PDB-6zhs: Uba1 bound to two E2 (Ubc13) molecules

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6zhs

タイトル

Uba1 bound to two E2 (Ubc13) molecules

要素

Ubiquitin-activating enzyme E1 1
Ubiquitin-conjugating enzyme E2 13

キーワード

LIGASE (リガーゼ) /

Ubiquitin (ユビキチン) / E1 / Ubc13

機能・相同性

機能・相同性情報

protein targeting to vacuolar membrane / Aggrephagy /

ユビキチン活性化酵素 /

Neddylation / ubiquitin activating enzyme activity / ubiquitin conjugating enzyme complex / free ubiquitin chain polymerization / fungal-type vacuole membrane /

postreplication repair /

ユビキチン結合酵素 ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Misra, M. / Schindelin, H.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: ATP induced conformational changes facilitate E1-E2 disulfide bridging in the ubiquitin system.
著者: Misra, M. / Schaefer, A. / Kuhn, M. / Pluska, L. / Tessmer, I. / Sommer, T. / Schindelin, H.

履歴

登録	2020年6月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年1月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6zhs.cif.gz	910.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6zhs.ent.gz	634.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6zhs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zh/6zhs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zh/6zhs	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6zhtC 3cmmS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3icq-1 5knl-1 5knl-2 6q0r-d 7k5j-1 6sj7-d 3icq-2 5u33-d 6zht-d 1xdj-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (13) #203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (3) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (7) #161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ubiquitin-activating enzyme E1 1

B: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 13

C: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 13

ヘテロ分子

150 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation

単位格子

Length a, b, c (Å)	177.710, 72.900, 139.520
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 112.430, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y

#1: タンパク質	Ubiquitin-activating enzyme E1 1 分子量: 114393.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 遺伝子: UBA1, YKL210W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P22515, ユビキチン活性化酵素
#2: タンパク質	Ubiquitin-conjugating enzyme E2 13 / E2 ubiquitin-conjugating enzyme 13 / Ubiquitin carrier protein 13 / Ubiquitin-protein ligase 13 分子量: 17547.035 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 遺伝子: UBC13, YDR092W, YD6652.04 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P52490, ユビキチン結合酵素
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 307 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56 %
結晶化	温度: 273 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: ammonium sulfate, HEPES, PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9762 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.35→25 Å / Num. obs: 67708 / % possible obs: 66.13 % / 冗長度: 5.6 % / B_iso Wilson estimate: 26.91 Å² / CC_1/2: 0.987 / Net I/σ(I): 6.97
反射シェル	解像度: 2.35→2.435 Å / Num. unique obs: 398 / CC_1/2: 0.424

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3CMM

3cmm

解像度: 2.35→24.92 Å / SU ML: 0.3688 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.94 / 位相誤差: 32.5974
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2749	2266	4.97 %	RANDOM
R_work	0.2157	43323	-	-
obs	0.2188	45589	66.2 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.78 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35→24.92 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10283	0	46	307	10636

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0027	10599
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6325	14358
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0426	1590
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0044	1875
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	22.2129	3988

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.35-2.4	0.409	7	0.4469	149	X-RAY DIFFRACTION	3.67
2.4-2.46	0.508	17	0.3812	445	X-RAY DIFFRACTION	10.96
2.46-2.52	0.4158	46	0.3422	879	X-RAY DIFFRACTION	21.56
2.52-2.59	0.3558	58	0.3168	1387	X-RAY DIFFRACTION	33.86
2.59-2.66	0.3841	82	0.3172	1776	X-RAY DIFFRACTION	43.44
2.66-2.75	0.4015	101	0.3249	2080	X-RAY DIFFRACTION	50.96
2.75-2.85	0.397	142	0.2975	2445	X-RAY DIFFRACTION	60.81
2.85-2.96	0.3537	144	0.2747	2883	X-RAY DIFFRACTION	70.35
2.96-3.1	0.3362	173	0.2649	3259	X-RAY DIFFRACTION	79.8
3.1-3.26	0.3396	195	0.2503	3668	X-RAY DIFFRACTION	90.26
3.26-3.46	0.2916	210	0.217	4011	X-RAY DIFFRACTION	97.84
3.46-3.73	0.2839	225	0.1933	3989	X-RAY DIFFRACTION	97.66
3.73-4.1	0.2303	202	0.1724	4071	X-RAY DIFFRACTION	99.19
4.1-4.69	0.2111	223	0.1621	4058	X-RAY DIFFRACTION	98.89
4.69-5.9	0.2222	218	0.1879	4060	X-RAY DIFFRACTION	98.12
5.9-24.92	0.233	223	0.21	4163	X-RAY DIFFRACTION	98.47

