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- PDB-6vbv: Structure of the bovine BBSome:ARL6:GTP complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vbv
タイトルStructure of the bovine BBSome:ARL6:GTP complex
要素
  • (Bardet-Biedl syndrome ...Bardet–Biedl syndrome) x 6
  • ADP-ribosylation factor-like protein 6
  • BBS1 domain-containing protein
  • Tetratricopeptide repeat domain 8Tetratricopeptide repeat
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Cilia (繊毛) / ciliopathy (繊毛病) / complex / membrane-protein transport
機能・相同性
機能・相同性情報


BBSome binding / establishment of anatomical structure orientation / BBSome-mediated cargo-targeting to cilium / multi-ciliated epithelial cell differentiation / receptor localization to non-motile cilium / renal tubule development / BBSome / camera-type eye photoreceptor cell differentiation / smoothened binding / establishment of planar polarity ...BBSome binding / establishment of anatomical structure orientation / BBSome-mediated cargo-targeting to cilium / multi-ciliated epithelial cell differentiation / receptor localization to non-motile cilium / renal tubule development / BBSome / camera-type eye photoreceptor cell differentiation / smoothened binding / establishment of planar polarity / axonemal microtubule / photoreceptor connecting cilium / inner ear receptor cell stereocilium organization / patched binding / olfactory bulb development / membrane coat / protein localization to cilium / non-motile cilium assembly / phosphatidylinositol-3-phosphate binding / establishment of epithelial cell apical/basal polarity / non-motile cilium / regulation of stress fiber assembly / 繊毛 / protein targeting to membrane / centrosome cycle / ciliary membrane / 中心体マトリックス / fat cell differentiation / axoneme / intracellular transport / cilium assembly / centriolar satellite / protein polymerization / vesicle-mediated transport / ciliary basal body / 軸索誘導 / protein localization to plasma membrane / phospholipid binding / intracellular protein transport / multicellular organism growth / protein localization / 繊毛 / regulation of protein localization / sensory perception of smell / protein-macromolecule adaptor activity / protein transport / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / neuron projection / GTPase activity / 中心体 / GTP binding / 生体膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
ADP-ribosylation factor-like protein 6 / Bardet-Biedl syndrome 7 protein / Bardet-Biedl syndrome 2 protein / Ciliary BBSome complex subunit 2, C-terminal domain / Ciliary BBSome complex subunit 2, middle region / Ciliary BBSome complex subunit 2, N-terminal / Ciliary BBSome complex subunit 2, N-terminal / Ciliary BBSome complex subunit 2, C-terminal / Ciliary BBSome complex subunit 2, middle region / Bardet-Biedl syndrome 5 protein ...ADP-ribosylation factor-like protein 6 / Bardet-Biedl syndrome 7 protein / Bardet-Biedl syndrome 2 protein / Ciliary BBSome complex subunit 2, C-terminal domain / Ciliary BBSome complex subunit 2, middle region / Ciliary BBSome complex subunit 2, N-terminal / Ciliary BBSome complex subunit 2, N-terminal / Ciliary BBSome complex subunit 2, C-terminal / Ciliary BBSome complex subunit 2, middle region / Bardet-Biedl syndrome 5 protein / DM16 repeat / Cilia BBSome complex subunit 10 / Tetratricopeptide repeat protein 8 / Bardet-Biedl syndrome 5 protein/sex-determination protein fem-3 / Bardet-Biedl syndrome 5 protein / Cilia BBSome complex subunit 10 / Repeats in sea squirt COS41.4, worm R01H10.6, fly CG1126 etc. / Parathyroid hormone-responsive B1 / PTHB1, N-terminal domain / PTHB1, C-terminal domain / PTHB1 N-terminus / PTHB1 C-terminus / Bardet-Biedl syndrome 1 protein / Bardet-Biedl syndrome 1, N-terminal / Ciliary BBSome complex subunit 1 / TPR repeat / Tetratricopeptide repeat / small GTPase Arf family profile. / Sar1p-like members of the Ras-family of small GTPases / Tetratricopeptide repeat / Small GTPase superfamily, ARF/SAR type / ADP-ribosylation factor family / ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor / Tetratricopeptide repeat / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Small GTP-binding protein domain / PH-like domain superfamily / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
グアノシン三リン酸 / Bardet-Biedl syndrome 5 protein homolog / Bardet-Biedl syndrome 9 / Bardet-Biedl syndrome 1 / Bardet-Biedl syndrome 7 protein homolog / Tetratricopeptide repeat domain 8 / BBSome interacting protein 1 / ADP-ribosylation factor-like protein 6 / Bardet-Biedl syndrome 4 protein homolog / Bardet-Biedl syndrome 2 protein homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Singh, S.K. / Gui, M. / Koh, F. / Yip, M.C.J. / Brown, A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Other private 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2020
タイトル: Structure and activation mechanism of the BBSome membrane protein trafficking complex.
著者: Sandeep K Singh / Miao Gui / Fujiet Koh / Matthew Cj Yip / Alan Brown /
要旨: Bardet-Biedl syndrome (BBS) is a currently incurable ciliopathy caused by the failure to correctly establish or maintain cilia-dependent signaling pathways. Eight proteins associated with BBS ...Bardet-Biedl syndrome (BBS) is a currently incurable ciliopathy caused by the failure to correctly establish or maintain cilia-dependent signaling pathways. Eight proteins associated with BBS assemble into the BBSome, a key regulator of the ciliary membrane proteome. We report the electron cryomicroscopy (cryo-EM) structures of the native bovine BBSome in inactive and active states at 3.1 and 3.5 Å resolution, respectively. In the active state, the BBSome is bound to an Arf-family GTPase (ARL6/BBS3) that recruits the BBSome to ciliary membranes. ARL6 recognizes a composite binding site formed by BBS1 and BBS7 that is occluded in the inactive state. Activation requires an unexpected swiveling of the β-propeller domain of BBS1, the subunit most frequently implicated in substrate recognition, which widens a central cavity of the BBSome. Structural mapping of disease-causing mutations suggests that pathogenesis results from folding defects and the disruption of autoinhibition and activation.
履歴
登録2019年12月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-21145
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
0: Bardet-Biedl syndrome 18 protein
1: BBS1 domain-containing protein
2: Bardet-Biedl syndrome 2 protein homolog
4: Bardet-Biedl syndrome 4 protein homolog
5: Bardet-Biedl syndrome 5 protein homolog
7: Bardet-Biedl syndrome 7 protein homolog
8: Tetratricopeptide repeat domain 8
9: Bardet-Biedl syndrome 9
3: ADP-ribosylation factor-like protein 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)508,17012
ポリマ－507,5669
非ポリマー6033
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area52400 Å2
ΔGint-247 kcal/mol
Surface area160510 Å2

