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- PDB-6xmo: Human aldolase A I98F -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xmo
タイトルHuman aldolase A I98F
要素Fructose-bisphosphate aldolase A
キーワードLYASE (リアーゼ) / rheostat (ポテンショメータ) / allosterism
機能・相同性
機能・相同性情報


fructose binding / 先体 / ATP biosynthetic process / fructose-bisphosphate aldolase / fructose-bisphosphate aldolase activity / binding of sperm to zona pellucida / fructose 1,6-bisphosphate metabolic process / fructose metabolic process / 糖新生 / M band ...fructose binding / 先体 / ATP biosynthetic process / fructose-bisphosphate aldolase / fructose-bisphosphate aldolase activity / binding of sperm to zona pellucida / fructose 1,6-bisphosphate metabolic process / fructose metabolic process / 糖新生 / M band / I band / 解糖系 / muscle cell cellular homeostasis / striated muscle contraction / cytoskeletal protein binding / tubulin binding / platelet alpha granule lumen / actin filament organization / glycolytic process / マイクロフィラメント / Platelet degranulation / tertiary granule lumen / actin binding / regulation of cell shape / protein homotetramerization / secretory granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / cadherin binding / Neutrophil degranulation / extracellular space / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / 生体膜 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Fructose-bisphosphate aldolase class-I active site / Fructose-bisphosphate aldolase class-I active site. / Fructose-bisphosphate aldolase, class-I / Fructose-bisphosphate aldolase class-I / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
リン酸塩 / Fructose-bisphosphate aldolase A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Meneely, K.M. / Lamb, A.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute on Alcohol Abuse and Alcoholism (NIH/NIAAA)77619 米国
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2022
タイトル: Substitutions at a rheostat position in human aldolase A cause a shift in the conformational population.
著者: Fenton, K.D. / Meneely, K.M. / Wu, T. / Martin, T.A. / Swint-Kruse, L. / Fenton, A.W. / Lamb, A.L.
履歴
登録2020年6月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年1月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22022年2月16日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fructose-bisphosphate aldolase A
B: Fructose-bisphosphate aldolase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,94012
ポリマ－79,0082
非ポリマー93210
水59433
1
A: Fructose-bisphosphate aldolase A
B: Fructose-bisphosphate aldolase A
ヘテロ分子

A: Fructose-bisphosphate aldolase A
B: Fructose-bisphosphate aldolase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,88124
ポリマ－158,0164
非ポリマー1,86520
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_565-x,-y+1,z1
Buried area13020 Å2
ΔGint-84 kcal/mol
Surface area46480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)159.682, 159.682, 165.306
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number181
Space group name H-MP6422
Space group name HallP642(x,y,z+1/6)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+2/3
#3: y,-x+y,z+1/3
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+2/3
#8: -x,-y,z
#9: y,x,-z+1/3
#10: -y,-x,-z+1/3
#11: -x+y,y,-z
#12: x,x-y,-z+2/3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-515-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Fructose-bisphosphate aldolase A / Lung cancer antigen NY-LU-1 / Muscle-type aldolase


分子量: 39503.996 Da / 分子数: 2 / 変異: I98F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ALDOA, ALDA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04075, fructose-bisphosphate aldolase
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.05 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.75
詳細: 12% (w/v) PEG 8000, 15% (v/v) glycerol, 0.04 M potassium phosphate, pH 5.75

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月22日
放射モノクロメーター: Si(111) and Si(220) double crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→138.29 Å / Num. obs: 26180 / % possible obs: 89.9 % / 冗長度: 9.2 % / Biso Wilson estimate: 47.71 Å2 / Rpim(I) all: 0.041 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル解像度: 2.6→2.84 Å / Num. unique obs: 1309 / Rpim(I) all: 0.425

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC精密化
PHENIX1.16_3549精密化
autoPROCデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ald

1ald


解像度: 2.6→53.03 Å / SU ML: 0.256 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.4328
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2592 1271 4.86 %
Rwork0.2129 24870 -
obs0.2153 26141 67.3 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 42.71 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→53.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5382 0 56 33 5471
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01695528
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.75787478
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0663844
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.012964
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d25.83072042
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.7000.210311X-RAY DIFFRACTION0.26
2.7-2.830.3553470.33321115X-RAY DIFFRACTION27.59
2.83-2.970.3436700.31251687X-RAY DIFFRACTION41.45
2.97-3.160.40341110.30672530X-RAY DIFFRACTION62.29
3.16-3.40.31942120.26773840X-RAY DIFFRACTION94.56
3.4-3.750.29351700.23263080X-RAY DIFFRACTION75.6
3.75-4.290.22352190.17774088X-RAY DIFFRACTION99.91
4.29-5.40.23222130.1734162X-RAY DIFFRACTION99.93
5.4-53.030.22362290.20084357X-RAY DIFFRACTION99.24

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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