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.68592486982	0.509396905158	-0.358036676955	1.61032181493	-0.195573239204	2.97992337806	-0.00579614382883	-0.0741581792519	0.565876555427	0.117811933075	0.0463634156492	0.113926494684	-0.5220453191	-0.144994367111	-0.0672809726415	0.250671774538	0.0271567188546	0.00920490193238	0.151259850008	-0.0103461135763	0.163280849488	-10.677391071	5.43040702303	53.2876445226
2	2.20046892633	0.436543286548	-0.443129677141	0.560649276221	-0.517841082373	0.716142777738	0.12713029079	-0.0853962636684	-0.152321649446	0.0981163538452	-0.0320624777665	-0.0391367820216	0.0290520606149	-0.0274970293543	-0.0317891459742	0.150636530748	-0.0225656462692	-0.0662780921331	0.223831361265	0.0084147865711	0.15616631145	-12.4767257764	-14.994492986	57.7649188988
3	4.82788076318	1.43118706566	1.53443858683	4.69972507441	1.04574039055	4.41307389902	0.159266109724	0.0318238372342	-0.646982243336	0.0771002844525	-0.0165904417564	-0.0959306813337	0.412335490803	-0.161772632883	-0.0606213732929	0.103073885	-0.0283466451195	-0.0116043089129	0.245808840895	0.050468199256	0.132741285962	-33.0509077449	-32.3397017072	57.1225475916
4	1.53534656477	0.0266275265019	0.115335649581	1.00326312409	-0.138991257708	1.89376200852	0.0638737340413	0.121605477175	0.00527548349125	-0.133474397519	0.0453841552298	-0.0407661366264	-0.10950196218	0.0908450396888	-0.0269357386081	0.130650634723	-0.030833973217	-0.0185482405971	0.204646409161	0.0189390083916	0.12731270348	-0.364760691377	-5.27983415013	39.6325415374
5	0.755010833792	0.0702116950703	-0.32605721689	-0.0214024421962	-0.0363668429316	0.136917846593	-0.183693307018	0.437550838181	-0.429769969126	-0.0516189125636	0.049881849419	0.0352397742527	-0.022643979257	-0.0584811600275	-0.0579418891021	0.22323077863	-0.022374989833	-0.0538126002578	0.459992588181	-0.0336221167101	0.0942717390322	-26.0398709244	-15.6764828824	29.1311444894
6	1.54384931649	0.0579086090461	0.333712867108	2.55129769791	-0.276088623286	1.39538698009	-0.0717416229957	0.512502367597	-0.0423430550124	-0.697958535771	-0.0271584562821	0.130477782656	0.0197987091027	-0.266099993325	-0.0284721564197	0.116663888674	0.0720604633964	-0.101162956383	0.538744309879	0.0980187835709	0.0655564632495	-56.775375067	-12.1778964076	32.4610536685
7	2.16316024856	-0.267380592606	0.0220778512948	3.12715916948	-0.714670333528	3.23478814876	-0.022982968424	0.399498301587	0.301776663361	-0.218141763582	0.102875778944	0.472468179254	-0.361378336804	-0.46949459835	0.0970083769168	0.238389029325	0.0585819195614	-0.0768995598835	0.469544227841	0.108579084916	0.269905980026	-58.9534682384	-0.743426785977	35.6035019837
8	1.94248811882	0.176204632107	-0.430233743839	-0.0521436959836	-0.0478291310584	0.0783372947247	0.106827757416	0.0970387667454	0.212059852733	-0.0963264695197	0.00706299715282	-0.0902761355519	-0.202238390457	-0.0342979711606	0.132792342816	0.121941847272	0.0182858452237	-0.0901244896256	0.342818806568	0.0590551457228	0.130085860112	-32.6582834081	-6.68311211129	39.115225381
9	1.51012624884	-0.0838066218605	0.892287675531	0.796457070159	0.883544357556	2.68279385237	-0.0265091067196	0.670979065628	-0.255643861529	-0.29637750803	0.093087482705	-0.0242305222678	0.139622934146	0.0546582612765	-0.0853475201684	0.33046094258	-0.148643309341	-0.000322119392773	0.566398239428	-0.0585811322425	0.12793192488	-15.6481777268	-21.6476168661	7.81340356332
10	4.32913672749	0.87475068733	-2.93390110673	2.76198579679	-1.0808498953	3.14341749617	-0.263897571188	0.264915412472	-0.229914781556	-0.428086943314	0.0245859364419	-0.289330701329	0.415007769382	0.704778733709	0.186137163	0.404744890296	-0.0892276257528	0.110489666894	0.737355138835	-0.0156636176446	0.165858454603	-25.9033588834	-28.4401360636	11.4397613448
11	5.31905249787	0.575922177815	-0.995937452013	1.38812310981	0.362665891696	2.60175432712	-0.181722257561	0.802404534079	0.101264538211	-0.517566828425	0.108681104625	0.165199414948	0.287677004007	0.106236582302	-0.0101020923005	0.391415098785	-0.0341122489776	0.0272846070133	0.578568117698	-0.119224704325	0.14922152344	-38.4240794761	-27.8379737046	8.82449410905
12	5.84220248406	0.567837610192	-2.37209635492	1.69440635039	-1.60715689175	3.14775862176	-0.33389530881	0.519884582949	0.0328350771936	-0.377208072568	0.345083003651	-0.00330920612287	-0.0166000307107	-0.0608859792746	0.0766262234022	0.305252423855	-0.0582187986132	0.0182000868461	0.460518407865	-0.0411318967333	0.160797623494	-42.5988166381	-30.1999638059	16.6694926593
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18	5.31136917819	-0.0874562514968	2.71465423943	2.52109358664	-0.0302656684468	4.56466022991	-0.0411720738763	0.220164825361	-0.600477630407	-0.198134548212	0.0977734888875	-0.106078252149	-0.053088860082	0.216554569744	-0.0644153918868	0.283963739086	0.0152861801188	-0.0106504271744	0.18876317698	-0.0928190773277	0.426424446692	0.0329660453915	-37.3901087998	38.2128255043
19	6.46516560851	0.565729452288	1.54967228256	3.91546660132	-0.942679332985	7.3624667566	0.254885660199	-0.935110614824	0.441843621717	0.302788981567	0.162658178868	0.406336057024	-0.762490737418	-0.48322006955	0.473650611527	0.241763258484	0.0248917719655	-0.00179984617612	0.55951705547	-0.123006011742	0.521130251891	-12.7767496256	-32.507420635	39.168416817
20	7.8203661416	-0.540566267508	4.76082010167	2.96270526906	-0.752303008521	6.45986527441	0.0141765482385	-1.32927885619	-0.699046665793	0.671018237593	0.442162099113	0.295795270409	0.648241438943	-1.29862387785	-0.363556897295	0.64034434146	-0.0377977596368	-0.0434621585288	0.503812216033	0.169161931356	0.65121375279	-5.31461807656	-42.0018736017	50.9360791189
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22	7.2992334429	0.54233463715	3.0437306241	3.17028286168	-0.42362238597	5.59237090097	-0.381392868688	0.215468055971	-0.191079450952	-0.369110585096	0.0858136430847	0.361830033269	-0.0228659399025	-0.346346521563	-0.0497605385793	0.342989382095	-0.0220502558036	-0.0985553052544	0.251443448061	-0.0663926313831	0.45837773775	-17.3774235436	-37.7693563244	27.8431854372

