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- PDB-6wy6: Crystal structure of S. cerevisiae Atg8 in complex with Ede1 (122... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wy6
タイトルCrystal structure of S. cerevisiae Atg8 in complex with Ede1 (1220-1247)
要素
  • Autophagy-related protein 8
  • EH domain-containing and endocytosis protein 1
キーワードPROTEIN TRANSPORT / selective autophagy / clathrin-mediated endocytosis / intrinsic receptor / Atg8 / Ede1 / cryo-electron tomography / liquid-liquid phase separation / LLPS
機能・相同性
機能・相同性情報


NRAGE signals death through JNK / G alpha (12/13) signalling events / CDC42 GTPase cycle / Clathrin-mediated endocytosis / RHOU GTPase cycle / Cvt vesicle membrane / RHOQ GTPase cycle / actin cortical patch organization / TBC/RABGAPs / Receptor Mediated Mitophagy ...NRAGE signals death through JNK / G alpha (12/13) signalling events / CDC42 GTPase cycle / Clathrin-mediated endocytosis / RHOU GTPase cycle / Cvt vesicle membrane / RHOQ GTPase cycle / actin cortical patch organization / TBC/RABGAPs / Receptor Mediated Mitophagy / regulation of membrane invagination / vacuole-isolation membrane contact site / protein targeting to vacuole involved in autophagy / オートファジー / actin cortical patch / cytoplasm to vacuole targeting by the Cvt pathway / cellular bud tip / nucleophagy / autophagy of mitochondrion / protein localization to phagophore assembly site / piecemeal microautophagy of the nucleus / cellular response to nitrogen starvation / phosphatidylethanolamine binding / cellular bud neck / mating projection tip / protein-containing complex localization / phagophore assembly site / fungal-type vacuole membrane / reticulophagy / endosomal transport / positive regulation of cytokinesis / autophagosome membrane / autophagosome assembly / オートファゴソーム / regulation of macroautophagy / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / endoplasmic reticulum unfolded protein response / ubiquitin binding / ミトコンドリア / オートファジー / protein tag activity / オートファジー / エンドサイトーシス / regulation of protein localization / protein transport / membrane fusion / calcium ion binding / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Cytoskeletal-regulatory complex EF hand / EH domain profile. / Eps15 homology domain / EFハンド / Autophagy protein Atg8 ubiquitin-like / Autophagy protein Atg8 ubiquitin like / UBA/TS-N domain / Ubiquitin associated domain / Ubiquitin-associated domain / Ubiquitin-associated domain (UBA) profile. ...Cytoskeletal-regulatory complex EF hand / EH domain profile. / Eps15 homology domain / EFハンド / Autophagy protein Atg8 ubiquitin-like / Autophagy protein Atg8 ubiquitin like / UBA/TS-N domain / Ubiquitin associated domain / Ubiquitin-associated domain / Ubiquitin-associated domain (UBA) profile. / UBA-like superfamily / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Autophagy-related protein 8 / EH domain-containing and endocytosis protein 1 / Autophagy-related protein 8
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.773 Å
データ登録者Zheng, Y. / Wilfling, F. / Baumeister, W. / Schulman, B.A.
資金援助 ドイツ, 3件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG) ドイツ
Max Planck Society ドイツ
European Research Council (ERC) ドイツ
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2020
タイトル: A Selective Autophagy Pathway for Phase-Separated Endocytic Protein Deposits.
著者: Wilfling, F. / Lee, C.W. / Erdmann, P.S. / Zheng, Y. / Sherpa, D. / Jentsch, S. / Pfander, B. / Schulman, B.A. / Baumeister, W.
履歴
登録2020年5月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Autophagy-related protein 8
A: Autophagy-related protein 8
C: EH domain-containing and endocytosis protein 1
D: EH domain-containing and endocytosis protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,5524
ポリマ－33,5524
非ポリマー00
水3,891216
1
B: Autophagy-related protein 8
D: EH domain-containing and endocytosis protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,7762
ポリマ－16,7762
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1990 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area7740 Å2
手法PISA
2
A: Autophagy-related protein 8
C: EH domain-containing and endocytosis protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,7762
ポリマ－16,7762
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1810 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area8090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.642, 49.642, 123.446
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

#1: タンパク質 Autophagy-related protein 8 / Autophagy-related ubiquitin-like modifier ATG8 / Cytoplasm to vacuole targeting protein 5


分子量: 13603.682 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-116 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: ATG8, APG8, AUT7, CVT5, SCY_0144 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A6ZKM4, UniProt: P38182*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド EH domain-containing and endocytosis protein 1 / Bud site selection protein 15 / Ede1


分子量: 3172.261 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1220-1247 / Mutation: D1247E / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P34216
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 216 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.74 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8
詳細: 1.1 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate, pH 4.8, 0.01 M sodium iodide

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年10月11日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.773→46.06 Å / Num. obs: 28870 / % possible obs: 99.97 % / 冗長度: 8.8 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.068 / Rsym value: 0.06 / Χ2: 1.586 / Net I/σ(I): 29.36
反射 シェル解像度: 1.773→1.836 Å / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.409 / Num. unique obs: 2848 / CC1/2: 0.862 / Rpim(I) all: 0.297 / Rrim(I) all: 0.586 / Rsym value: 0.503 / Χ2: 0.883 / % possible all: 99.65

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMACccp4精密化
Cootモデル構築
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データスケーリング
PHASERccp4位相決定
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2ZNP

2znp


解像度: 1.773→46.057 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.61
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2028 1478 5.12 %
Rwork0.1756 --
obs0.1771 28859 99.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 75.86 Å2 / Biso mean: 28.8951 Å2 / Biso min: 13.76 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.773→46.057 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2189 0 0 216 2405
Biso mean---36.58 -
残基数----277
LS精密化 シェル解像度: 1.773→1.836 Å /
Rfactor%反射
Rfree0.2676 -
Rwork0.224 -
obs-99.94 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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