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万見
- PDB-6x0h: Structure of oxidized SidA ornithine hydroxylase with the FAD in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6x0h
タイトルStructure of oxidized SidA ornithine hydroxylase with the FAD in the "out" conformation
要素L-ornithine N(5)-monooxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / FLAVIN-CONTAINING MONOOXYGENASE / FLAVOPROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


L-ornithine N5-monooxygenase [NAD(P)H] / ferrichrome biosynthetic process / ornithine N5-monooxygenase activity / siderophore-dependent iron import into cell / cellular response to iron ion starvation / siderophore biosynthetic process / N,N-dimethylaniline monooxygenase activity / ergosterol biosynthetic process / secondary metabolite biosynthetic process / NADP+ binding ...L-ornithine N5-monooxygenase [NAD(P)H] / ferrichrome biosynthetic process / ornithine N5-monooxygenase activity / siderophore-dependent iron import into cell / cellular response to iron ion starvation / siderophore biosynthetic process / N,N-dimethylaniline monooxygenase activity / ergosterol biosynthetic process / secondary metabolite biosynthetic process / NADP+ binding / monooxygenase activity / intracellular iron ion homeostasis / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
L-lysine 6-monooxygenase/L-ornithine 5-monooxygenase / L-lysine 6-monooxygenase/L-ornithine 5-monooxygenase / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / TRIETHYLENE GLYCOL / L-ornithine N(5)-monooxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus fumigatus (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.087 Å
データ登録者Tanner, J.J. / Campbell, A.C.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE-2003658 米国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE-2003986 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Trapping conformational states of a flavin-dependent N -monooxygenase in crystallo reveals protein and flavin dynamics.
著者: Campbell, A.C. / Stiers, K.M. / Martin Del Campo, J.S. / Mehra-Chaudhary, R. / Sobrado, P. / Tanner, J.J.
履歴
登録2020年5月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22020年9月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-ornithine N(5)-monooxygenase
B: L-ornithine N(5)-monooxygenase
C: L-ornithine N(5)-monooxygenase
D: L-ornithine N(5)-monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)227,51915
ポリマ－223,9104
非ポリマー3,60911
水9,476526
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19810 Å2
ΔGint-137 kcal/mol
Surface area70290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.765, 156.937, 88.651
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 110.380, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 31 through 37 or (resid 38...
21(chain B and (resid 31 through 37 or (resid 38...
31(chain C and (resid 31 through 37 or (resid 38...
41(chain D and (resid 31 through 66 or (resid 67...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 31 through 37 or (resid 38...A31 - 37
121(chain A and (resid 31 through 37 or (resid 38...A38
131(chain A and (resid 31 through 37 or (resid 38...A30 - 1492
141(chain A and (resid 31 through 37 or (resid 38...A30 - 1492
151(chain A and (resid 31 through 37 or (resid 38...A30 - 1492
161(chain A and (resid 31 through 37 or (resid 38...A30 - 1492
211(chain B and (resid 31 through 37 or (resid 38...B31 - 37
221(chain B and (resid 31 through 37 or (resid 38...B38
231(chain B and (resid 31 through 37 or (resid 38...B31 - 1492
241(chain B and (resid 31 through 37 or (resid 38...B31 - 1492
251(chain B and (resid 31 through 37 or (resid 38...B31 - 1492
261(chain B and (resid 31 through 37 or (resid 38...B31 - 1492
311(chain C and (resid 31 through 37 or (resid 38...C31 - 37
321(chain C and (resid 31 through 37 or (resid 38...C38
331(chain C and (resid 31 through 37 or (resid 38...C31 - 1492
341(chain C and (resid 31 through 37 or (resid 38...C31 - 1492
351(chain C and (resid 31 through 37 or (resid 38...C31 - 1492
361(chain C and (resid 31 through 37 or (resid 38...C31 - 1492
411(chain D and (resid 31 through 66 or (resid 67...D31 - 66
421(chain D and (resid 31 through 66 or (resid 67...D67 - 75
431(chain D and (resid 31 through 66 or (resid 67...D31 - 1492
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451(chain D and (resid 31 through 66 or (resid 67...D31 - 1492
461(chain D and (resid 31 through 66 or (resid 67...D31 - 1492

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
L-ornithine N(5)-monooxygenase / OMO / L-ornithine N(5)-oxygenase / Siderphore biosynthesis protein A