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要素

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Bardet-Biedl syndrome ... , 6種, 6分子 024579

#1: タンパク質 Bardet-Biedl syndrome 18 protein / Bardet–Biedl syndrome


分子量: 8070.502 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Eye / 組織: Retina網膜 / 参照: UniProt: G3N2W1
#3: タンパク質 Bardet-Biedl syndrome 2 protein homolog / Bardet–Biedl syndrome


分子量: 79911.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Eye / 組織: Retina網膜 / 参照: UniProt: Q32L13
#4: タンパク質 Bardet-Biedl syndrome 4 protein homolog / Bardet–Biedl syndrome


分子量: 58289.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Eye / 組織: Retina網膜 / 参照: UniProt: Q1JQ97
#5: タンパク質 Bardet-Biedl syndrome 5 protein homolog / Bardet–Biedl syndrome


分子量: 38880.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Eye / 組織: Retina網膜 / 参照: UniProt: A6QLF9
#6: タンパク質 Bardet-Biedl syndrome 7 protein homolog / Bardet–Biedl syndrome


分子量: 80471.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Eye / 組織: Retina網膜 / 参照: UniProt: F1MB52
#8: タンパク質 Bardet-Biedl syndrome 9 / Bardet–Biedl syndrome


分子量: 99230.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Eye / 組織: Retina網膜 / 参照: UniProt: E1BHJ5

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タンパク質 , 3種, 3分子 183

#2: タンパク質 BBS1 domain-containing protein


分子量: 64939.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Eye / 組織: Retina網膜 / 参照: UniProt: E1BN34
#7: タンパク質 Tetratricopeptide repeat domain 8 / Tetratricopeptide repeat


分子量: 56686.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Eye / 組織: Retina網膜 / 参照: UniProt: F1N4X0
#9: タンパク質 ADP-ribosylation factor-like protein 6


分子量: 21086.486 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: ARL6 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q0IIM2

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非ポリマー , 2種, 3分子

#10: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#11: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / グアノシン三リン酸


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプ詳細Entity IDParent-ID由来
1Bovine BBSome:ARL6:GTP complexCOMPLEXNative BBSome complex isolated from bovine retina and incubated with recombinant bovine ARL6 in the presence of GTP.#1-#90MULTIPLE SOURCES
2BBSome complexCOMPLEX#1-#81NATURAL
3ADP-ribosylation factor-like protein 6COMPLEX#91RECOMBINANT
分子量値: 0.5 MDa / 実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID器官組織
22Bos taurus (ウシ)9913EyeRetina
33Bos taurus (ウシ)9913
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株: BL21(DE3)
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMHepes1
2220 mMNaCl塩化ナトリウム1
35 mMMgCl21
44 mMbeta-mercaptoethanol2-メルカプトエタノール1
51 mMGTP1
試料濃度: 0.7 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: unspecified
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK II / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 293 K / 詳細: Grids were blotted for 2 s with a -2 offset.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 81000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1100 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 4 sec. / 電子線照射量: 56 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 9408
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 25 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1SPHIRE粒子像選択crYOLO was used to pick particles
2SerialEM画像取得
4CTFFIND4.1CTF補正
7Coot0.9モデルフィッティング
9RELION3初期オイラー角割当
10RELION3最終オイラー角割当
11RELION3分類
12RELION3３次元再構成
19PHENIX1.17.1-3660モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 75201 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 43.6 / プロトコル: OTHER / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient
詳細: During refinement, the resolution limit was set to 3.5 Angstrom. Secondary structure, Ramachandran and rotamer restraints were applied during refinement.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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