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- PDB-6zkb: Membrane domain of closed complex I during turnover -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zkb
タイトルMembrane domain of closed complex I during turnover
要素
  • (Mitochondrial complex I, ...NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型)) x 9
  • (NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 ...) x 4
  • (NADH-ubiquinone oxidoreductase chain ...) x 7
  • (NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit ...) x 8
  • Acyl carrier protein
キーワードELECTRON TRANSPORT (電子伝達系) / complex / respiration / NADH (ニコチンアミドアデニンジヌクレオチド) / proton pump (プロトンポンプ) / mitochondria (ミトコンドリア) / iron-sulphur cluster (鉄・硫黄クラスター) / oxidoreductase (酸化還元酵素) / membrane protein (膜タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型) / mitochondrial respiratory chain complex I / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / 電子伝達系 / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / ATP synthesis coupled electron transport / respirasome / reactive oxygen species metabolic process / ミトコンドリア ...NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型) / mitochondrial respiratory chain complex I / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / 電子伝達系 / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / ATP synthesis coupled electron transport / respirasome / reactive oxygen species metabolic process / ミトコンドリア / fatty acid biosynthetic process / ミトコンドリア内膜 / membrane => GO:0016020 / ミトコンドリアマトリックス
類似検索 - 分子機能
NADH:ubiquinone oxidoreductase, ESSS subunit / ESSS subunit of NADH:ubiquinone oxidoreductase (complex I) / Tim17/Tim22/Tim23/Pmp24 family / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, metazoa / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 2, animal type / NADH dehydrogenase 1 beta subcomplex subunit 2 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 3 / NADH dehydrogenase 1 alpha subcomplex subunit 3 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C2, NDUC2 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit NDUFB4 ...NADH:ubiquinone oxidoreductase, ESSS subunit / ESSS subunit of NADH:ubiquinone oxidoreductase (complex I) / Tim17/Tim22/Tim23/Pmp24 family / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, metazoa / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 2, animal type / NADH dehydrogenase 1 beta subcomplex subunit 2 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 3 / NADH dehydrogenase 1 alpha subcomplex subunit 3 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C2, NDUC2 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit NDUFB4 / NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit b14.5b (NDUFC2) / NADH-ubiquinone oxidoreductase B15 subunit (NDUFB4) / NADH dehydrogenase 1, beta subcomplex, subunit 6 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, NDUFB6/B17 subunit / NADH:ubiquinone oxidoreductase chain 4, N-terminal / NADH:ubiquinone oxidoreductase, chain 2 / NADH dehydrogenase subunit 2, C-terminal / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 10, mitochondrial / NADH:ubiquinone oxidoreductase, NDUFB5/SGDH subunit / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4, amino terminus / NADH dehydrogenase subunit 2 C-terminus / NADH:ubiquinone oxidoreductase, NDUFB5/SGDH subunit / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8 / NADH-ubiquinone oxidoreductase ASHI subunit (CI-ASHI or NDUFB8) / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 11 / NADH dehydrogenase subunit 5, C-terminal / NADH dehydrogenase subunit 5 C-terminus / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B12 subunit family / NADH:ubiquinone oxidoreductase, NDUFS5-15kDa / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7, NDUB7 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B18 subunit (NDUFB7) / NDUFB9, LYR domain / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, iron-sulphur subunit 5 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex, subunit 8 / Deoxynucleoside kinase domain / デオキシヌクレオシドキナーゼ / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 6, subunit NuoJ / Complex 1 LYR protein domain / NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5 subgroup / NADH-quinone oxidoreductase, chain M/4 / Complex 1 protein (LYR family) / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L/K / NADH:ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 6 / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 6 / NADH-Ubiquinone oxidoreductase (complex I), chain 5 N-terminal / NADH-quinone oxidoreductase, chain 5-like / NADH-Ubiquinone oxidoreductase (complex I), chain 5 N-terminus / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L/Mnh complex subunit C1-like / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 4L / NADH:ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 3 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit 3 superfamily / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 3 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit 1, conserved site / Respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1 signature 1. / Respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1 signature 2. / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit 1/F420H2 oxidoreductase subunit H / NADHデヒドロゲナーゼ / CHCH / CHCH domain / NADH:ubiquinone oxidoreductase / NADH:quinone oxidoreductase/Mrp antiporter, membrane subunit / Proton-conducting membrane transporter / Acyl carrier protein (ACP) / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / アデニル酸 / CARDIOLIPIN / ミリスチン酸 / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / Chem-ZMP / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L ...1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / アデニル酸 / CARDIOLIPIN / ミリスチン酸 / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / Chem-ZMP / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6 / Acyl carrier protein / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 3 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C2 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 11 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 2, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 11, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 6 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 10, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 4 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 5 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 5, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Ovis aries (ヒツジ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Kampjut, D. / Sazanov, L.A.
資金援助European Union, 2件
組織認可番号
European Commission665385European Union
European Commission653706European Union
引用ジャーナル: Science / : 2020
タイトル: The coupling mechanism of mammalian respiratory complex I.
著者: Domen Kampjut / Leonid A Sazanov /
要旨: Mitochondrial complex I couples NADH:ubiquinone oxidoreduction to proton pumping by an unknown mechanism. Here, we present cryo-electron microscopy structures of ovine complex I in five different ...Mitochondrial complex I couples NADH:ubiquinone oxidoreduction to proton pumping by an unknown mechanism. Here, we present cryo-electron microscopy structures of ovine complex I in five different conditions, including turnover, at resolutions up to 2.3 to 2.5 angstroms. Resolved water molecules allowed us to experimentally define the proton translocation pathways. Quinone binds at three positions along the quinone cavity, as does the inhibitor rotenone that also binds within subunit ND4. Dramatic conformational changes around the quinone cavity couple the redox reaction to proton translocation during open-to-closed state transitions of the enzyme. In the induced deactive state, the open conformation is arrested by the ND6 subunit. We propose a detailed molecular coupling mechanism of complex I, which is an unexpected combination of conformational changes and electrostatic interactions.
履歴
登録2020年6月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年11月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-11243
  • Jmolによる作画
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  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-11243
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
4: Mitochondrial complex I, 49 kDa subunit
L: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5
M: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4
N: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2
V: Mitochondrial complex I, B14.7 subunit
W: NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit B5
X: Acyl carrier protein
Y: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8
Z: Mitochondrial complex I, PDSW subunit
k: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 10, mitochondrial
l: NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit S5
m: NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit A3
n: NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit B3
o: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C2
p: NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit B4
q: Mitochondrial complex I, B16.6 subunit
r: Mitochondrial complex I, B17 subunit
s: NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit B7
t: NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit B9
u: NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit B2
v: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mitochondrial
w: Mitochondrial complex I, ESSS subunit
x: Mitochondrial complex I, KFYI subunit
y: Mitochondrial complex I, MNLL subunit
z: Mitochondrial complex I, MWFE subunit
A: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3
H: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1
J: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6
K: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)657,79554
ポリマ-635,01429
非ポリマー22,78225
8,035446
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, microscopy
タイプ名称対称操作
identity operation1_5551
Buried area208300 Å2
ΔGint-1578 kcal/mol
Surface area149150 Å2
手法PISA

