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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6yff | ||||||
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タイトル | Virus-like particle of Beihai levi-like virus 21 | ||||||
要素 | coat protein | ||||||
キーワード | VIRUS LIKE PARTICLE (ウイルス様粒子) / virus (ウイルス) / virus-like particle (ウイルス様粒子) / structural protein (タンパク質) | ||||||
生物種 | Beihai levi-like virus 21 (ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.089 Å | ||||||
データ登録者 | Rumnieks, J. / Kalnins, G. / Sisovs, M. / Lieknina, I. / Tars, K. | ||||||
資金援助 | Latvia, 1件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2020 タイトル: Three-dimensional structure of 22 uncultured ssRNA bacteriophages: Flexibility of the coat protein fold and variations in particle shapes. 著者: Rumnieks, J. / Lieknina, I. / Kalnins, G. / Sisovs, M. / Akopjana, I. / Bogans, J. / Tars, K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6yff.cif.gz | 1 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6yff.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 6yff.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yf/6yff ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yf/6yff | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 6yf7C 6yf9C 6yfaC 6yfbC 6yfcC 6yfdC 6yfeC 6yfgC 6yfhC 6yfiC 6yfjC 6yfkC 6yflC 6yfmC 6yfnC 6yfoC 6yfpC 6yfqC 6yfrC 6yfsC 6yftC 6yfuC 2ms2S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13824.843 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Beihai levi-like virus 21 (ウイルス) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 5.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 79.17 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 30% PEG 400, 0.2 M sodium citrate, 0.1 M Tris-HCl pH 8.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月27日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: DCM Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9184 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 3.089→48.938 Å / Num. obs: 264708 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 5.665 % / Biso Wilson estimate: 66.517 Å2 / CC1/2: 0.985 / Rmerge(I) obs: 0.358 / Rrim(I) all: 0.395 / Χ2: 1.087 / Net I/σ(I): 5.56 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2ms2 解像度: 3.089→48.938 Å / SU ML: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.79
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 312.9 Å2 / Biso mean: 80.8487 Å2 / Biso min: 10.03 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3.089→48.938 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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