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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6un1 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Pseudomonas aeruginosa PBP3 in complex with temocillin | ||||||
要素 | Peptidoglycan D,D-transpeptidase FtsI | ||||||
キーワード | HYDROLASE / temocillin / ticarcillin / pseudomonas aeruginosa PBP3 / penicillin-binding protein 3 / transpeptidase / HMM / high-molecular mass / b-lactam / lactam / penicillin | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 peptidoglycan glycosyltransferase activity / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase / FtsZ-dependent cytokinesis / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / division septum assembly / penicillin binding / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / proteolysis / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.26 Å | ||||||
データ登録者 | Sacco, M. / Chen, Y. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Antimicrob.Agents Chemother. / 年: 2019 タイトル: Influence of the alpha-Methoxy Group on the Reaction of Temocillin with Pseudomonas aeruginosa PBP3 and CTX-M-14 beta-Lactamase. 著者: Sacco, M.D. / Kroeck, K.G. / Kemp, M.T. / Zhang, X. / Andrews, L.D. / Chen, Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6un1.cif.gz | 119.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6un1.ent.gz | 86.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6un1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6un1_validation.pdf.gz | 350.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6un1_full_validation.pdf.gz | 351.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6un1_validation.xml.gz | 1.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6un1_validation.cif.gz | 7.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/un/6un1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/un/6un1 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 57638.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) 遺伝子: pbpB, ftsI, ftsI_1, ftsI_2, ALP65_00912, CAZ10_21230, CGU42_01090, DZ934_06595, DZ962_00565, E4V10_06485, EFK68_01815, IPC1492_18840, IPC3_13380, IPC605_16140, IPC669_10550, PAERUG_E15_ ...遺伝子: pbpB, ftsI, ftsI_1, ftsI_2, ALP65_00912, CAZ10_21230, CGU42_01090, DZ934_06595, DZ962_00565, E4V10_06485, EFK68_01815, IPC1492_18840, IPC3_13380, IPC605_16140, IPC669_10550, PAERUG_E15_London_28_01_14_00534, RW109_RW109_05757 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q51504, UniProt: G3XD46*PLUS, serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase |
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#2: 化合物 | ChemComp-TJ7 / ( |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.3 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20% PEG 3350 0.2 M CaOAc |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2018年6月23日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.25→50 Å / Num. obs: 22516 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rpim(I) all: 0.052 / Rrim(I) all: 0.107 / Χ2: 0.911 / Net I/σ(I): 6.8 / Num. measured all: 89234 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3OC2 解像度: 2.26→33.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 7.451 / SU ML: 0.178 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.358 / ESU R Free: 0.238 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 109.64 Å2 / Biso mean: 35.684 Å2 / Biso min: 19.38 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.26→33.59 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.262→2.321 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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