3次元再構成法: 電子線トモグラフィー法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Inner capsid protein lambda-1, Inner capsid protein sigma-2, Outer capsid protein mu-1, Outer capsid protein lambda-2 and Outer capsid protein sigma-3 タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Reovirus sp. (ウイルス) |
ウイルスについての詳細 | 中空か: YES / エンベロープを持つか: NO / 単離: OTHER / タイプ: VIRION |
緩衝液 | pH: 7 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: NITROGEN |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: OTHER |
撮影 | 電子線照射量: 2 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 粒子像の数: 41 |
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT |