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- PDB-6xiu: ETEC Rns bound to a potential inhibitor, decanoic acid -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xiu
タイトルETEC Rns bound to a potential inhibitor, decanoic acid
要素Regulatory protein Rns
キーワードDNA BINDING PROTEIN/INHIBITOR / Inhibitor / AraC / ETEC / Virulence / transcription factor (転写因子) / DNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / DNA BINDING PROTEIN-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Transcription regulator HTH, AraC- type / HTH domain AraC-type, conserved site / Bacterial regulatory proteins, araC family signature. / DNA binding HTH domain, AraC-type / Helix-turn-helix domain / Bacterial regulatory proteins, araC family DNA-binding domain profile. / helix_turn_helix, arabinose operon control protein / Homeobox-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
カプリン酸 / Regulatory protein Rns
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Midgett, C.R. / Kull, F.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R21AI060031 米国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2021
タイトル: Structure of the master regulator Rns reveals an inhibitor of enterotoxigenic Escherichia coli virulence regulons.
著者: Midgett, C.R. / Talbot, K.M. / Day, J.L. / Munson, G.P. / Kull, F.J.
履歴
登録2020年6月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年6月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Regulatory protein Rns
B: Regulatory protein Rns
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,0844
ポリマ－61,7402
非ポリマー3452
水0
1
A: Regulatory protein Rns
ヘテロ分子

B: Regulatory protein Rns
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,0844
ポリマ－61,7402
非ポリマー3452
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_454-x-1/2,-y,z-1/21
Buried area2700 Å2
ΔGint5 kcal/mol
Surface area25770 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)48.240, 95.150, 133.090
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "A"
d_2ens_1(chain "B" and (resid 9 through 93 or resid 103 through 263))

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1LYSLYSA1 - 246
d_21ens_1LYSGLYB1 - 85
d_22ens_1ARGLYSB88 - 248

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要素

#1: タンパク質 Regulatory protein Rns


分子量: 30869.822 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: ETEC / 遺伝子: rns / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P16114
#2: 化合物 ChemComp-DKA / DECANOIC ACID / デカン酸 / カプリン酸


分子量: 172.265 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H20O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M succinnic acid, 14% PEG 3350, 0.03 M glycyl-glycyl-gylcine

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.979351 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979351 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.999→27.39 Å / Num. obs: 12803 / % possible obs: 99.18 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 93.91 Å2 / CC1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / Net I/σ(I): 7.29
反射 シェル解像度: 3→3.107 Å / Num. unique obs: 1219 / CC1/2: 0.549 / CC star: 0.842

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: SeMet-Rns

解像度: 3→27.39 Å / SU ML: 0.5667 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 36.8516
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
詳細: The crystal has a pseudotranslational symmetry peak at fractional coordinates of 0.00 0.50 0.36 that is 45.7% of the origin peak from Patterson analysis.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3017 1279 10.03 %Random selection
Rwork0.2566 11472 --
obs0.2611 12751 99.24 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 83.91 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→27.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4044 0 24 0 4068
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01234126
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.35835528
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0718636
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0077682
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.78131584
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.666736622419 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3-3.120.45131340.43391209X-RAY DIFFRACTION96.83
3.12-3.260.36721410.34461257X-RAY DIFFRACTION99.5
3.26-3.430.37431400.30591260X-RAY DIFFRACTION99.36
3.43-3.650.32141400.29681254X-RAY DIFFRACTION99.57
3.65-3.930.30051400.27151260X-RAY DIFFRACTION99.57
3.93-4.320.26871420.24081274X-RAY DIFFRACTION99.58
4.32-4.940.27961430.21541278X-RAY DIFFRACTION99.58
4.95-6.220.32161450.27141304X-RAY DIFFRACTION99.86
6.22-28.630.27411540.22031376X-RAY DIFFRACTION99.29
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.21544454013-0.540448111145-1.959969307642.44661608328-1.176897885094.859418478990.116131898836-0.02517968235310.00413124036465-0.3176382754930.01738012166140.00251313023343-0.0956960750855-0.0946529871435-0.1093544566070.535532027167-0.0713535701895-0.02306289207740.497308186157-0.0742218181330.456887336842-14.6984624648-6.978118162037.13104502453
21.764615186091.38194746024-1.147950570051.87281298888-0.4613870633774.03188224773-0.2959941222640.217426712525-0.0435918301441-1.26109028128-0.126672615975-0.5494191104040.378013019803-0.3513155716380.4492633415450.9964632982750.1122809502710.1790150726310.7931805773030.03083477054330.773241513018-11.5299673349-4.97734648555-3.10730130099
32.28543275456-0.290120961585-0.1001075228493.977367352551.616888460682.306790504380.060517578016-0.1024887405150.276260206016-0.339666486744-0.0497263937526-0.157840983824-0.3766162785520.004341452196580.1004914130040.4125245029790.01259710032010.03598501491290.5506087502280.01022653886890.563775440846-12.27113876424.6347003252315.8482716169
42.13683243077-0.4244602992191.386691401513.09838397313-1.059211479363.368590606650.284797225357-0.1855837797360.1754332667330.393473818061-0.0956416954860.168956196684-0.36709058938-0.562391435949-0.167228278050.6495008666030.09352651005110.1247200602050.808980811432-0.0859389841010.644667054002-38.4627817267.9916486295340.6575941758
53.43965175819-0.54009727070.9173975370673.436641726831.748968695423.938463327550.02453923645250.2111243919890.2787011860351.18282317401-0.6464170965070.2087831967530.378123301344-0.3629669731210.4058115304220.769420662204-0.169260586134-0.2374745193490.7614509793730.2242418314150.65799633525-34.00152592721.0070256745648.7344352221
64.03886886026-0.411638681838-0.02434354062753.50830964996-0.2161137688921.686782153870.1689791010140.401909709582-0.59340843988-0.0380530417565-0.4835585496220.5323600589080.074687213046-0.4519813179860.2875472912890.4817081517030.0173906593660.009206940696830.645592265563-0.1332825503170.608215435152-38.0499441071-4.1419509288724.79144277
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 9 through 91 )AA9 - 911 - 83
22chain 'A' and (resid 92 through 129 )AA92 - 12984 - 119
33chain 'A' and (resid 130 through 263 )AA130 - 263120 - 253
44chain 'B' and (resid 9 through 91 )BB9 - 911 - 83
55chain 'B' and (resid 92 through 173 )BB92 - 17384 - 163
66chain 'B' and (resid 174 through 263 )BB174 - 263164 - 253

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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