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- PDB-6xhi: Cryo-EM structure of octadecameric TF55 (beta-only) complex from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xhi
タイトルCryo-EM structure of octadecameric TF55 (beta-only) complex from S. solfataricus bound to ADP
要素Thermosome subunit beta
キーワードCHAPERONE (シャペロン) / Chaperonin / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


ATP-dependent protein folding chaperone / unfolded protein binding / フォールディング / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Thermosome, archaeal / Chaperonins TCP-1 signature 1. / Chaperonins TCP-1 signature 2. / Chaperonin TCP-1, conserved site / Chaperonins TCP-1 signature 3. / Chaperone tailless complex polypeptide 1 (TCP-1) / GroEL-like equatorial domain superfamily / TCP-1-like chaperonin intermediate domain superfamily / GroEL-like apical domain superfamily / TCP-1/cpn60 chaperonin family / Chaperonin Cpn60/GroEL/TCP-1 family
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Thermosome subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharolobus solfataricus (古細菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.19 Å
データ登録者Zeng, Y.C. / Sobti, M. / Stewart, A.G.
資金援助 オーストラリア, 2件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1159347 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1146403 オーストラリア
引用ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2021
タイトル: Structural analysis of the Sulfolobus solfataricus TF55β chaperonin by cryo-electron microscopy.
著者: Yi Cheng Zeng / Meghna Sobti / Alastair G Stewart /
要旨: Chaperonins are biomolecular complexes that assist in protein folding. Thermophilic factor 55 (TF55) is a group II chaperonin found in the archaeal genus Sulfolobus that has α, β and γ subunits. ...Chaperonins are biomolecular complexes that assist in protein folding. Thermophilic factor 55 (TF55) is a group II chaperonin found in the archaeal genus Sulfolobus that has α, β and γ subunits. Using cryo-electron microscopy, structures of the β-only complex of S. solfataricus TF55 (TF55β) were determined to 3.6-4.2 Å resolution. The structures of the TF55β complexes formed in the presence of ADP or ATP highlighted an open state in which nucleotide exchange can occur before progressing in the refolding cycle.
履歴
登録2020年6月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年3月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete point assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-22186
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-22186
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thermosome subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,4632
ポリマ－60,0361
非ポリマー4271
水0
1
A: Thermosome subunit beta
ヘテロ分子
x 18


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,088,33636
ポリマ－1,080,64618
非ポリマー7,69018
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation17
2


  • 登録構造と同一
  • point asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • point asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: D9 (2回x9回 2面回転対称))

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要素

#1: タンパク質 Thermosome subunit beta / / Chaperonin subunit beta / Thermophilic factor 55 beta / TF55-beta / Thermosome subunit 2


分子量: 60035.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharolobus solfataricus (strain ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2) (古細菌)
株: ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2 / 参照: UniProt: Q9V2T8
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: ADP-bound Octadecameric TF55 beta-subunit chaperonin
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL
分子量値: 1.08 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Saccharolobus solfataricus (strain ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2) (古細菌)
株: ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMTris.HCl1
22 mMMagnesium chlorideMgCl21
31 mMEDTAエチレンジアミン四酢酸1
4100 mMSodium chloride塩化ナトリウムNaCl塩化ナトリウム1
試料濃度: 12 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 293 K / 詳細: 3.5 uL drop with 5 s blotting

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影平均露光時間: 61 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2321

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1cryoSPARC2.12.0粒子像選択Blob picker
2EPU画像取得
4cryoSPARC2.12.0CTF補正Patch CTF correction
7Cootモデルフィッティング
10cryoSPARC2.12.0初期オイラー角割当
11cryoSPARC2.12.0最終オイラー角割当
13cryoSPARC2.12.0３次元再構成
20PHENIXモデル精密化Real-space refine
21ISOLDEモデル精密化MDFF
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 395079
対称性点対称性: D9 (2回x9回 2面回転対称)
3次元再構成解像度: 4.19 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 43528 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT
原子モデル構築PDB-ID: 4XCD

4xcd


PDB chain-ID: A / Accession code: 4XCD / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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