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- PDB-6v39: Cryo-EM structure of the Acinetobacter baumannii Ribosome: 70S wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6v39
タイトルCryo-EM structure of the Acinetobacter baumannii Ribosome: 70S with P-site tRNA
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 20
  • (50S ribosomal protein ...) x 28
  • 16s Ribosomal RNA16SリボソームRNA
  • 23s ribosomal RNA23SリボソームRNA
  • 5s ribosomal RNA5SリボソームRNA
  • mRNA 5'-AUG-3'
  • tRNA-met
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / Acinetobacter baumannii
機能・相同性
機能・相同性情報


large ribosomal subunit / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / transferase activity / tRNA binding / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / 翻訳 (生物学) ...large ribosomal subunit / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / transferase activity / tRNA binding / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / 翻訳 (生物学) / mRNA binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein S21, conserved site / Ribosomal protein S21 signature. / Ribosomal protein L25, short-form / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein L21, conserved site ...Ribosomal protein S21, conserved site / Ribosomal protein S21 signature. / Ribosomal protein L25, short-form / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / : / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein S4, bacterial-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L33 superfamily / : / Ribosomal protein L30, bacterial-type / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / L28p-like / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20, C-terminal / Ribosomal protein L21 / Ribosomal protein L27 / Ribosomal L27 protein / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 superfamily / Ribosomal protein L19
類似検索 - ドメイン・相同性
N-ホルミルメチオニン / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL22 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein bS21 / Small ribosomal subunit protein bS18 ...N-ホルミルメチオニン / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL22 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein bS21 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL25 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Large ribosomal subunit protein bL9 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Large ribosomal subunit protein bL20
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter sp. CIP 51.11 (バクテリア)
Acinetobacter beijerinckii ANC 3835 (バクテリア)
Acinetobacter baumannii (バクテリア)
Acinetobacter sp. ANC 4470 (バクテリア)
Acinetobacter baumannii AB0057 (バクテリア)
Acinetobacter sp. NIPH 899 (バクテリア)
Acinetobacter sp. 809848 (バクテリア)
Acinetobacter rudis CIP 110305 (バクテリア)
Acinetobacter sp. CIP 102082 (バクテリア)
Acinetobacter sp. ANC 5600 (バクテリア)
Acinetobacter sp. 263903-1 (バクテリア)
Acinetobacter venetianus (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.04 Å
データ登録者Morgan, C.E. / Yu, E.W.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI) 米国
引用ジャーナル: mBio / 年: 2020
タイトル: Cryo-electron Microscopy Structure of the Acinetobacter baumannii 70S Ribosome and Implications for New Antibiotic Development.
著者: Christopher E Morgan / Wei Huang / Susan D Rudin / Derek J Taylor / James E Kirby / Robert A Bonomo / Edward W Yu /
要旨: Antimicrobial resistance is a major health threat as it limits treatment options for infection. At the forefront of this serious issue is , a Gram-negative opportunistic pathogen that exhibits the ...Antimicrobial resistance is a major health threat as it limits treatment options for infection. At the forefront of this serious issue is , a Gram-negative opportunistic pathogen that exhibits the remarkable ability to resist antibiotics through multiple mechanisms. As bacterial ribosomes represent a target for multiple distinct classes of existing antimicrobial agents, we here use single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) to elucidate five different structural states of the ribosome, including the 70S, 50S, and 30S forms. We also determined interparticle motions of the 70S ribosome in different tRNA bound states using three-dimensional (3D) variability analysis. Together, our structural data further our understanding of the ribosome from and other Gram-negative pathogens and will enable structure-based drug discovery to combat antibiotic-resistant bacterial infections. is a severe nosocomial threat largely due to its intrinsic antibiotic resistance and remarkable ability to acquire new resistance determinants. The bacterial ribosome serves as a major target for modern antibiotics and the design of new therapeutics. Here, we present cryo-EM structures of the 70S ribosome, revealing several unique species-specific structural features that may facilitate future drug development to combat this recalcitrant bacterial pathogen.
履歴
登録2019年11月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-21030
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
0: 50S ribosomal protein L33
1: 50S ribosomal protein L34
2: 50S ribosomal protein L35
3: 50S ribosomal protein L36
AN1: 23s ribosomal RNA
B: 5s ribosomal RNA
C: 50S ribosomal protein L2
D: 50S ribosomal protein L3
E: 50S ribosomal protein L4
F: 50S ribosomal protein L5
G: 50S ribosomal protein L6
H: 50S ribosomal protein L9
I: 50S ribosomal protein L13
J: 50S ribosomal protein L14
K: 50S ribosomal protein L15
L: 50S ribosomal protein L16
M: 50S ribosomal protein L17
N: 50S ribosomal protein L18
O: 50S ribosomal protein L19
P: 50S ribosomal protein L20
Q: 50S ribosomal protein L21
R: 50S ribosomal protein L22
S: 50S ribosomal protein L23
T: 50S ribosomal protein L24
U: 50S ribosomal protein L25
V: 50S ribosomal protein L27
W: 50S ribosomal protein L28
X: 50S ribosomal protein L29
Y: 50S ribosomal protein L30
Z: 50S ribosomal protein L32
sN1: 16s Ribosomal RNA
b: 30S ribosomal protein S2
c: 30S ribosomal protein S3
d: 30S ribosomal protein S4
e: 30S ribosomal protein S5
f: 30S ribosomal protein S6
g: 30S ribosomal protein S7
h: 30S ribosomal protein S8
i: 30S ribosomal protein S9
j: 30S ribosomal protein S10
k: 30S ribosomal protein S11
l: 30S ribosomal protein S12
m: 30S ribosomal protein S13
n: 30S ribosomal protein S14
o: 30S ribosomal protein S15
p: 30S ribosomal protein S16
q: 30S ribosomal protein S17
r: 30S ribosomal protein S18
s: 30S ribosomal protein S19
t: 30S ribosomal protein S20
u: 30S ribosomal protein S21
v: tRNA-met
w: mRNA 5'-AUG-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,163,815170
ポリマ－2,160,77953
非ポリマー3,036117
水4,918273
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