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要素

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Mitochondrial complex I, ... , 9種, 9分子 4VZqrwxyz

#1: タンパク質 Mitochondrial complex I, 49 kDa subunit


分子量: 52017.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ)
#5: タンパク質 Mitochondrial complex I, B14.7 subunit


分子量: 14784.009 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: W5PAR2
#9: タンパク質 Mitochondrial complex I, PDSW subunit


分子量: 20880.752 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ)
#16: タンパク質 Mitochondrial complex I, B16.6 subunit


分子量: 16766.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ)
#17: タンパク質 Mitochondrial complex I, B17 subunit


分子量: 15565.126 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: W5PZE3
#22: タンパク質 Mitochondrial complex I, ESSS subunit


分子量: 17410.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: W5PWF1
#23: タンパク質 Mitochondrial complex I, KFYI subunit


分子量: 8802.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ)
#24: タンパク質 Mitochondrial complex I, MNLL subunit


分子量: 7075.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ)
#25: タンパク質 Mitochondrial complex I, MWFE subunit


分子量: 8211.519 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ)

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NADH-ubiquinone oxidoreductase chain ... , 7種, 7分子 LMNAHJK

#2: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5 / NADH dehydrogenase subunit 5


分子量: 68438.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ)
参照: UniProt: O78756, NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型)
#3: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4 / NADH dehydrogenase subunit 4


分子量: 52086.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ)
参照: UniProt: O78755, NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型)
#4: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2 / NADH dehydrogenase subunit 2


分子量: 39149.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ)
参照: UniProt: O78748, NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型)
#26: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3 / NADH dehydrogenase subunit 3


分子量: 13106.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ)
参照: UniProt: O78753, NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型)
#27: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1 / NADH dehydrogenase subunit 1


分子量: 35884.902 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ)
参照: UniProt: O78747, NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型)
#28: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6 / NADH dehydrogenase subunit 6


分子量: 19126.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ)
参照: UniProt: O78757, NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型)
#29: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L / NADH dehydrogenase subunit 4L


分子量: 10868.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ)
参照: UniProt: O78754, NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型)

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NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit ... , 8種, 8分子 Wlmnpstu

#6: タンパク質 NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit B5 /


分子量: 21614.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: W5QHN8
#11: タンパク質 NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit S5 /


分子量: 12605.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: W5QFF9
#12: タンパク質 NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit A3 /


分子量: 9325.851 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: W5NYM7
#13: タンパク質 NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit B3 /


分子量: 11146.679 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: W5Q5T4
#15: タンパク質 NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit B4 /


分子量: 15236.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: W5QF73
#18: タンパク質 NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit B7 /


分子量: 16413.807 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: W5P5V3
#19: タンパク質 NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit B9 /


分子量: 21779.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: W5PGA3
#20: タンパク質 NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit B2 /


分子量: 12226.770 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: W5PVD7

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タンパク質 , 1種, 1分子 X

#7: タンパク質 Acyl carrier protein /


分子量: 17608.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: W5NQT7

-
NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 ... , 4種, 4分子 Ykov

#8: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8


分子量: 20139.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: W5PYA5
#10: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 10, mitochondrial


分子量: 40557.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: W5QBF5
#14: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C2


分子量: 14431.655 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: W5P9Q8
#21: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mitochondrial / Complex I-ASHI / NADH-ubiquinone oxidoreductase ASHI subunit


分子量: 21752.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: W5Q1B0

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非ポリマー , 7種, 471分子

#30: 化合物
ChemComp-3PE / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE / 3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / DSPE / ホスファチジルエタノールアミン


分子量: 748.065 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / : C41H82NO8P / コメント: リン脂質*YM
#31: 化合物
ChemComp-PC1 / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / 3-SN-PHOSPHATIDYLCHOLINE / ホスファチジルコリン


分子量: 790.145 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : C44H88NO8P / コメント: リン脂質*YM
#32: 化合物
ChemComp-CDL / CARDIOLIPIN / DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL / BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL / Cardiolipin


分子量: 1464.043 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / : C81H156O17P2 / コメント: リン脂質*YM
#33: 化合物 ChemComp-ZMP / S-[2-({N-[(2S)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] tetradecanethioate


分子量: 568.704 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C25H49N2O8PS
#34: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP / アデニル酸


分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#35: 化合物 ChemComp-MYR / MYRISTIC ACID / ミリスチン酸 / ミリスチン酸


分子量: 228.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C14H28O2
#36: 水 ChemComp-HOH / water /


分子量: 18.015 Da / 分子数: 446 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Membrane domain of closed complex I during turnover / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#29 / 由来: NATURAL
分子量: 1 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ)
緩衝液pH: 7.4
試料濃度: 3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm
撮影電子線照射量: 100 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.12_2829: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
4CTFFIND4.15CTF補正
7Coot0.8.9モデルフィッティング
9PHENIX1.12モデル精密化
10RELION3初期オイラー角割当
11RELION3最終オイラー角割当
13RELION33次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 29057 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 50 / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient
原子モデル構築PDB-ID: 5LNK
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00740519
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.95854704
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d10.1424547
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0575931
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0086680

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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