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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6va5 | ||||||
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タイトル | Tudor Domain of Tumor suppressor p53BP1 with MFP-4184 | ||||||
要素 | TP53-binding protein 1 | ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / 53BP1 / Tudor (テューダー) / MFP-4184 / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Structural Genomics Consortium / SGC | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ubiquitin-modified histone reader activity / positive regulation of isotype switching / cellular response to X-ray / double-strand break repair via classical nonhomologous end joining / DNA repair complex / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / telomeric DNA binding / SUMOylation of transcription factors / methylated histone binding / histone reader activity ...ubiquitin-modified histone reader activity / positive regulation of isotype switching / cellular response to X-ray / double-strand break repair via classical nonhomologous end joining / DNA repair complex / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / telomeric DNA binding / SUMOylation of transcription factors / methylated histone binding / histone reader activity / DNA複製 / DNA damage checkpoint signaling / transcription coregulator activity / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / protein homooligomerization / G2/M DNA damage checkpoint / 動原体 / double-strand break repair via nonhomologous end joining / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / p53 binding / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / site of double-strand break / Processing of DNA double-strand break ends / histone binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / chromosome, telomeric region / damaged DNA binding / nuclear body / DNA damage response / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / 核質 / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.28 Å | ||||||
データ登録者 | Zeng, H. / Dong, A. / Headey, S. / Gunzburg, M. / Doak, B. / James, L.I. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Brown, P.J. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
引用 | ジャーナル: to be published タイトル: Tudor Domain of Tumor suppressor p53BP1 with MFP-4184 著者: Zeng, H. / Dong, A. / Headey, S. / Gunzburg, M. / Doak, B. / James, L.I. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Brown, P.J. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6va5.cif.gz | 47.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6va5.ent.gz | 30.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6va5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/va/6va5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/va/6va5 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 4rg2S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 14121.893 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TP53BP1 / プラスミド: pET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): -V2R-pRARE2 / 参照: UniProt: Q12888 |
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-非ポリマー , 5種, 151分子
#2: 化合物 | ChemComp-QSS / | ||||
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#3: 化合物 | ChemComp-GOL / | ||||
#4: 化合物 | ChemComp-SO4 / #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.58 % / Mosaicity: 0.536 ° |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 2M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 2% PEG 400 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97625 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月1日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97625 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.28→50 Å / Num. obs: 33389 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.101 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.11 / Χ2: 0.859 / Net I/σ(I): 6.2 / Num. measured all: 214888 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4RG2 解像度: 1.28→37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.966 / SU B: 0.733 / SU ML: 0.032 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.048 / ESU R Free: 0.047 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 58.87 Å2 / Biso mean: 13.412 Å2 / Biso min: 6.54 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.28→37 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.28→1.313 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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