+
50S ribosomal protein ... , 28種, 28分子 0123CDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ

#1: タンパク質 50S ribosomal protein L33 /


分子量: 6105.310 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter sp. CIP 51.11 (バクテリア)
参照: UniProt: N9PPR9
#2: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L34 /


分子量: 5192.247 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter beijerinckii ANC 3835 (バクテリア)
参照: UniProt: N9DYI8
#3: タンパク質 50S ribosomal protein L35 /


分子量: 7424.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter baumannii (strain AB0057) (バクテリア)
株: AB0057 / 参照: UniProt: B7I693
#4: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L36 /


分子量: 4276.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter sp. ANC 4470 (バクテリア)
参照: UniProt: A0A1Y3CHB1
#7: タンパク質 50S ribosomal protein L2 /


分子量: 30346.115 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter baumannii (strain AB0057) (バクテリア)
株: AB0057 / 参照: UniProt: B7IA36
#8: タンパク質 50S ribosomal protein L3 /


分子量: 22512.639 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter baumannii (strain AB0057) (バクテリア)
株: AB0057 / 参照: UniProt: B7IA39
#9: タンパク質 50S ribosomal protein L4 /


分子量: 21583.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter baumannii (strain AB0057) (バクテリア)
株: AB0057 / 参照: UniProt: B7IA38
#10: タンパク質 50S ribosomal protein L5 /


分子量: 20051.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter baumannii (strain AB0057) (バクテリア)
株: AB0057 / 参照: UniProt: B7IA27
#11: タンパク質 50S ribosomal protein L6 /


分子量: 19126.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter baumannii (strain AB0057) (バクテリア)
株: AB0057 / 参照: UniProt: B7IA24
#12: タンパク質 50S ribosomal protein L9 /


分子量: 15800.955 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter baumannii (strain AB0057) (バクテリア)
株: AB0057 / 参照: UniProt: B7IBC3
#13: タンパク質 50S ribosomal protein L13 /


分子量: 15981.466 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter baumannii (strain AB0057) (バクテリア)
株: AB0057 / 参照: UniProt: B7I9B0
#14: タンパク質 50S ribosomal protein L14 /


分子量: 13523.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter sp. NIPH 899 (バクテリア)
参照: UniProt: N8WQT6
#15: タンパク質 50S ribosomal protein L15 /


