PDB-6z33: Crystal structure of the ferric enterobactin receptor (PfeA) in c...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6z33

タイトル

Crystal structure of the ferric enterobactin receptor (PfeA) in complex with BCV

要素

Ferric enterobactin receptor

キーワード

MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / TONB dependent transporter /

siderophore (シデロホア)

機能・相同性

機能・相同性情報

enterobactin transmembrane transporter activity / enterobactin transport / colicin transmembrane transporter activity / siderophore transmembrane transport / siderophore uptake transmembrane transporter activity / siderophore transport / outer membrane /

enterobactin binding / cell outer membrane /

signaling receptor activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.711 Å

データ登録者

Naismith, J.H. / Moynie, L.M.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Acs Infect Dis. / 年: 2022
タイトル: Hijacking of the Enterobactin Pathway by a Synthetic Catechol Vector Designed for Oxazolidinone Antibiotic Delivery in Pseudomonas aeruginosa.
著者: Moynie, L. / Hoegy, F. / Milenkovic, S. / Munier, M. / Paulen, A. / Gasser, V. / Faucon, A.L. / Zill, N. / Naismith, J.H. / Ceccarelli, M. / Schalk, I.J. / Mislin, G.L.A.

履歴

登録	2020年5月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年7月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年8月17日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: atom_type / citation ...atom_type / citation / citation_author / database_2 Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6z33.cif.gz	274.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6z33.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6z33.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z3/6z33 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z3/6z33	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5nc3C 6y47C 6yy5C 6z2nC 7obwC 6q5eS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6yy5-d 5nr2-d 6y47-d 5mzs-d 6z2n-d 6i2j-d 5nc3-d 5out-d 5nc4-d 6r1f-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Ferric enterobactin receptor

ヘテロ分子

79.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	85.962, 157.358, 78.077
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Ferric enterobactin receptor 分子量: 78744.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) 遺伝子: pfeA, PA2688 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q05098
#2: 化合物	ChemComp-Q62 / ~{N}-[(5~{S})-5-[[2,3-bis(oxidanyl)phenyl]carbonylamino]-6-oxidanylidene-6-(prop-2-ynylamino)hexyl]-2,3-bis(oxidanyl)benzamide 分子量: 455.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₂₅N₃O₇ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION / 鉄分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.5 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: PEG 8000 ADA Magnesium acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.711→78.679 Å / Num. obs: 24453 / % possible obs: 83 % / 冗長度: 7.5 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 16.9
反射シェル	解像度: 2.711→2.858 Å / Num. unique obs: 1224 / CC_1/2: 0.555

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
STARANISO		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6q5E

6q5e

解像度: 2.711→78.679 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.879 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.934 / SU B: 33.775 / SU ML: 0.291 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.199 / ESU R Free: 0.355 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2515	1171	4.789 %
R_work	0.2258	23282	-
all	0.227	-	-
obs	-	24453	82.984 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 101.994 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.445 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.945 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.39 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.711→78.679 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5370	0	38	0	5408

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	5525
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.017	4877
X-RAY DIFFRACTION	r_ext_dist_refined_d	0.02	0.01	8152
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.255	1.648	7485
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.073	1.578	11328
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	9.639	5	697
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.687	22.347	311
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.113	15	880
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.275	15	40
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.049	0.2	699
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.022	0.02	6378
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.014	0.02	1178
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.208	0.2	951
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.207	0.2	4800
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.166	0.2	2542
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.074	0.2	2793
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.168	0.2	145
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.044	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.237	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.301	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	6.648	7.436	2791
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	6.649	7.436	2790
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	9.076	11.172	3487
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	9.075	11.171	3488
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	7.134	7.83	2734
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	7.122	7.83	2734
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	9.498	11.603	3998
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	9.497	11.603	3999
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	12.081	144.839	23166
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	12.08	144.837	23167

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.711-2.781	0.464	20	0.389	361	0.393	2132	0.682	0.692	17.8705	0.385
2.781-2.857	0.342	41	0.336	786	0.336	2078	0.842	0.832	39.7979	0.325
2.857-2.94	0.327	70	0.312	1110	0.312	2023	0.813	0.821	58.3292	0.3
2.94-3.031	0.317	71	0.298	1381	0.299	1986	0.841	0.848	73.1118	0.284
3.031-3.13	0.256	82	0.274	1655	0.273	1919	0.87	0.881	90.5159	0.257
3.13-3.239	0.236	81	0.254	1776	0.253	1862	0.914	0.897	99.7315	0.227
3.239-3.362	0.273	78	0.238	1711	0.24	1789	0.897	0.902	100	0.215
3.362-3.499	0.294	78	0.227	1662	0.23	1740	0.884	0.921	100	0.203
3.499-3.654	0.283	84	0.227	1453	0.23	1646	0.902	0.929	93.3779	0.211
3.654-3.832	0.261	59	0.221	1222	0.223	1609	0.92	0.926	79.6147	0.202
3.832-4.038	0.266	73	0.203	1440	0.206	1513	0.92	0.936	100	0.187
4.038-4.283	0.232	56	0.192	1382	0.194	1438	0.934	0.945	100	0.183
4.283-4.577	0.225	71	0.192	1298	0.193	1371	0.933	0.949	99.8541	0.184
4.577-4.943	0.188	55	0.159	1216	0.16	1271	0.96	0.967	100	0.157
4.943-5.412	0.262	63	0.192	1113	0.195	1176	0.947	0.956	100	0.187
5.412-6.048	0.256	46	0.212	1026	0.214	1072	0.947	0.952	100	0.211
6.048-6.976	0.262	50	0.208	902	0.211	952	0.929	0.938	100	0.22
6.976-8.528	0.283	33	0.202	796	0.205	830	0.895	0.936	99.8795	0.219
8.528-11.99	0.227	38	0.203	617	0.204	655	0.958	0.961	100	0.227
11.99-78.679	0.236	22	0.461	375	0.45	405	0.923	0.822	98.0247	0.586

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -83.517 Å / Origin y: 27.1096 Å / Origin z: 96.1277 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0341 Å²	-0.0246 Å²	0.0302 Å²	-	0.0978 Å²	-0.0378 Å²	-	-	0.0352 Å²
L	1.5618 °²	0.3931 °²	0.272 °²	-	3.5797 °²	1.3778 °²	-	-	4.183 °²
S	0.0493 Å °	-0.0942 Å °	-0.0084 Å °	-0.2918 Å °	0.1521 Å °	-0.3195 Å °	-0.2523 Å °	0.2543 Å °	-0.2014 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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