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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6uy1 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the Sth1 bromodomain from Saccharomyces cerevisiae at 2.2 Angstrom resolution | ||||||
要素 | Nuclear protein STH1/NPS1 | ||||||
キーワード | NUCLEAR PROTEIN / STH1 / BROMODOMAIN (ブロモドメイン) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 chromatin remodeling at centromere / DNA translocase activity / nucleosome disassembly / RSC-type complex / ATP-dependent chromatin remodeler activity / chromosome, centromeric region / ATP-dependent activity, acting on DNA / cytoskeleton organization / meiotic cell cycle / helicase activity ...chromatin remodeling at centromere / DNA translocase activity / nucleosome disassembly / RSC-type complex / ATP-dependent chromatin remodeler activity / chromosome, centromeric region / ATP-dependent activity, acting on DNA / cytoskeleton organization / meiotic cell cycle / helicase activity / chromosome segregation / transcription elongation by RNA polymerase II / 塩基除去修復 / lysine-acetylated histone binding / double-strand break repair / ヘリカーゼ / クロマチンリモデリング / クロマチン / regulation of DNA-templated transcription / ATP hydrolysis activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / ATP binding / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.21 Å | ||||||
データ登録者 | Stavropoulos, P. / Hoelz, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structure of the Sth1 bromodomain from Saccharomyces cerevisiae at 2.2 Angstrom resolution 著者: Stavropoulos, P. / Hoelz, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6uy1.cif.gz | 554.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6uy1.ent.gz | 489.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6uy1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uy/6uy1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uy/6uy1 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13745.808 Da / 分子数: 8 / 断片: bromodomain / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: STH1, NPS1, YIL126W / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P32597, ヘリカーゼ #2: 化合物 | ChemComp-MG / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.45 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5 0.2 M magnesium chloride hexahydrate 25% (w/v) Polyethylene glycol 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.97949 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月16日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97949 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.2→20 Å / Num. obs: 108351 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.095 / Χ2: 1.052 / Net I/σ(I): 8.8 / Num. measured all: 749157 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.21→19.95 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.46 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 247.64 Å2 / Biso mean: 65.1061 Å2 / Biso min: 27.29 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.21→19.95 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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