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- PDB-6y8i: Fragment KCL_I013 in complex with IL-1-beta -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6y8i
タイトルFragment KCL_I013 in complex with IL-1-beta
要素Interleukin-1 betaインターロイキン-1β
キーワードSIGNALING PROTEIN / FBDD / FRAGMENT BASED DRUG DESIGN / XCHEM / IL1B (インターロイキン-1β)
機能・相同性
機能・相同性情報


smooth muscle adaptation / positive regulation of T cell mediated immunity / hyaluronan biosynthetic process / positive regulation of myosin light chain kinase activity / negative regulation of adiponectin secretion / negative regulation of lipid metabolic process / positive regulation of lipid catabolic process / negative regulation of glucose transmembrane transport / positive regulation of cell adhesion molecule production / positive regulation of T-helper 1 cell cytokine production ...smooth muscle adaptation / positive regulation of T cell mediated immunity / hyaluronan biosynthetic process / positive regulation of myosin light chain kinase activity / negative regulation of adiponectin secretion / negative regulation of lipid metabolic process / positive regulation of lipid catabolic process / negative regulation of glucose transmembrane transport / positive regulation of cell adhesion molecule production / positive regulation of T-helper 1 cell cytokine production / positive regulation of complement activation / positive regulation of calcidiol 1-monooxygenase activity / cellular response to interleukin-17 / sequestering of triglyceride / positive regulation of RNA biosynthetic process / monocyte aggregation / negative regulation of gap junction assembly / positive regulation of prostaglandin secretion / positive regulation of prostaglandin biosynthetic process / positive regulation of immature T cell proliferation in thymus / vascular endothelial growth factor production / positive regulation of neuroinflammatory response / fever generation / regulation of defense response to virus by host / positive regulation of fever generation / CLEC7A/inflammasome pathway / regulation of establishment of endothelial barrier / positive regulation of membrane protein ectodomain proteolysis / Interleukin-1 processing / response to carbohydrate / interleukin-1 receptor binding / positive regulation of monocyte chemotactic protein-1 production / positive regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of granulocyte macrophage colony-stimulating factor production / negative regulation of synaptic transmission / regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of heterotypic cell-cell adhesion / interleukin-1-mediated signaling pathway / positive regulation of p38MAPK cascade / regulation of nitric-oxide synthase activity / cellular response to organic substance / response to ATP / Interleukin-10 signaling / regulation of insulin secretion / positive regulation of cell division / regulation of neurogenesis / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / ectopic germ cell programmed cell death / Pyroptosis / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / negative regulation of lipid catabolic process / positive regulation of glial cell proliferation / JNK cascade / 着床 / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / positive regulation of T cell proliferation / positive regulation of interleukin-2 production / response to interleukin-1 / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / 好中球 / negative regulation of MAP kinase activity / positive regulation of mitotic nuclear division / positive regulation of protein export from nucleus / 分泌 / cytokine activity / positive regulation of interleukin-8 production / astrocyte activation / positive regulation of JNK cascade / positive regulation of MAP kinase activity / positive regulation of inflammatory response / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of interleukin-6 production / Interleukin-1 signaling / cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / cellular response to mechanical stimulus / positive regulation of angiogenesis / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of type II interferon production / cellular response to xenobiotic stimulus / integrin binding / cell-cell signaling / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / cellular response to lipopolysaccharide / response to lipopolysaccharide / リソソーム / positive regulation of cell migration / defense response to Gram-positive bacterium / 免疫応答 / 炎症 / positive regulation of protein phosphorylation / protein domain specific binding / negative regulation of cell population proliferation / apoptotic process
類似検索 - 分子機能
Interleukin-1 propeptide / Interleukin-1 propeptide / Interleukin-1 conserved site / Interleukin-1 signature. / Interleukin-1 homologues / インターロイキン-1 / Interleukin-1 / 18 / Cytokine IL1/FGF / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) ...Interleukin-1 propeptide / Interleukin-1 propeptide / Interleukin-1 conserved site / Interleukin-1 signature. / Interleukin-1 homologues / インターロイキン-1 / Interleukin-1 / 18 / Cytokine IL1/FGF / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1-(5-bromanylpyridin-2-yl)-3-(2-hydroxyethyl)urea / インターロイキン-1β
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.46 Å
データ登録者De Nicola, G.F. / Nichols, C.E.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
British Heart FoundationSP/14/2/30922, FS/14/29/30896 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_PC_17164 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Fragment KCL_I013 in complex with IL-1-beta
著者: De Nicola, G.F. / Nichols, C.E.
履歴
登録2020年3月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interleukin-1 beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,7523
ポリマ－17,3961
非ポリマー3562
水39622
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area120 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area7680 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)54.790, 54.790, 75.570
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number78
Space group name H-MP43
Space group name HallP4cw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z+3/4
#3: y,-x,z+1/4
#4: -x,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Interleukin-1 beta / インターロイキン-1β / IL-1 beta / Catabolin


