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- PDB-6w72: BlsA photo-activated state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6w72
タイトルBlsA photo-activated state
要素BLUF domain-containing protein
キーワードFLAVOPROTEIN (フラボタンパク質) / BLUF / photoreceptor
機能・相同性Sensors of blue-light using FAD / BLUF domain profile. / BLUF domain / Sensors of blue-light using FAD / Acylphosphatase-like domain superfamily / blue light photoreceptor activity / FAD binding / フラビンモノヌクレオチド / BLUF domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.76 Å
データ登録者Chitrakar, I. / French, J.B.
資金援助 米国, 5件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM124898 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32GM092714 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R25GM103962 米国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB1750637 米国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE1223819 米国
引用ジャーナル: Acs Infect Dis. / 年: 2020
タイトル: Structural Basis for the Regulation of Biofilm Formation and Iron Uptake in A. baumannii by the Blue-Light-Using Photoreceptor, BlsA.
著者: Chitrakar, I. / Iuliano, J.N. / He, Y. / Woroniecka, H.A. / Tolentino Collado, J. / Wint, J.M. / Walker, S.G. / Tonge, P.J. / French, J.B.
履歴
登録2020年3月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BLUF domain-containing protein
B: BLUF domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,1974
ポリマ－37,2842
非ポリマー9132
水4,792266
1
A: BLUF domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,0982
ポリマ－18,6421
非ポリマー4561
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: BLUF domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,0982
ポリマ－18,6421
非ポリマー4561
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)48.404, 39.286, 92.823
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.800, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 BLUF domain-containing protein / Blue light sensor protein / Sensors of blue-light using FAD family protein / BlsA


分子量: 18642.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア)
遺伝子: ycgF, A7M79_14390, B9X91_17880, BGC29_03740, CHQ89_03035, DLI75_12900, E2533_15865, E2536_08065, EKS29_07115, FD887_10435, FD913_14645, FJU79_06305, SAMEA104305351_02412
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: V5VB82
#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN / フラビンモノヌクレオチド


分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 266 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.49 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M Sodium Chloride 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.91979 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月28日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.76→29.63 Å / Num. obs: 32248 / % possible obs: 94.6 % / 冗長度: 4.2 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.079 / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.76-1.83.20.551451714130.8540.3240.6441.557.3
7.86-29.624.40.03417674010.9990.0170.03824.997.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
XDSデータ削減
Aimless0.5.31データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.76→29.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 3.186 / SU ML: 0.097 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.128 / ESU R Free: 0.127
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2367 1542 4.8 %RANDOM
Rwork0.1925 ---
obs0.1945 30701 94.44 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 78.77 Å2 / Biso mean: 23.295 Å2 / Biso min: 13.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.5 Å20 Å2-0.16 Å2
2---0.57 Å20 Å2
3----0.76 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.76→29.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2327 0 62 266 2655
Biso mean--27.1 35.89 -
残基数----280
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0132462
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172125
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7051.6783343
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4871.5974934
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2015286
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.7124.037161
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.11915424
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.5341514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2308
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.022770
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02536
LS精密化 シェル解像度: 1.76→1.804 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.326 75 -
Rwork0.332 1336 -
obs--55.9 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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