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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ybc | ||||||
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タイトル | RNASE 3/1 version2 phosphate complex | ||||||
要素 | RNASE 3/1 version2 | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / RNASE 3/1 version2 / PANCREATIC RIBONUCLEASE | ||||||
機能・相同性 | リン酸塩 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.49 Å | ||||||
データ登録者 | Fernandez-Millan, P. / Prats-Ejarque, G. / Vazquez-Monteagudo, S. / Boix, E. | ||||||
資金援助 | スペイン, 1件
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引用 | ジャーナル: Front Mol Biosci / 年: 2022 タイトル: Exploring the RNase A scaffold to combine catalytic and antimicrobial activities. Structural characterization of RNase 3/1 chimeras. 著者: Fernandez-Millan, P. / Vazquez-Monteagudo, S. / Boix, E. / Prats-Ejarque, G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6ybc.cif.gz | 122.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6ybc.ent.gz | 79.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6ybc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yb/6ybc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yb/6ybc | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16086.296 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-GOL / | ||||
#3: 化合物 | ChemComp-PO4 / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.89 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 100 mM sodium citrate, pH 6.5 and 1 M ammonium phosphate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.9792568 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792568 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.48→38.58 Å / Num. obs: 21301 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 14.67 Å2 / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 9.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.48→1.62 Å / Num. unique obs: 1062 / CC1/2: 0.828 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2K11 解像度: 1.49→38.58 Å / SU ML: 0.1422 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 18.3484
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.78 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.49→38.58 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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