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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6u4m | ||||||
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タイトル | Solution structure of paxillin LIM4 | ||||||
要素 | Paxillin | ||||||
キーワード | CELL ADHESION (細胞接着) / LIM domain / Zinc finger (ジンクフィンガー) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Localization of the PINCH-ILK-PARVIN complex to focal adhesions / Regulation of cytoskeletal remodeling and cell spreading by IPP complex components / vinculin binding / neuropilin binding / signal complex assembly / microtubule associated complex / growth hormone receptor signaling pathway / endothelial cell migration / Smooth Muscle Contraction / GAB1 signalosome ...Localization of the PINCH-ILK-PARVIN complex to focal adhesions / Regulation of cytoskeletal remodeling and cell spreading by IPP complex components / vinculin binding / neuropilin binding / signal complex assembly / microtubule associated complex / growth hormone receptor signaling pathway / endothelial cell migration / Smooth Muscle Contraction / GAB1 signalosome / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / stress fiber / positive regulation of stress fiber assembly / substrate adhesion-dependent cell spreading / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / beta-catenin binding / cellular response to reactive oxygen species / VEGFA-VEGFR2 Pathway / 遊走 / cell-cell junction / lamellipodium / 細胞皮質 / protein phosphatase binding / 細胞接着 / focal adhesion / シグナル伝達 / metal ion binding / 細胞膜 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
データ登録者 | Zhu, L. / Qin, J. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2019 タイトル: Structural Basis of Paxillin Recruitment by Kindlin-2 in Regulating Cell Adhesion. 著者: Zhu, L. / Liu, H. / Lu, F. / Yang, J. / Byzova, T.V. / Qin, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6u4m.cif.gz | 411.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6u4m.ent.gz | 341.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6u4m.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u4/6u4m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u4/6u4m | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 6u4nC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 8309.760 Da / 分子数: 1 / 断片: LIM4 domain residues 527-591 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PXN / プラスミド: pGST-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P49023 | ||
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#2: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | タイプ: solution 内容: 1.45 mM [U-13C; U-15N] Paxillin LIM4, 95% H2O/5% D2O Label: 15N, 13C / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O |
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試料 | 濃度: 1.45 mM / 構成要素: Paxillin LIM4 / Isotopic labeling: [U-13C; U-15N] |
試料状態 | 詳細: 50 mM NaH2PO4/Na2HPO4 (pH 6.8), 50 mM NaCl, 0.5 mM TCEP and 5% D2O イオン強度: 50mM NaCl mM / Label: conditions_1 / pH: 6.8 / 圧: ambient / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 2 | ||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |