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- PDB-6woc: Diphosphoinositol polyphosphate phosphohydrolase 1 (DIPP1/NUDT3) ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6woc
タイトルDiphosphoinositol polyphosphate phosphohydrolase 1 (DIPP1/NUDT3) in complex with 5-diphosphoinositol pentakisphosphate and Mg, presoaked with 5-IP7, Mg and Fluoride, soaking 1min in the absence of Fluoride.
要素Diphosphoinositol polyphosphate phosphohydrolase 1
キーワードHYDROLASE / phosphatase / nudix / catalysis mechanism / Substrate Specificity / inositol / inositol pyrophosphate
機能・相同性
機能・相同性情報


diphosphoinositol polyphosphate catabolic process / inositol diphosphate pentakisphosphate diphosphatase activity / inositol-3,5-bisdiphosphate-2,3,4,6-tetrakisphosphate 5-diphosphatase activity / inositol diphosphate tetrakisphosphate diphosphatase activity / endopolyphosphatase / diadenosine polyphosphate catabolic process / 5'-(N7-methyl 5'-triphosphoguanosine)-[mRNA] diphosphatase / inositol-5-diphosphate-1,2,3,4,6-pentakisphosphate diphosphatase activity / RNA decapping / endopolyphosphatase activity ...diphosphoinositol polyphosphate catabolic process / inositol diphosphate pentakisphosphate diphosphatase activity / inositol-3,5-bisdiphosphate-2,3,4,6-tetrakisphosphate 5-diphosphatase activity / inositol diphosphate tetrakisphosphate diphosphatase activity / endopolyphosphatase / diadenosine polyphosphate catabolic process / 5'-(N7-methyl 5'-triphosphoguanosine)-[mRNA] diphosphatase / inositol-5-diphosphate-1,2,3,4,6-pentakisphosphate diphosphatase activity / RNA decapping / endopolyphosphatase activity / bis(5'-adenosyl)-hexaphosphatase activity / diphosphoinositol polyphosphate metabolic process / diadenosine pentaphosphate catabolic process / diadenosine hexaphosphate catabolic process / adenosine 5'-(hexahydrogen pentaphosphate) catabolic process / diphosphoinositol-polyphosphate diphosphatase activity / 5'-(N(7)-methyl 5'-triphosphoguanosine)-[mRNA] diphosphatase activity / diadenosine hexaphosphate hydrolase (ATP-forming) / Synthesis of pyrophosphates in the cytosol / diphosphoinositol-polyphosphate diphosphatase / 5'-(N7-methylguanosine 5'-triphospho)-[mRNA] hydrolase / bis(5'-adenosyl)-pentaphosphatase activity / 5'-(N(7)-methylguanosine 5'-triphospho)-[mRNA] hydrolase activity / cell-cell signaling / manganese ion binding / magnesium ion binding / zinc ion binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / NUDIX hydrolase, conserved site / Nudix box signature. / NUDIX domain / Nudix hydrolase domain profile. / NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-I7P / Diphosphoinositol polyphosphate phosphohydrolase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Zong, G.N. / Wang, H.C. / Shears, S.B.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)1ZIAES080046-31 米国
引用ジャーナル: Faseb J. / 年: 2021
タイトル: New structural insights reveal an expanded reaction cycle for inositol pyrophosphate hydrolysis by human DIPP1.
著者: Zong, G. / Jork, N. / Hostachy, S. / Fiedler, D. / Jessen, H.J. / Shears, S.B. / Wang, H.
履歴
登録2020年4月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年3月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Diphosphoinositol polyphosphate phosphohydrolase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,4277
ポリマ－19,5431
非ポリマー8846
水2,918162
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.708, 59.611, 62.581
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Diphosphoinositol polyphosphate phosphohydrolase 1 / DIPP-1 / Diadenosine 5' / 5'''-P1 / P6-hexaphosphate hydrolase 1 / Nucleoside diphosphate-linked ...DIPP-1 / Diadenosine 5' / 5'''-P1 / P6-hexaphosphate hydrolase 1 / Nucleoside diphosphate-linked moiety X motif 3 / Nudix motif 3