分子量: 15509.915 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter baumannii (strain AB0057) (バクテリア)
株: AB0057 / 参照: UniProt: B7IA20
#16: タンパク質 50S ribosomal protein L16 /


分子量: 15498.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter baumannii (strain AB0057) (バクテリア)
株: AB0057 / 参照: UniProt: B7IA32
#17: タンパク質 50S ribosomal protein L17 /


分子量: 14022.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter baumannii (strain AB0057) (バクテリア)
株: AB0057 / 参照: UniProt: B7IA13
#18: タンパク質 50S ribosomal protein L18 /


分子量: 12443.341 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter baumannii (strain AB0057) (バクテリア)
株: AB0057 / 参照: UniProt: B7IA23
#19: タンパク質 50S ribosomal protein L19 /


分子量: 13619.865 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter baumannii (strain AB0057) (バクテリア)
株: AB0057 / 参照: UniProt: B7IAS9
#20: タンパク質 50S ribosomal protein L20 /


分子量: 13468.946 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Acinetobacter baumannii (バクテリア) / 参照: UniProt: V5VGC9
#21: タンパク質 50S ribosomal protein L21 /


分子量: 11496.364 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter baumannii (strain AB0057) (バクテリア)
株: AB0057 / 参照: UniProt: B7I6V9
#22: タンパク質 50S ribosomal protein L22 /


分子量: 11828.931 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Acinetobacter sp. 809848 (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A009QSN8
#23: タンパク質 50S ribosomal protein L23 /


分子量: 11607.392 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter baumannii (strain AB0057) (バクテリア)
株: AB0057 / 参照: UniProt: B7IA37
#24: タンパク質 50S ribosomal protein L24 /


分子量: 11187.929 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter baumannii (strain AB0057) (バクテリア)
株: AB0057 / 参照: UniProt: B7IA28
#25: タンパク質 50S ribosomal protein L25 /


分子量: 10942.593 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter baumannii (strain AB0057) (バクテリア)
株: AB0057 / 参照: UniProt: B7I7B6
#26: タンパク質 50S ribosomal protein L27 /


分子量: 9072.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter baumannii (strain AB0057) (バクテリア)
株: AB0057 / 参照: UniProt: B7I6V8
#27: タンパク質 50S ribosomal protein L28 /


分子量: 9125.756 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter rudis CIP 110305 (バクテリア)
参照: UniProt: S3NQR5
#28: タンパク質 50S ribosomal protein L29 /


分子量: 7449.678 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter baumannii (strain AB0057) (バクテリア)
株: AB0057 / 参照: UniProt: B7IA31
#29: タンパク質 50S ribosomal protein L30 /


分子量: 6654.788 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter sp. CIP 102082 (バクテリア)
参照: UniProt: N8V730
#30: タンパク質 50S ribosomal protein L32 /


分子量: 7096.888 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter baumannii (strain AB0057) (バクテリア)
株: AB0057 / 参照: UniProt: B7I7A4

-
RNA鎖 , 5種, 5分子 AN1BsN1vw

#5: RNA鎖 23s ribosomal RNA / 23SリボソームRNA


分子量: 945299.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter baumannii AB0057 (バクテリア)
#6: RNA鎖 5s ribosomal RNA / 5SリボソームRNA


分子量: 36996.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Acinetobacter baumannii (バクテリア) / 参照: GenBank: 1360860747
#31: RNA鎖 16s Ribosomal RNA / 16SリボソームRNA


分子量: 500297.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter baumannii AB0057 (バクテリア)
#52: RNA鎖 tRNA-met


分子量: 24760.799 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Acinetobacter baumannii AB0057 (バクテリア)
#53: RNA鎖 mRNA 5'-AUG-3'


分子量: 935.620 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter baumannii AB0057 (バクテリア)

-
30S ribosomal protein ... , 20種, 20分子 bcdefghijklmnopqrstu

#32: タンパク質 30S ribosomal protein S2 /


分子量: 27680.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Acinetobacter baumannii (バクテリア) / 参照: UniProt: V5VBC2
#33: タンパク質 30S ribosomal protein S3 /


分子量: 27972.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Acinetobacter baumannii (バクテリア) / 参照: UniProt: V5V9N0
#34: タンパク質 30S ribosomal protein S4 /