分子量: 17395.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL1B, IL1F2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01584
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-OGE / 1-(5-bromanylpyridin-2-yl)-3-(2-hydroxyethyl)urea


分子量: 260.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10BrN3O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.27 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 2.8M ammonium sulphate and 0.1M Tris pH7.9

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.46→37.79 Å / Num. obs: 37604 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 31.27 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 16.9
反射 シェル解像度: 1.46→1.49 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 1878 / CC1/2: 0.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
GDAデータ収集
PHENIX1.16_3549精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5R85

5r85


解像度: 1.46→24.5 Å / SU ML: 0.2014 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.31 / 位相誤差: 26.7472
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2627 3587 4.91 %
Rwork0.2385 --
obs0.2397 37594 95.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 37.51 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.46→24.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1116 0 19 22 1157
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00531200
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.82231629
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0937182
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052221
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d2.9857940
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.46-1.480.39771140.34922715X-RAY DIFFRACTION95.45
1.48-1.50.34821260.33232691X-RAY DIFFRACTION96.34
1.5-1.520.35011500.33622651X-RAY DIFFRACTION95.92
1.52-1.540.35361380.32642680X-RAY DIFFRACTION95.75
1.54-1.570.36121980.32442638X-RAY DIFFRACTION96.73
1.57-1.590.28341220.30242674X-RAY DIFFRACTION96.48
1.59-1.620.29331250.28692751X-RAY DIFFRACTION96.51
1.62-1.650.31711470.28072656X-RAY DIFFRACTION96.66
1.65-1.680.27461710.26392646X-RAY DIFFRACTION96.64
1.68-1.720.26121340.25622755X-RAY DIFFRACTION96.56
1.72-1.750.22811330.24652730X-RAY DIFFRACTION96.85
1.75-1.790.23781440.25172681X-RAY DIFFRACTION97.41
1.79-1.840.28821690.25062693X-RAY DIFFRACTION97.51
1.84-1.890.31211290.23942767X-RAY DIFFRACTION97.54
1.89-1.940.32581070.24492744X-RAY DIFFRACTION97.7
1.94-2.010.24071590.25362661X-RAY DIFFRACTION97.75
2.01-2.080.28731110.2452789X-RAY DIFFRACTION98.11
2.08-2.160.27161650.23652713X-RAY DIFFRACTION97.43
2.16-2.260.26661300.24032745X-RAY DIFFRACTION98.49
2.26-2.380.3181600.24142708X-RAY DIFFRACTION97.82
2.38-2.530.29751500.24792709X-RAY DIFFRACTION97.68
2.53-2.720.26341330.25042766X-RAY DIFFRACTION98.81
2.72-30.29771100.24832808X-RAY DIFFRACTION98.92
3-3.430.22621440.23052753X-RAY DIFFRACTION98.6
3.43-4.320.21821430.20572547X-RAY DIFFRACTION91.81
4.32-24.50.2849750.23661806X-RAY DIFFRACTION64.09

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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