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 10 through 122 )	A	A	10 - 122	1 - 113
2	2	chain 'A' and (resid 123 through 200 )	A	A	123 - 200	114 - 191
3	3	chain 'A' and (resid 201 through 264 )	A	A	201 - 264	192 - 255
4	4	chain 'A' and (resid 265 through 545 )	A	A	265 - 545	256 - 538
5	5	chain 'A' and (resid 546 through 624 )	A	A	546 - 624	539 - 619
6	6	chain 'A' and (resid 625 through 724 )	A	A	625 - 724	620 - 719
7	7	chain 'A' and (resid 725 through 813 )	A	A	725 - 813	720 - 787
8	8	chain 'A' and (resid 814 through 885 )	A	A	814 - 885	788 - 859
9	9	chain 'A' and (resid 886 through 1024 )	A	A	886 - 1024	860 - 998
10	10	chain 'B' and (resid 0 through 17 )	B	B	0 - 17	1 - 18
11	11	chain 'B' and (resid 18 through 40 )	B	B	18 - 40	19 - 44
12	12	chain 'B' and (resid 41 through 67 )	B	B	41 - 67	45 - 71
13	13	chain 'B' and (resid 68 through 86 )	B	B	68 - 86	72 - 91
14	14	chain 'B' and (resid 87 through 100 )	B	B	87 - 100	94 - 107
15	15	chain 'B' and (resid 101 through 132 )	B	B	101 - 132	108 - 142
16	16	chain 'B' and (resid 133 through 151 )	B	B	133 - 151	143 - 161
17	17	chain 'C' and (resid 1 through 17 )	C	C	1 - 17	1 - 17
18	18	chain 'C' and (resid 18 through 76 )	C	C	18 - 76	18 - 76
19	19	chain 'C' and (resid 77 through 86 )	C	C	77 - 86	77 - 86
20	20	chain 'C' and (resid 87 through 100 )	C	C	87 - 100	87 - 100
21	21	chain 'C' and (resid 101 through 124 )	C	C	101 - 124	101 - 124
22	22	chain 'C' and (resid 125 through 151 )	C	C	125 - 151	125 - 151

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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