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- PDB-2w4y: Caulobacter bacteriophage 5 - virus-like particle -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2w4y
タイトルCaulobacter bacteriophage 5 - virus-like particle
要素CAULOBACTER 5 VIRUS-LIKE PARTICLE
キーワードVIRUS / ASSEMBLY / CALCIUM ION / RNA
機能・相同性Porin - #220 / Porin / Beta Barrel / Mainly Beta / ADENOSINE MONOPHOSPHATE
機能・相同性情報
生物種UNCLASSIFIED LEVIVIRUS (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Plevka, P. / Kazaks, A. / Dishlers, A. / Liljas, L. / Tars, K.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: The Structure of Bacteriophage Phicb5 Reveals a Role of the RNA Genome and Metal Ions in Particle Stability and Assembly.
著者: Plevka, P. / Kazaks, A. / Voronkova, T. / Kotelovica, S. / Dishlers, A. / Liljas, L. / Tars, K.
履歴
登録2008年12月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年7月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CAULOBACTER 5 VIRUS-LIKE PARTICLE
B: CAULOBACTER 5 VIRUS-LIKE PARTICLE
C: CAULOBACTER 5 VIRUS-LIKE PARTICLE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,69910
ポリマ－40,4973
非ポリマー1,2027
水00
1
A: CAULOBACTER 5 VIRUS-LIKE PARTICLE
B: CAULOBACTER 5 VIRUS-LIKE PARTICLE
C: CAULOBACTER 5 VIRUS-LIKE PARTICLE
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,501,935600
ポリマ－2,429,817180
非ポリマー72,119420
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: CAULOBACTER 5 VIRUS-LIKE PARTICLE
B: CAULOBACTER 5 VIRUS-LIKE PARTICLE
C: CAULOBACTER 5 VIRUS-LIKE PARTICLE
ヘテロ分子
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 208 kDa, 15 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)208,49550
ポリマ－202,48515
非ポリマー6,01035
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: CAULOBACTER 5 VIRUS-LIKE PARTICLE
B: CAULOBACTER 5 VIRUS-LIKE PARTICLE
C: CAULOBACTER 5 VIRUS-LIKE PARTICLE
ヘテロ分子
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 250 kDa, 18 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)250,19460
ポリマ－242,98218
非ポリマー7,21242
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
単位格子
Length a, b, c (Å)406.400, 342.600, 409.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.19, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2generate(0.982559, -0.176189, 0.059465), (0.112802, 0.310508, -0.943854), (0.147833, 0.9341, 0.324967)-4.43038, 85.97807, 55.08026
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49generate(0.372805, 0.891776, 0.256422), (-0.916851, 0.311481, 0.249726), (0.142829, -0.3282, 0.933748)33.58254, 61.91649, -6.8422
50generate(0.504804, 0.450743, -0.736209), (-0.828807, 0.491526, -0.267361), (0.241355, 0.745139, 0.621703)122.72782, 106.51405, 15.73808
51generate(-0.330223, -0.797827, -0.504406), (0.832194, -0.498261, 0.243289), (-0.445428, -0.339424, 0.828484)178.67139, -104.37001, 60.09652
52generate(-0.489027, -0.660716, 0.56948), (0.79744, -0.074082, 0.598833), (-0.35347, 0.746972, 0.563109)83.75599, -137.49605, 78.51999
53generate(-0.47084, 0.412954, 0.779601), (0.863702, 0.395866, 0.311943), (-0.179799, 0.820219, -0.543059)60.48261, -114.41459, 175.3254
54generate(-0.300796, 0.939408, -0.164422), (0.939408, 0.262131, -0.220908), (-0.164422, -0.220908, -0.961335)141.01427, -67.02342, 216.73097
55generate(-0.213889, 0.191104, -0.957983), (0.919935, -0.29047, -0.263339), (-0.32859, -0.937607, -0.113675)214.05895, -60.81553, 145.51561
56generate(-0.391781, 0.571661, 0.72091), (0.183194, 0.816327, -0.547768), (-0.901636, -0.082539, -0.424546)58.95226, 38.66035, 232.07718
57generate(-0.213889, 0.919935, -0.32859), (0.191104, -0.29047, -0.937607), (-0.957983, -0.263339, -0.113675)149.54624, 77.86381, 205.59111
58generate(-0.154965, 0.016396, -0.987784), (0.016396, -0.999682, -0.019166), (-0.987784, -0.019166, 0.154646)211.48923, 0.39948, 180.93273
59generate(-0.296439, -0.890294, -0.345688), (-0.099489, -0.331202, 0.9383), (-0.949856, 0.312541, 0.009606)159.17812, -86.67956, 192.17908
60generate(-0.442799, -0.547122, 0.710343), (0.003597, 0.791154, 0.611607), (-0.896613, 0.273374, -0.348354)64.90509, -63.03304, 223.78809
詳細THE ASSEMBLY REPRESENTED IN THIS ENTRY HAS REGULAR ICOSAHEDRAL POINT SYMMETRY (SCHOENFLIES SYMBOL = I).

-
要素

#1: タンパク質 CAULOBACTER 5 VIRUS-LIKE PARTICLE


分子量: 13498.981 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: LEVIVIRUS COAT PROTEIN
由来: (組換発現) UNCLASSIFIED LEVIVIRUS (ウイルス)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 79 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8 / 詳細: 100 MM TRIS-HCL PH 8.0, 5% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9814
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月9日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9814 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 720797 / % possible obs: 59 % / Observed criterion σ(I): 0.5 / 冗長度: 1.5 % / Biso Wilson estimate: 55 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 3.9
反射 シェル解像度: 2.9→3.03 Å / 冗長度: 1.2 % / Rmerge(I) obs: 0.95 / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / % possible all: 39

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2MS2

2ms2


解像度: 2.9→50 Å / 交差検証法: NONE / σ(F): 0
立体化学のターゲット値: STANDARD CRYSTALLOGRAPHIC RESIDUAL
Rfactor反射数%反射
Rwork0.278 --
obs0.278 720797 59 %
溶媒の処理Bsol: 15.81 Å2 / ksol: 0.31 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 41.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.014 Å20 Å21.824 Å2
2---4.183 Å20 Å2
3---0.169 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.49 Å0.49 Å
Luzzati d res low-50 Å
Luzzati sigma a0.69 Å0.73 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2862 0 70 0 2932
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.45
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.83
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.9→3.03 Å / Total num. of bins used: 8 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.384 55713 -
obs--39 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP_PARAMPROTEIN_TOP
X-RAY DIFFRACTION2ION_PARAMION_TOP
X-RAY DIFFRACTION3DNA-RNA_REP_PARAMDNA-RNA-ALLATOM_TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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