+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6y8h | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Novel p38-alpha crystal lattice with highly exposed p38/TAB1 non-canonical PPI surface. | |||||||||
要素 | Mitogen-activated protein kinase 14MAPK14 | |||||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / FBDD / FRAGMENT BASED DRUG DESIGN / P38 / MAPK14 / KINASE (キナーゼ) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 DSCAM interactions / p38MAPK events / Activation of the AP-1 family of transcription factors / Platelet sensitization by LDL / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / ERK/MAPK targets / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / NOD1/2 Signaling Pathway / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / Oxidative Stress Induced Senescence ...DSCAM interactions / p38MAPK events / Activation of the AP-1 family of transcription factors / Platelet sensitization by LDL / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / ERK/MAPK targets / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / NOD1/2 Signaling Pathway / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / Oxidative Stress Induced Senescence / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / Myogenesis / VEGFA-VEGFR2 Pathway / regulation of synaptic membrane adhesion / stress-induced premature senescence / cell surface receptor protein serine/threonine kinase signaling pathway / cartilage condensation / cellular response to UV-B / stress-activated protein kinase signaling cascade / mitogen-activated protein kinase p38 binding / positive regulation of myoblast fusion / negative regulation of hippo signaling / positive regulation of myotube differentiation / NFAT protein binding / glucose import / regulation of cytokine production involved in inflammatory response / p38MAPK cascade / Β酸化 / cellular response to lipoteichoic acid / response to dietary excess / response to muramyl dipeptide / regulation of ossification / MAP kinase activity / 分裂促進因子活性化タンパク質キナーゼ / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / positive regulation of myoblast differentiation / chondrocyte differentiation / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / stress-activated MAPK cascade / signal transduction in response to DNA damage / skeletal muscle tissue development / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / striated muscle cell differentiation / response to muscle stretch / Neutrophil degranulation / positive regulation of brown fat cell differentiation / positive regulation of interleukin-12 production / osteoclast differentiation / positive regulation of erythrocyte differentiation / placenta development / DNA damage checkpoint signaling / cellular response to ionizing radiation / 細胞分化 / positive regulation of glucose import / response to insulin / 骨 / cell morphogenesis / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / cellular response to virus / osteoblast differentiation / 紡錘体 / positive regulation of protein import into nucleus / glucose metabolic process / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / 分裂促進因子活性化タンパク質キナーゼ / cellular response to tumor necrosis factor / kinase activity / peptidyl-serine phosphorylation / protein phosphatase binding / 血管新生 / cellular response to lipopolysaccharide / response to lipopolysaccharide / transcription by RNA polymerase II / protein kinase activity / intracellular signal transduction / nuclear speck / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / glutamatergic synapse / apoptotic process / DNA damage response / positive regulation of gene expression / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ミトコンドリア / 核質 / ATP binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.37 Å | |||||||||
データ登録者 | De Nicola, G.F. / Nichols, C.E. | |||||||||
資金援助 | 英国, 2件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Novel p38-alpha crystal lattice with highly exposed p38/TAB1 non-canonical PPI surface. 著者: De Nicola, G.F. / Nichols, C.E. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6y8h.cif.gz | 111.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb6y8h.ent.gz | 68.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6y8h.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y8/6y8h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y8/6y8h | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | 1a9uS S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
単位格子 |
| ||||||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41322.098 Da / 分子数: 1 / 変異: C162S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Mapk14, Crk1, Csbp1, Csbp2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P47811, 分裂促進因子活性化タンパク質キナーゼ | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-SB4 / | ||||||
#3: 化合物 | ChemComp-CA / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.67 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 15% PEG400, 5% PEG550-MME, 0.1M CALCIUM ACETATE, 0.1M MES PH6.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9159 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9159 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.37→51.16 Å / Num. obs: 90228 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 16.59 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 10.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.37→1.39 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 4412 / CC1/2: 0.6 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1A9U 解像度: 1.37→51.16 Å / SU ML: 0.2296 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.07 / 位相誤差: 31.0897
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.79 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.37→51.16 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|