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- PDB-6vnx: Crystal structure of TYK2 kinase with compound 19 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vnx
タイトルCrystal structure of TYK2 kinase with compound 19
要素Non-receptor tyrosine-protein kinase TYK2
キーワードTRANSFERASE/INHIBITOR / kinase (キナーゼ) / TRANSFERASE (転移酵素) / TRANSFERASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


type III interferon-mediated signaling pathway / interleukin-12 receptor complex / interleukin-23 receptor complex / Interleukin-23 signaling / positive regulation of T-helper 17 type immune response / type 1 angiotensin receptor binding / positive regulation of NK T cell proliferation / interleukin-12-mediated signaling pathway / Interleukin-12 signaling / Interleukin-35 Signalling ...type III interferon-mediated signaling pathway / interleukin-12 receptor complex / interleukin-23 receptor complex / Interleukin-23 signaling / positive regulation of T-helper 17 type immune response / type 1 angiotensin receptor binding / positive regulation of NK T cell proliferation / interleukin-12-mediated signaling pathway / Interleukin-12 signaling / Interleukin-35 Signalling / Interleukin-27 signaling / IL-6-type cytokine receptor ligand interactions / growth hormone receptor binding / Other interleukin signaling / extrinsic component of plasma membrane / Interleukin-20 family signaling / Interleukin-6 signaling / type I interferon-mediated signaling pathway / positive regulation of interleukin-17 production / MAPK3 (ERK1) activation / Interleukin-10 signaling / MAPK1 (ERK2) activation / positive regulation of natural killer cell proliferation / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / Regulation of IFNA/IFNB signaling / growth hormone receptor signaling pathway via JAK-STAT / type II interferon-mediated signaling pathway / Signaling by CSF3 (G-CSF) / positive regulation of T cell proliferation / non-specific protein-tyrosine kinase / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / cytoplasmic side of plasma membrane / cellular response to virus / cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of protein localization to nucleus / Interferon alpha/beta signaling / positive regulation of type II interferon production / protein tyrosine kinase activity / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / Potential therapeutics for SARS / 細胞分化 / 細胞骨格 / intracellular signal transduction / 免疫応答 / protein phosphorylation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / extracellular exosome / ATP binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase, non-receptor, TYK2, N-terminal / Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak/Tyk2 / JAK, FERM F2 lobe domain / FERM F1 lobe ubiquitin-like domain / JAK1-3/TYK2, pleckstrin homology-like domain / Jak1 pleckstrin homology-like domain / FERM F2 acyl-CoA binding protein-like domain / FERM F1 ubiquitin-like domain / FERM superfamily, second domain / FERM domain ...Tyrosine-protein kinase, non-receptor, TYK2, N-terminal / Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak/Tyk2 / JAK, FERM F2 lobe domain / FERM F1 lobe ubiquitin-like domain / JAK1-3/TYK2, pleckstrin homology-like domain / Jak1 pleckstrin homology-like domain / FERM F2 acyl-CoA binding protein-like domain / FERM F1 ubiquitin-like domain / FERM superfamily, second domain / FERM domain / FERM domain profile. / Band 4.1 domain / Band 4.1 homologues / Src homology 2 domains / SH2ドメイン / SH2 domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-R4V / Non-receptor tyrosine-protein kinase TYK2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.18 Å
データ登録者Vajdos, F.F.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Design and optimization of a series of 4-(3-azabicyclo[3.1.0]hexan-3-yl)pyrimidin-2-amines: Dual inhibitors of TYK2 and JAK1.
著者: Fensome, A. / Ambler, C.M. / Arnold, E. / Banker, M.E. / Clark, J.D. / Dowty, M.E. / Efremov, I.V. / Flick, A. / Gerstenberger, B.S. / Gifford, R.S. / Gopalsamy, A. / Hegen, M. / Jussif, J. / ...著者: Fensome, A. / Ambler, C.M. / Arnold, E. / Banker, M.E. / Clark, J.D. / Dowty, M.E. / Efremov, I.V. / Flick, A. / Gerstenberger, B.S. / Gifford, R.S. / Gopalsamy, A. / Hegen, M. / Jussif, J. / Limburg, D.C. / Lin, T.H. / Pierce, B.S. / Sharma, R. / Trujillo, J.I. / Vajdos, F.F. / Vincent, F. / Wan, Z.K. / Xing, L. / Yang, X. / Yang, X.
履歴
登録2020年1月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22020年4月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Non-receptor tyrosine-protein kinase TYK2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,9582
ポリマ－36,5511
非ポリマー4071
水2,252125
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.406, 73.559, 103.825
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Non-receptor tyrosine-protein kinase TYK2


分子量: 36550.570 Da / 分子数: 1 / 断片: kinase domain / 変異: C936A, C1142A, Q969A, E971A, K972A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TYK2 / 細胞株 (発現宿主): Sf21
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P29597, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-R4V / (1S)-2,2-difluoro-N-[(1S,5R,6R)-3-{5-fluoro-2-[(1-methyl-1H-pyrazol-4-yl)amino]pyrimidin-4-yl}-6-methyl-3-azabicyclo[3.1.0]hexan-1-yl]cyclopropane-1-carboxamide


分子量: 407.393 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H20F3N7O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 125 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.32 % / Mosaicity: 0 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 8
詳細: 0.1 M bis-tris pH 5.5, 0.25 M NaCl, 10 mM TCEP, 27-33% PEG-3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.179→103.825 Å / Num. all: 14813 / Num. obs: 14813 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 32.55 Å2 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.108 / Rsym value: 0.088 / Net I/av σ(I): 7.2 / Net I/σ(I): 12.7 / Num. measured all: 78551
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2.18-2.33.40.2842.6636518700.1780.3740.2843.186
2.3-2.444.10.2642.8819919970.1550.340.2644.297.9
2.44-2.650.2343.1974519430.1250.2890.2345.8100
2.6-2.815.70.1953.71034918280.0970.2340.1957.9100
2.81-3.086.20.1684.21033816620.0790.1980.16810.799.6
3.08-3.456.40.1056.6962715160.0490.1250.1051699.4
3.45-3.986.30.06610.3856213580.0320.080.06622.999.1
3.98-4.875.80.0512.4671511500.0270.0630.0527.398.8
4.87-6.896.10.0512.756819240.0250.0620.0528.199.4
6.89-103.8255.30.03913.129705650.0210.0470.03932.299.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.16データスケーリング
BUSTER2.11.2精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3LXP

3lxp


解像度: 2.18→51.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9136 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8752 / SU R Cruickshank DPI: 0.312 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.34 / SU Rfree Blow DPI: 0.219 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.215
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2383 752 5.1 %RANDOM
Rwork0.1941 ---
obs0.1963 14756 97.11 %-
原子変位パラメータBiso max: 130.22 Å2 / Biso mean: 39.11 Å2 / Biso min: 12.77 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.9952 Å20 Å20 Å2
2--10.2117 Å20 Å2
3----16.207 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.272 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.18→51.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2350 0 29 125 2504
Biso mean--25.4 39.7 -
残基数----290
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d849SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes55HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes373HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2466HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion297SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2800SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d2466HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg3368HARMONIC21.14
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.05
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.85
LS精密化 シェル解像度: 2.18→2.35 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2721 137 5.03 %
Rwork0.2174 2587 -
all0.2201 2724 -
obs--97.11 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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