分子量: 55977.543 Da / 分子数: 4 / 変異: residues 1-28 deleted / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus fumigatus (カビ) / 株: Af293 / 遺伝子: sidA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: E9QYP0, L-ornithine N5-monooxygenase [NAD(P)H]

-
非ポリマー , 5種, 537分子

#2: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 526 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.98 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: Enzyme stock solution: 8-10 mg/mL SidA in 25 mM HEPES (pH 7.5) and 100 mM NaCl. Crystallization reservoir: 17-21 % PEG-3350, 0.1 M HEPES (pH 7.5), 0.1 M calcium acetate. Cryo-buffer: 15 % PEG- ...詳細: Enzyme stock solution: 8-10 mg/mL SidA in 25 mM HEPES (pH 7.5) and 100 mM NaCl. Crystallization reservoir: 17-21 % PEG-3350, 0.1 M HEPES (pH 7.5), 0.1 M calcium acetate. Cryo-buffer: 15 % PEG-200, 20 % PEG 3350, 0.1 M HEPES (pH 7.5), 0.1 M calcium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.087→156.94 Å / Num. obs: 114542 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 2.3 % / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rpim(I) all: 0.088 / Rrim(I) all: 0.142 / Net I/σ(I): 6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.09-2.122.20.8581092650540.4160.7021.113187.4
11.43-156.942.40.02516596960.9970.020.03217.695.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.23データスケーリング
PHENIX1.14精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4B63

4b63


解像度: 2.087→65.411 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.67 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2322 5716 4.99 %
Rwork0.1823 108770 -
obs0.1849 114486 98.25 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 109.4 Å2 / Biso mean: 37.5202 Å2 / Biso min: 11.92 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.087→65.411 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13867 0 240 526 14633
Biso mean--33.89 33.85 -
残基数----1788
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00714423
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.91919611
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.9038824
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0552192
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062538
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A8096X-RAY DIFFRACTION9.086TORSIONAL
12B8096X-RAY DIFFRACTION9.086TORSIONAL
13C8096X-RAY DIFFRACTION9.086TORSIONAL
14D8096X-RAY DIFFRACTION9.086TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.087-2.11050.33211640.2856301682
2.1105-2.13530.36581780.28364199
2.1353-2.16140.28961760.2705364799
2.1614-2.18870.33571990.2649362599
2.1887-2.21750.28151650.2578368799
2.2175-2.24790.31471780.2515363799
2.2479-2.280.30451860.2407364199
2.28-2.31410.29941890.2364367499
2.3141-2.35020.29982160.2251360699
2.3502-2.38870.29582020.2245366499
2.3887-2.42990.29422050.2205364099
2.4299-2.47410.26821810.20653680100
2.4741-2.52170.24841970.2029363399
2.5217-2.57320.28651880.20063708100
2.5732-2.62910.25531740.19563664100
2.6291-2.69030.24161870.1934367999
2.6903-2.75760.23891900.1843648100
2.7576-2.83210.23972020.1843658100
2.8321-2.91550.24731940.19093671100
2.9155-3.00960.25781890.19583691100
3.0096-3.11710.2632330.2023608100
3.1171-3.24190.25632120.19333660100
3.2419-3.38950.24262070.1781365799
3.3895-3.56820.18821860.1702364499
3.5682-3.79170.20611860.1565364598
3.7917-4.08440.18831840.1449361998
4.0844-4.49540.16981780.1304364797
4.4954-5.14560.17711920.1313358697
5.1456-6.48210.20931770.1604360997
6.4821-65.4110.16962010.1573358596
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.57780.09890.11970.7993-0.08310.46580.0069-0.0206-0.01410.03590.0022-0.1226-0.04750.1019-0.00320.1985-0.0164-0.00260.2075-0.02190.2297112.16030.436550.0706
20.56410.2391-0.13490.7605-0.16540.62440.01120.0964-0.0357-0.0973-0.00920.0690.0236-0.0618-0.00930.2040.013-0.02270.1988-0.02460.265574.7609-21.671231.4295
30.6214-0.01930.14570.7959-0.42960.8677-0.08630.11710.086-0.0040.0930.1123-0.1211-0.0748-0.00790.2307-0.0133-0.01060.23090.00860.258575.926123.486321.9164
41.27940.39530.15660.576-0.20260.6903-0.15750.593-0.1041-0.14670.1573-0.17880.09130.23680.02410.2766-0.05840.05490.5689-0.09710.2466112.56640.71444.5046
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A')A0
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B')B0
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'C')C0
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'D')D0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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