分子量: 23311.818 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter baumannii (strain AB0057) (バクテリア)
株: AB0057 / 参照: UniProt: B7IA15
#35: タンパク質 30S ribosomal protein S5 /


分子量: 17181.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter baumannii (strain AB0057) (バクテリア)
株: AB0057 / 参照: UniProt: B7IA22
#36: タンパク質 30S ribosomal protein S6 /


分子量: 14986.952 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter baumannii (strain AB0057) (バクテリア)
株: AB0057 / 参照: UniProt: B7IBC1
#37: タンパク質 30S ribosomal protein S7 /


分子量: 17733.699 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter baumannii (strain AB0057) (バクテリア)
株: AB0057 / 参照: UniProt: B7I7S0
#38: タンパク質 30S ribosomal protein S8 /


分子量: 14250.667 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter baumannii (strain AB0057) (バクテリア)
株: AB0057 / 参照: UniProt: B7IA25
#39: タンパク質 30S ribosomal protein S9 /


分子量: 14287.610 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Acinetobacter baumannii (バクテリア) / 参照: UniProt: V5VBA5
#40: タンパク質 30S ribosomal protein S10 /


分子量: 11718.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter sp. ANC 5600 (バクテリア)
参照: UniProt: A0A1T1GZ10
#41: タンパク質 30S ribosomal protein S11 /


分子量: 13558.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter sp. 263903-1 (バクテリア)
参照: UniProt: A0A062C259
#42: タンパク質 30S ribosomal protein S12 /


分子量: 13797.134 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter baumannii (strain AB0057) (バクテリア)
株: AB0057 / 参照: UniProt: B7I7R9
#43: タンパク質 30S ribosomal protein S13 /


分子量: 13295.635 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter baumannii (strain AB0057) (バクテリア)
株: AB0057 / 参照: UniProt: B7IA17
#44: タンパク質 30S ribosomal protein S14 /


分子量: 11438.427 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter baumannii (strain AB0057) (バクテリア)
株: AB0057 / 参照: UniProt: B7IA26
#45: タンパク質 30S ribosomal protein S15 /


分子量: 10145.600 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter baumannii (strain AB0057) (バクテリア)
株: AB0057 / 参照: UniProt: B7I3U0
#46: タンパク質 30S ribosomal protein S16 /


分子量: 11223.060 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Acinetobacter baumannii (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A1V3DIZ9
#47: タンパク質 30S ribosomal protein S17 /


分子量: 9543.101 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter baumannii (strain AB0057) (バクテリア)
株: AB0057 / 参照: UniProt: B7IA30
#48: タンパク質 30S ribosomal protein S18 /


分子量: 9009.452 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Acinetobacter venetianus (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A150HZL5
#49: タンパク質 30S ribosomal protein S19 /


分子量: 10206.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter baumannii (strain AB0057) (バクテリア)
株: AB0057 / 参照: UniProt: B7IA35
#50: タンパク質 30S ribosomal protein S20 /


分子量: 9723.420 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter baumannii (strain AB0057) (バクテリア)
株: AB0057 / 参照: UniProt: B7I5N9
#51: タンパク質 30S ribosomal protein S21 /


分子量: 8474.033 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acinetobacter sp. 263903-1 (バクテリア)
参照: UniProt: A0A062C3F9

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非ポリマー , 5種, 390分子

#54: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#55: 化合物 ChemComp-FME / N-FORMYLMETHIONINE / N-ホルミルメチオニン / N-ホルミルメチオニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 177.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H11NO3S
#56: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 114 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#57: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#58: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 273 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Acinetobacter baumannii 70S ribosome with P-site tRNA
タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#53 / 由来: NATURAL
分子量値: 2.3 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Acinetobacter baumannii AB0057 (バクテリア)
緩衝液pH: 7.6
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.15_3459精密化
PHENIX1.15_3459精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ詳細
2Latitude画像取得
4cryoSPARCCTF補正
7Cootモデルフィッティング
9PHENIXモデル精密化
10cryoSPARC初期オイラー角割当
11cryoSPARC最終オイラー角割当
12RELION分類Focused classification
13cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.04 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 24306 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築PDB-ID: 5AFI

5afi

精密化立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0018153932
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.436230694
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.027729561
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.003112108
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d15.449881892

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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