PDB-6xvx: X-ray structure obtained upon reaction of dirhodium tetraacetate ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6xvx

タイトル

X-ray structure obtained upon reaction of dirhodium tetraacetate with RNase A (high resolution)

要素

Ribonuclease pancreatic

Pancreatic ribonuclease family

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / dirhodium /

model protein /

metalation

機能・相同性

機能・相同性情報

pancreatic ribonuclease /

ribonuclease A activity / RNA nuclease activity /

nucleic acid binding /

lyase activity / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Merlino, A. / Ferraro, G.

資金援助

イタリア, 1件

引用

ジャーナル: Dalton Trans / 年: 2020
タイトル: Protein interactions of dirhodium tetraacetate: a structural study.
著者: Ferraro, G. / Pratesi, A. / Messori, L. / Merlino, A.

履歴

登録	2020年1月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年2月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年3月4日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6xvx.cif.gz	76.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6xvx.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6xvx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xv/6xvx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xv/6xvx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6xw0C 4ot4S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (9) #143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (9)

登録構造単位

AAA: Ribonuclease pancreatic

BBB: Ribonuclease pancreatic

ヘテロ分子

29.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Ribonuclease pancreatic

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.6 kDa, 1 ポリマー

2

BBB: Ribonuclease pancreatic

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.430, 32.750, 72.690
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.380, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Ribonuclease pancreatic / Pancreatic ribonuclease family / RNase 1 / RNase A 分子量: 13708.326 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P61823, pancreatic ribonuclease
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩分子量: 59.044 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 化合物	ChemComp-RH3 / RHODIUM(III) ION 分子量: 102.906 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Rh / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 295 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.58 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.1 / 詳細: 22% PEG 4K 10 mM sodium citrate buffer pH 5.1

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 0.96 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.96 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→72.69 Å / Num. obs: 43787 / % possible obs: 93.4 % / 冗長度: 2.6 % / B_iso Wilson estimate: 12.6 Å² / CC_1/2: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.066 / R_pim(I) all: 0.055 / R_rim(I) all: 0.08 / Net I/σ(I): 8.5
反射シェル	解像度: 1.4→1.42 Å / 冗長度: 2.2 % / R_merge(I) obs: 0.259 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 2120 / CC_1/2: 0.861 / R_pim(I) all: 0.196 / R_rim(I) all: 0.327 / % possible all: 91.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4ot4

4ot4

解像度: 1.4→72.688 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.931 / SU B: 1.349 / SU ML: 0.054 / 交差検証法: NONE / ESU R: 0.075 / ESU R Free: 0.082 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2326	2317	5.295 %
R_work	0.1876	-	-
all	0.19	-	-
obs	-	43756	92.735 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.561 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.069 Å²	0 Å²	0.074 Å²
2-	-	0.025 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.042 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→72.688 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1902	0	76	295	2273

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.013	2109
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.018	1795
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.799	1.655	2855
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.508	1.577	4219
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.496	5	272
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.284	24.272	103
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.298	15	357
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	9.41	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	281
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	2476
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	400
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.221	0.2	513
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.189	0.2	1658
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.165	0.2	983
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	870
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.164	0.2	192
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.067	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.462	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.216	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.19	0.2	72
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.176	0.2	58
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.197	2.041	1072
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.174	2.034	1054
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.424	3.041	1338
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.423	3.041	1339
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.425	2.202	1036
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.424	2.203	1037
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.76	3.195	1517
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.759	3.196	1518
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.44	25.333	2448
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.309	24.725	2368

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.399-1.435	0.245	175	0.241	2966	0.241	3464	0.893	0.888	90.6755	0.218
1.435-1.475	0.258	163	0.222	2908	0.224	3360	0.888	0.895	91.3988	0.201
1.475-1.517	0.252	180	0.225	2927	0.227	3269	0.882	0.898	95.0444	0.22
1.517-1.564	0.272	150	0.244	2838	0.246	3199	0.875	0.89	93.4042	0.252
1.564-1.615	0.246	179	0.219	2792	0.22	3069	0.914	0.913	96.8068	0.223
1.615-1.672	0.239	167	0.214	2701	0.216	3008	0.918	0.92	95.3457	0.223
1.672-1.735	0.28	138	0.201	2571	0.204	2895	0.88	0.92	93.5751	0.199
1.735-1.806	0.263	134	0.207	2463	0.209	2790	0.92	0.927	93.0824	0.224
1.806-1.886	0.231	113	0.213	2417	0.214	2663	0.923	0.93	95.0056	0.233
1.886-1.978	0.207	115	0.204	2284	0.204	2542	0.94	0.932	94.3745	0.23
1.978-2.085	0.244	116	0.181	2119	0.184	2444	0.92	0.942	91.4484	0.207
2.085-2.211	0.215	105	0.2	2031	0.2	2316	0.925	0.935	92.228	0.248
2.211-2.364	0.209	121	0.177	1879	0.179	2166	0.934	0.943	92.3361	0.208
2.364-2.553	0.192	110	0.165	1778	0.167	2027	0.949	0.954	93.1426	0.19
2.553-2.796	0.231	98	0.17	1598	0.173	1890	0.931	0.95	89.7355	0.198
2.796-3.126	0.205	61	0.168	1449	0.17	1679	0.942	0.955	89.9345	0.203
3.126-3.608	0.223	88	0.159	1298	0.163	1522	0.935	0.957	91.0644	0.201
3.608-4.417	0.205	53	0.158	1085	0.16	1284	0.949	0.962	88.6293	0.205
4.417-6.235	0.211	29	0.166	851	0.168	1005	0.957	0.966	87.5622	0.232
6.235-72.688	0.533	22	0.239	485	0.248	593	0.793	0.92	85.4975	0.299

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