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万見
- PDB-6v6y: Crystal Structure of T. thermophilus methylenetetrahydrofolate de... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6v6y
タイトルCrystal Structure of T. thermophilus methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (MTHFD)
要素Bifunctional protein FolD
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Amino-acid biosynthesis / Histidine biosynthesis / Hydrolase (加水分解酵素) / Methionine biosynthesis / Multifunctional enzyme / NADP (ニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸) / One-carbon metabolism / Purine biosynthesis (プリン代謝)
機能・相同性
機能・相同性情報


メチレンテトラヒドロ葉酸デヒドロゲナーゼ (NADP+) / メテニルテトラヒドロ葉酸シクロヒドロラーゼ / methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase activity / methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NADP+) activity / methionine biosynthetic process / L-histidine biosynthetic process / purine nucleotide biosynthetic process / tetrahydrofolate interconversion
類似検索 - 分子機能
Tetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase signature 2. / Tetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase, conserved site / Tetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase / Tetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase, catalytic domain / Tetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase, NAD(P)-binding domain / Tetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase, catalytic domain / Tetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase, NAD(P)-binding domain / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Bifunctional protein FolD
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15201566872 Å
データ登録者Maiello, F. / Coelho, C. / Gallo, G. / Sucharski, F. / Hardy, L. / Wurtele, M.
資金援助 ブラジル, 2件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation11/50963-4 ブラジル
Brazilian National Council for Scientific and Technological Development448833/2014-0 ブラジル
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2020
タイトル: Crystal structure of Thermus thermophilus methylenetetrahydrofolate dehydrogenase and determinants of thermostability.
著者: Maiello, F. / Gallo, G. / Coelho, C. / Sucharski, F. / Hardy, L. / Wurtele, M.
履歴
登録2019年12月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bifunctional protein FolD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,9852
ポリマ－30,2411
非ポリマー7431
水1,08160
1
A: Bifunctional protein FolD
ヘテロ分子

A: Bifunctional protein FolD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,9694
ポリマ－60,4822
非ポリマー1,4872
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_554x-y,-y,-z-2/31
Buried area4930 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area23080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.357, 121.357, 59.620
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: x-y,-y,-z+1/3
#5: -x,-x+y,-z+2/3
#6: y,x,-z

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要素

#1: タンパク質 Bifunctional protein FolD / / Methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (MTHFD)


分子量: 30241.137 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: DSM 579
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 遺伝子: folD, TTHA1120 / プラスミド: pQtev / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q5SJ94, メチレンテトラヒドロ葉酸デヒドロゲナーゼ (NADP+), メテニルテトラヒドロ葉酸シクロヒドロラーゼ
#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸


分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.65 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 800 mM Potassium sodium tartrate, 100 mM HEPES buffer pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.4587 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月5日 / 詳細: Toroidal bendable
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.4587 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.152→39.42 Å / Num. obs: 25688 / % possible obs: 92.32 % / 冗長度: 8.53 % / Biso Wilson estimate: 45.8749638437 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.087 / Net I/σ(I): 19.87
反射 シェル解像度: 2.152→2.229 Å / 冗長度: 2.96 % / Mean I/σ(I) obs: 0.85 / Num. unique obs: 1122 / CC1/2: 0.433 / Rrim(I) all: 1.431 / % possible all: 38.23

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.12-2829-000位相決定
PHENIX1.12-2829-000精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3P2O

3p2o


解像度: 2.15201566872→39.4219349912 Å / SU ML: 0.290097408121 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34350028871 / 位相誤差: 29.7360547215
Rfactor反射数%反射
Rfree0.243890427109 1283 5.01544114773 %
Rwork0.213132527796 --
obs0.214668092329 25581 92.3501805054 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 51.1275158399 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15201566872→39.4219349912 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2127 0 48 60 2235
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007852085521312217
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9752960553193024
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0531833663331356
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00626947034189387
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.580219007071353
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.15201566872-2.23820.439916147107670.3796814117031212X-RAY DIFFRACTION42.0447074293
2.2382-2.340.3640375812761360.3143644810422591X-RAY DIFFRACTION89.8517298188
2.34-2.46340.2957791806691520.2756973108212881X-RAY DIFFRACTION99.377457405
2.4634-2.61770.2769874350671530.255713711612898X-RAY DIFFRACTION100
2.6177-2.81970.2901300737551530.2442957434212918X-RAY DIFFRACTION99.9674479167
2.8197-3.10340.2908724028381530.2397396799062907X-RAY DIFFRACTION99.9020568071
3.1034-3.55220.2340286582241540.2195505195132922X-RAY DIFFRACTION99.9675008125
3.5522-4.47440.227169629571560.183772551072954X-RAY DIFFRACTION100
4.4744-39.42193499120.1998432834211590.1822980646663015X-RAY DIFFRACTION99.2495309568

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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