分子量: 19542.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NUDT3, DIPP, DIPP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O95989, diphosphoinositol-polyphosphate diphosphatase, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用
#2: 化合物 ChemComp-I7P / (1r,2R,3S,4s,5R,6S)-2,3,4,5,6-pentakis(phosphonooxy)cyclohexyl trihydrogen diphosphate / 1D-myo-inositol 5-diphosphate 1,2,3,4,6-pentakisphosphate / D-myo-イノシト-ル1,2,3,4,6-ペンタキスりん酸5-二りん酸


分子量: 740.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H19O27P7 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 162 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.61 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 10% (w/v) PEG 8000, 10% (v/v) isopropanol, 200 mM Li2SO4, 75 mM NaAc, pH 5.5 and 25 mM HEPES, pH 7.0 and soaking in solution of 200 mM LiCl, 20% (w/v) PEG 8000, 20% (v/v) isopropanol, 100 mM ...詳細: 10% (w/v) PEG 8000, 10% (v/v) isopropanol, 200 mM Li2SO4, 75 mM NaAc, pH 5.5 and 25 mM HEPES, pH 7.0 and soaking in solution of 200 mM LiCl, 20% (w/v) PEG 8000, 20% (v/v) isopropanol, 100 mM HEPES, pH 7.0, 80 mM NaF, 20 mM MgCl2 in present of 2mM 5-IP7 for 2 days, and transferred into 200 mM LiCl, 20% (w/v) PEG 8000, 20% (v/v) isopropanol, 100 mM HEPES, pH 7.0, 20 mM MgCl2 for 1min.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→50 Å / Num. obs: 37111 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 9.4 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rpim(I) all: 0.019 / Rrim(I) all: 0.058 / Χ2: 0.93 / Net I/σ(I): 12.7 / Num. measured all: 348699
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.35-1.377.60.53615280.9480.1940.5720.86781.5
1.37-1.47.80.47715950.9720.170.5080.88684.9
1.4-1.437.90.49716930.9710.1750.5290.89690.3
1.43-1.457.80.46318190.970.1650.4930.90195.8
1.45-1.497.70.39418060.9680.1430.4210.90496.2
1.49-1.529.60.34218980.9870.1140.3610.90299.7
1.52-1.5610.10.26918690.9890.0880.2840.89199.8
1.56-1.610.30.26518870.9910.0860.2790.92599.5
1.6-1.6510.20.20618820.9940.0670.2170.90899.6
1.65-1.710.10.1719000.9950.0560.1790.90499.5
1.7-1.76100.14518910.9950.0480.1530.9199.4
1.76-1.839.80.10718730.9950.0360.1130.92199.3
1.83-1.929.40.08718940.9960.030.0930.94199.3
1.92-2.028.20.06818560.9960.0250.0730.94197.9
2.02-2.1410.10.05719310.9980.0190.060.92799.9
2.14-2.3110.70.04919190.9980.0160.0520.98599.9
2.31-2.5410.60.04219320.9980.0140.0450.94499.9
2.54-2.9110.20.0419360.9980.0130.0421.01999.5
2.91-3.6690.03619300.9960.0130.0391.01197.7
3.66-509.80.03520720.9970.0120.0370.94898.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0253精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
DENZOデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.35→31.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.969 / SU B: 1.618 / SU ML: 0.029 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.051 / ESU R Free: 0.048 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1638 1695 5 %RANDOM
Rwork0.138 ---
obs0.1393 32263 88.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 69.76 Å2 / Biso mean: 16.805 Å2 / Biso min: 9.19 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.43 Å2-0 Å20 Å2
2--2.52 Å2-0 Å2
3----0.09 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.35→31.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1086 0 45 162 1293
Biso mean--22.41 33.04 -
残基数----134
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0131193
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0181078
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7891.6931636
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4361.5942509
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0135147
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg25.59221.30469
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.28815208
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.6051511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2180.2156
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021313
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02260
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr5.35632271
LS精密化 シェル解像度: 1.351→1.386 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.211 83 -
Rwork0.172 1591 -
all-1674 -
obs--59.83 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 5.9448 Å / Origin y: 7.1252 Å / Origin z: 13.8261 Å
111213212223313233
T0.0234 Å2-0.0005 Å2-0.0003 Å2-0.0027 Å20 Å2--0.0245 Å2
L0.1158 °2-0.0591 °2-0.0176 °2-0.1786 °2-0.0249 °2--0.077 °2
S0.0003 Å °0.0079 Å °0.002 Å °-0.0048 Å °-0.0012 Å °-0.0049 Å °-0.0007 Å °0.0102 Å °0.0009 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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