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- PDB-6u44: Crystal structure of Methanoperedens nitroreducens elongation fac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6u44
タイトルCrystal structure of Methanoperedens nitroreducens elongation factor 2 H595N bound to GMPPCP and magnesium (monoclinic crystal form)
要素Elongation factor 2EEF2
キーワードTRANSLATION (翻訳 (生物学)) / GTPase (GTPアーゼ) / ribosomal translocase / elongation
機能・相同性
機能・相同性情報


translation elongation factor activity / GTPase activity / GTP binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Translation elongation factor EFG/EF2, archaeal / Elongation Factor G, domain II / Elongation Factor G, domain III / Translation elongation factor EFG/EF2, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G C-terminus / Elongation factor EFG, domain V-like / Elongation factor G C-terminus / EF-G domain III/V-like ...Translation elongation factor EFG/EF2, archaeal / Elongation Factor G, domain II / Elongation Factor G, domain III / Translation elongation factor EFG/EF2, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G C-terminus / Elongation factor EFG, domain V-like / Elongation factor G C-terminus / EF-G domain III/V-like / Tr-type G domain, conserved site / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. / Translation elongation factor EFTu-like, domain 2 / Elongation factor Tu domain 2 / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Small GTP-binding protein domain / Translation protein, beta-barrel domain superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER / Elongation factor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Candidatus Methanoperedens nitroreducens (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Fenwick, M.K. / Ealick, S.E.
引用ジャーナル: Curr Res Struct Biol / 年: 2020
タイトル: Structural basis of elongation factor 2 switching
著者: Fenwick, M.K. / Ealick, S.E.
履歴
登録2019年8月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.22024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Elongation factor 2
B: Elongation factor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)168,41816
ポリマ－166,6082
非ポリマー1,80914
水14,952830
1
A: Elongation factor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,2098
ポリマ－83,3041
非ポリマー9057
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Elongation factor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,2098
ポリマ－83,3041
非ポリマー9057
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.322, 106.814, 98.056
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.460, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Elongation factor 2 / EEF2 / EF-2


分子量: 83304.219 Da / 分子数: 2 / 変異: H595N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Candidatus Methanoperedens nitroreducens (古細菌)
遺伝子: fusA, ANME2D_00299 / プラスミド: pET-DUET-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A062V290

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非ポリマー , 5種, 844分子

#2: 化合物 ChemComp-GCP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER / グアニリルメチレンジホスホン酸


分子量: 521.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O13P3
コメント: GMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 830 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.84 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 100 mM HEPES, pH 7.1-7.6, 200 mM ammonium sulfate, 5-15 % (v/v) isopropanol, 16.5-20 % (w/v) polyethylene glycol (PEG) 4000, 9 mM GppCp, and 15 mM MgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→94.5 Å / Num. obs: 89195 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3.3 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル解像度: 2.1→2.21 Å / Rmerge(I) obs: 0.523 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 12665 / CC1/2: 0.791

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3211精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Methanoperedens nitroreducens elongation factor 2 H595N (triclinic crystal form)

解像度: 2.1→75.487 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.92
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2403 4382 4.92 %
Rwork0.1866 --
obs0.1893 89111 98.23 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 130.7 Å2 / Biso mean: 45.7401 Å2 / Biso min: 17.36 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→75.487 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10805 0 100 830 11735
Biso mean--50.7 49.48 -
残基数----1430
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.12390.3441460.30732594X-RAY DIFFRACTION91
2.1239-2.14890.33871530.2792666X-RAY DIFFRACTION94
2.1489-2.17510.32491290.2672882X-RAY DIFFRACTION98
2.1751-2.20260.29681460.25552825X-RAY DIFFRACTION99
2.2026-2.23160.3411570.24062850X-RAY DIFFRACTION99
2.2316-2.26220.27331340.23832790X-RAY DIFFRACTION99
2.2622-2.29450.31231300.23032893X-RAY DIFFRACTION99
2.2945-2.32870.30581600.2192845X-RAY DIFFRACTION100
2.3287-2.36510.29181530.21642852X-RAY DIFFRACTION99
2.3651-2.40390.25551320.20692832X-RAY DIFFRACTION99
2.4039-2.44540.31191410.2142875X-RAY DIFFRACTION99
2.4454-2.48980.27781590.20852814X-RAY DIFFRACTION99
2.4898-2.53770.29541560.20242795X-RAY DIFFRACTION98
2.5377-2.58950.25631520.19612844X-RAY DIFFRACTION99
2.5895-2.64580.31771590.19572860X-RAY DIFFRACTION99
2.6458-2.70740.2571370.19312851X-RAY DIFFRACTION99
2.7074-2.77510.25971360.19722831X-RAY DIFFRACTION99
2.7751-2.85010.26561370.20092840X-RAY DIFFRACTION99
2.8501-2.9340.28011450.20842865X-RAY DIFFRACTION99
2.934-3.02870.24951480.20232819X-RAY DIFFRACTION98
3.0287-3.1370.24581400.18932817X-RAY DIFFRACTION98
3.137-3.26260.24661650.18282859X-RAY DIFFRACTION99
3.2626-3.4110.2431630.17252821X-RAY DIFFRACTION99
3.411-3.59090.19581380.16242832X-RAY DIFFRACTION98
3.5909-3.81580.21651460.15862835X-RAY DIFFRACTION98
3.8158-4.11040.17651540.14792790X-RAY DIFFRACTION97
4.1104-4.52410.20581340.13712853X-RAY DIFFRACTION99
4.5241-5.17860.18261340.15032864X-RAY DIFFRACTION98
5.1786-6.52390.24111500.19682796X-RAY DIFFRACTION96
6.5239-75.4870.21461480.20432839X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.2288-1.06610.77531.2106-0.19180.8566-0.1391-0.799-0.17190.19730.25560.048-0.0117-0.1411-0.0840.29660.0362-0.00380.38690.05050.229824.724853.128235.8691
20.8465-0.12510.31052.88730.16980.8778-0.0084-0.1719-0.1166-0.0370.18910.1002-0.0924-0.1289-0.17740.22810.05650.00150.39720.02280.207330.210731.954310.96
31.63320.41110.24390.9713-0.03331.1633-0.03220.171-0.0621-0.04060.0667-0.0088-0.02110.0421-0.03550.2241-0.0064-0.00490.2251-0.01580.211166.97750.964359.8833
40.8018-0.16920.17882.8226-0.23940.9309-0.0008-0.0171-0.06410.06350.1417-0.0454-0.0952-0.0725-0.140.191-0.0227-0.02140.37170.03410.185360.772733.061983.5539
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 7 through 437 )A7 - 437
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 438 through 728 )A438 - 728
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 7 through 437 )B7 - 437
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 438 through 728 )B438 - 728

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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