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- PDB-6x0k: Structure of dithionite-reduced SidA ornithine hydroxylase with t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6x0k
タイトルStructure of dithionite-reduced SidA ornithine hydroxylase with the FAD "in" and complexed with L-ornithine
要素L-ornithine N(5)-monooxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / FLAVIN-CONTAINING MONOOXYGENASE / FLAVOPROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


L-ornithine N5-monooxygenase [NAD(P)H] / ferrichrome biosynthetic process / ornithine N5-monooxygenase activity / ergosterol biosynthetic process / cellular response to iron ion starvation / siderophore-iron import into cell / siderophore biosynthetic process / N,N-dimethylaniline monooxygenase activity / secondary metabolite biosynthetic process / NADP+ binding ...L-ornithine N5-monooxygenase [NAD(P)H] / ferrichrome biosynthetic process / ornithine N5-monooxygenase activity / ergosterol biosynthetic process / cellular response to iron ion starvation / siderophore-iron import into cell / siderophore biosynthetic process / N,N-dimethylaniline monooxygenase activity / secondary metabolite biosynthetic process / NADP+ binding / monooxygenase activity / intracellular iron ion homeostasis / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
L-lysine 6-monooxygenase/L-ornithine 5-monooxygenase / L-lysine 6-monooxygenase/L-ornithine 5-monooxygenase / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DIHYDROFLAVINE-ADENINE DINUCLEOTIDE / L-ornithine / L-ornithine N(5)-monooxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus fumigatus (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.231 Å
データ登録者Tanner, J.J. / Campbell, A.C.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE-2003658 米国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE-2003986 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Trapping conformational states of a flavin-dependent N -monooxygenase in crystallo reveals protein and flavin dynamics.
著者: Campbell, A.C. / Stiers, K.M. / Martin Del Campo, J.S. / Mehra-Chaudhary, R. / Sobrado, P. / Tanner, J.J.
履歴
登録2020年5月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22020年9月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: L-ornithine N(5)-monooxygenase
B: L-ornithine N(5)-monooxygenase
C: L-ornithine N(5)-monooxygenase
D: L-ornithine N(5)-monooxygenase
E: L-ornithine N(5)-monooxygenase
F: L-ornithine N(5)-monooxygenase
G: L-ornithine N(5)-monooxygenase
H: L-ornithine N(5)-monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)454,91422
ポリマ－447,8208
非ポリマー7,09314
水6,900383
1
A: L-ornithine N(5)-monooxygenase
B: L-ornithine N(5)-monooxygenase
C: L-ornithine N(5)-monooxygenase
D: L-ornithine N(5)-monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)227,45711
ポリマ－223,9104
非ポリマー3,5477
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18160 Å2
ΔGint-116 kcal/mol
Surface area70010 Å2
手法PISA
2
E: L-ornithine N(5)-monooxygenase
F: L-ornithine N(5)-monooxygenase
G: L-ornithine N(5)-monooxygenase
H: L-ornithine N(5)-monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)227,45711
ポリマ－223,9104
非ポリマー3,5477
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18200 Å2
ΔGint-117 kcal/mol
Surface area69110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.902, 155.044, 146.846
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.010, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 31 or (resid 32 through 33...
21(chain B and (resid 31 through 32 or (resid 33...
31(chain C and (resid 31 through 35 or (resid 36...
41(chain D and (resid 31 through 32 or (resid 33...
51(chain E and (resid 31 through 32 or (resid 33...
61(chain F and (resid 31 through 32 or (resid 33...
71(chain G and (resid 31 through 35 or (resid 36...
81(chain H and (resid 31 or (resid 32 through 33...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LEULEULEULEU(chain A and (resid 31 or (resid 32 through 33...AA3124
12ARGARGSERSER(chain A and (resid 31 or (resid 32 through 33...AA32 - 3325 - 26
13LEULEUGLUGLU(chain A and (resid 31 or (resid 32 through 33...AA31 - 48824 - 481
14LEULEUGLUGLU(chain A and (resid 31 or (resid 32 through 33...AA31 - 48824 - 481
15LEULEUGLUGLU(chain A and (resid 31 or (resid 32 through 33...AA31 - 48824 - 481
16LEULEUGLUGLU(chain A and (resid 31 or (resid 32 through 33...AA31 - 48824 - 481
21LEULEUARGARG(chain B and (resid 31 through 32 or (resid 33...BB31 - 3224 - 25
22SERSERSERSER(chain B and (resid 31 through 32 or (resid 33...BB3326
23LEULEUGLUGLU(chain B and (resid 31 through 32 or (resid 33...BB31 - 48824 - 481
24LEULEUGLUGLU(chain B and (resid 31 through 32 or (resid 33...BB31 - 48824 - 481
25LEULEUGLUGLU(chain B and (resid 31 through 32 or (resid 33...BB31 - 48824 - 481
26LEULEUGLUGLU(chain B and (resid 31 through 32 or (resid 33...BB31 - 48824 - 481
31LEULEUPROPRO(chain C and (resid 31 through 35 or (resid 36...CC31 - 3524 - 28
32GLNGLNASPASP(chain C and (resid 31 through 35 or (resid 36...CC36 - 3729 - 30
33LEULEUGLUGLU(chain C and (resid 31 through 35 or (resid 36...CC31 - 48824 - 481
34LEULEUGLUGLU(chain C and (resid 31 through 35 or (resid 36...CC31 - 48824 - 481
35LEULEUGLUGLU(chain C and (resid 31 through 35 or (resid 36...CC31 - 48824 - 481
36LEULEUGLUGLU(chain C and (resid 31 through 35 or (resid 36...CC31 - 48824 - 481
41LEULEUARGARG(chain D and (resid 31 through 32 or (resid 33...DD31 - 3224 - 25
42SERSERSERSER(chain D and (resid 31 through 32 or (resid 33...DD3326
43LEULEUGLUGLU(chain D and (resid 31 through 32 or (resid 33...DD31 - 48824 - 481
44LEULEUGLUGLU(chain D and (resid 31 through 32 or (resid 33...DD31 - 48824 - 481
45LEULEUGLUGLU(chain D and (resid 31 through 32 or (resid 33...DD31 - 48824 - 481
46LEULEUGLUGLU(chain D and (resid 31 through 32 or (resid 33...DD31 - 48824 - 481
51LEULEUARGARG(chain E and (resid 31 through 32 or (resid 33...EE31 - 3224 - 25
52SERSERSERSER(chain E and (resid 31 through 32 or (resid 33...EE3326
53LEULEUGLUGLU(chain E and (resid 31 through 32 or (resid 33...EE31 - 48824 - 481
54LEULEUGLUGLU(chain E and (resid 31 through 32 or (resid 33...EE31 - 48824 - 481
55LEULEUGLUGLU(chain E and (resid 31 through 32 or (resid 33...EE31 - 48824 - 481
56LEULEUGLUGLU(chain E and (resid 31 through 32 or (resid 33...EE31 - 48824 - 481
61LEULEUARGARG(chain F and (resid 31 through 32 or (resid 33...FF31 - 3224 - 25
62SERSERSERSER(chain F and (resid 31 through 32 or (resid 33...FF3326
63LEULEUGLUGLU(chain F and (resid 31 through 32 or (resid 33...FF31 - 48824 - 481
64LEULEUGLUGLU(chain F and (resid 31 through 32 or (resid 33...FF31 - 48824 - 481
65LEULEUGLUGLU(chain F and (resid 31 through 32 or (resid 33...FF31 - 48824 - 481
66LEULEUGLUGLU(chain F and (resid 31 through 32 or (resid 33...FF31 - 48824 - 481
71LEULEUPROPRO(chain G and (resid 31 through 35 or (resid 36...GG31 - 3524 - 28
72GLNGLNASPASP(chain G and (resid 31 through 35 or (resid 36...GG36 - 3729 - 30
73LEULEUGLUGLU(chain G and (resid 31 through 35 or (resid 36...GG31 - 48824 - 481
74LEULEUGLUGLU(chain G and (resid 31 through 35 or (resid 36...GG31 - 48824 - 481
75LEULEUGLUGLU(chain G and (resid 31 through 35 or (resid 36...GG31 - 48824 - 481
76LEULEUGLUGLU(chain G and (resid 31 through 35 or (resid 36...GG31 - 48824 - 481
81LEULEULEULEU(chain H and (resid 31 or (resid 32 through 33...HH3124
82ARGARGSERSER(chain H and (resid 31 or (resid 32 through 33...HH32 - 3325 - 26
83LEULEUGLUGLU(chain H and (resid 31 or (resid 32 through 33...HH31 - 48824 - 481
84LEULEUGLUGLU(chain H and (resid 31 or (resid 32 through 33...HH31 - 48824 - 481
85LEULEUGLUGLU(chain H and (resid 31 or (resid 32 through 33...HH31 - 48824 - 481
86LEULEUGLUGLU(chain H and (resid 31 or (resid 32 through 33...HH31 - 48824 - 481

-
要素

#1: タンパク質
L-ornithine N(5)-monooxygenase / OMO / L-ornithine N(5)-oxygenase / Siderphore biosynthesis protein A


分子量: 55977.543 Da / 分子数: 8 / 変異: residues 1-28 deleted / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus fumigatus (カビ) / 株: Af293 / 遺伝子: sidA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: E9QYP0, L-ornithine N5-monooxygenase [NAD(P)H]
#2: 化合物
ChemComp-FDA / DIHYDROFLAVINE-ADENINE DINUCLEOTIDE


分子量: 787.566 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H35N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-ORN / L-ornithine


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 132.161 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12N2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 383 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: Enzyme stock solution: 8-10 mg/mL SidA in 25 mM HEPES (pH 7.5) and 100 mM NaCl. Crystallization reservoir: 17-21 % PEG-3350, 0.1 M HEPES (pH 7.5), 0.1 M calcium acetate. Cryo-buffer: 15 % PEG- ...詳細: Enzyme stock solution: 8-10 mg/mL SidA in 25 mM HEPES (pH 7.5) and 100 mM NaCl. Crystallization reservoir: 17-21 % PEG-3350, 0.1 M HEPES (pH 7.5), 0.1 M calcium acetate. Cryo-buffer: 15 % PEG-200, 20 % PEG 3350, 0.1 M HEPES (pH 7.5), 0.1 M calcium acetate, 50 mM L-ornithine, and 100 mM sodium dithionite

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.23→155.04 Å / Num. obs: 225621 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 4.5 % / CC1/2: 0.986 / Rmerge(I) obs: 0.209 / Rpim(I) all: 0.113 / Rrim(I) all: 0.239 / Net I/σ(I): 7.8 / Num. measured all: 1006051
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.23-2.264.41.43742885960.3990.7271.583175.2
12.19-155.043.70.056527914230.9920.0330.06527.896.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.32データスケーリング
PHENIX1.14精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4B63

4b63


解像度: 2.231→68.553 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.31 / 位相誤差: 31.57 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2807 11094 4.98 %
Rwork0.2307 211812 -
obs0.2332 222906 97.04 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 158.24 Å2 / Biso mean: 57.4771 Å2 / Biso min: 21.41 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.231→68.553 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数27310 0 425 383 28118
Biso mean--47.06 42.97 -
残基数----3511
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00828413
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.02938612
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.71817376
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0584320
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0074990
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A15336X-RAY DIFFRACTION8.825TORSIONAL
12B15336X-RAY DIFFRACTION8.825TORSIONAL
13C15336X-RAY DIFFRACTION8.825TORSIONAL
14D15336X-RAY DIFFRACTION8.825TORSIONAL
15E15336X-RAY DIFFRACTION8.825TORSIONAL
16F15336X-RAY DIFFRACTION8.825TORSIONAL
17G15336X-RAY DIFFRACTION8.825TORSIONAL
18H15336X-RAY DIFFRACTION8.825TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.2313-2.25670.3582880.3103557576
2.2567-2.28330.33153340.2893678994
2.2833-2.31110.33163320.2897681994
2.3111-2.34040.34263680.3013686195
2.3404-2.37120.35063770.2815695295
2.3712-2.40360.33093630.2722694996
2.4036-2.4380.33533530.2812703597
2.438-2.47440.34683600.2943707097
2.4744-2.5130.37433440.2998680094
2.513-2.55420.34853770.2945714199
2.5542-2.59830.3793560.2946724099
2.5983-2.64550.34953600.2822726599
2.6455-2.69640.33273930.2738715599
2.6964-2.75150.32763960.277716899
2.7515-2.81130.33683490.2751727899
2.8113-2.87670.32944000.2623717399
2.8767-2.94860.33544080.2673717899
2.9486-3.02840.32383950.2807719299
3.0284-3.11750.34053530.29719399
3.1175-3.21810.34273530.2965720199
3.2181-3.33310.32214000.2519717099
3.3331-3.46660.29514330.2409709399
3.4666-3.62430.26344140.2318703897
3.6243-3.81540.27143830.21714998
3.8154-4.05440.24533720.1933719499
4.0544-4.36740.21253650.1708723899
4.3674-4.80680.20943370.1617728299
4.8068-5.50210.21593840.1698720099
5.5021-6.9310.23493430.193723998
6.931-68.5530.23344040.2133717597
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2199-0.40260.29591.0423-0.41810.9893-0.0436-0.0241-0.30620.1220.11640.22520.0279-0.1675-0.07480.25230.01830.03850.24930.00020.4386-31.0551-50.486372.0344
20.6993-0.0459-0.05321.0078-0.1660.84910.02310.0779-0.0225-0.0750.0504-0.2246-0.08640.3034-0.0620.2426-0.0602-0.00020.4116-0.08870.37298.0696-31.506153.051
30.5965-0.38510.05491.3384-0.19680.6857-0.00960.290.1013-0.37180.08780.1567-0.1325-0.136-0.07970.4073-0.0557-0.0660.46740.08760.3812-28.4674-26.040826.7887
41.3358-0.7120.23751.2831-0.3360.4785-0.1255-0.11810.51890.29360.1205-0.0533-0.2366-0.08020.01880.44570.0816-0.01290.292-0.06960.557-33.9402-5.198468.4601
50.57680.385-0.08511.0177-0.40311.23140.0654-0.1036-0.12680.0310.03330.040.1644-0.2027-0.09910.3068-0.0522-0.02060.3671-0.0140.3846-31.9998-94.280747.6647
60.81990.4454-0.04551.01330.09870.0957-0.08190.4179-0.4357-0.28580.0707-0.15320.2327-0.12510.00750.6598-0.0978-0.0310.6464-0.27280.5981-35.6043-114.25865.2538
71.80.2281-0.35371.1107-0.32991.35930.09590.8480.3476-0.31450.09930.1567-0.1471-0.2861-0.17420.47210.0213-0.01320.69580.10870.3889-28.9971-69.24322.9232
80.84550.5237-0.24711.2133-0.32241.2089-0.02680.2347-0.3310.05360.027-0.43070.09320.49580.00430.41770.0493-0.00430.683-0.18790.62346.9061-91.173824.0241
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A'A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B'B0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C'C0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'D'D0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'E'E0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'F'F0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'G'G0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'H'H0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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