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- PDB-6ttk: Crystal structure of the kelch domain of human KLHL12 in complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ttk
タイトルCrystal structure of the kelch domain of human KLHL12 in complex with DVL1 peptide
要素
  • DVL1
  • Kelch-like protein 12
キーワードLIGASE (リガーゼ) / Cullin3 E3 ligase / Kelch / Complex / Substrate peptide
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of protein localization to presynapse / Negative regulation of TCF-dependent signaling by DVL-interacting proteins / convergent extension involved in neural plate elongation / planar cell polarity pathway involved in neural tube closure / skeletal muscle acetylcholine-gated channel clustering / cochlea morphogenesis / neural crest formation / non-canonical Wnt signaling pathway / positive regulation of neuron projection arborization / protein localization to microtubule ...positive regulation of protein localization to presynapse / Negative regulation of TCF-dependent signaling by DVL-interacting proteins / convergent extension involved in neural plate elongation / planar cell polarity pathway involved in neural tube closure / skeletal muscle acetylcholine-gated channel clustering / cochlea morphogenesis / neural crest formation / non-canonical Wnt signaling pathway / positive regulation of neuron projection arborization / protein localization to microtubule / neural crest cell development / collateral sprouting / presynapse assembly / COPII vesicle coat / COPII vesicle coating / WNT5:FZD7-mediated leishmania damping / neurotransmitter secretion / dendritic spine morphogenesis / frizzled binding / axon extension / PCP/CE pathway / Wnt signalosome / WNT mediated activation of DVL / Disassembly of the destruction complex and recruitment of AXIN to the membrane / dendrite morphogenesis / Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / neural tube development / regulation of postsynapse organization / クラスリン / regulation of synaptic vesicle exocytosis / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / neuromuscular junction development / receptor clustering / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle / heart looping / neuronal dense core vesicle / outflow tract morphogenesis / synaptic vesicle exocytosis / protein monoubiquitination / social behavior / positive regulation of excitatory postsynaptic potential / protein localization to nucleus / centriolar satellite / canonical Wnt signaling pathway / lateral plasma membrane / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / prepulse inhibition / cytoplasmic microtubule organization / negative regulation of protein phosphorylation / TCF dependent signaling in response to WNT / 軸索誘導 / RHO GTPases Activate Formins / Degradation of DVL / synapse organization / Schaffer collateral - CA1 synapse / beta-catenin binding / Wntシグナル経路 / small GTPase binding / positive regulation of neuron projection development / regulation of protein localization / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / presynapse / 成長円錐 / cytoplasmic vesicle / 微小管 / 樹状突起スパイン / postsynaptic density / protein stabilization / neuron projection / intracellular signal transduction / positive regulation of protein phosphorylation / intracellular membrane-bounded organelle / neuronal cell body / シナプス / glutamatergic synapse / regulation of DNA-templated transcription / protein kinase binding / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / identical protein binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Dishevelled protein domain / Dishevelled family / Dishevelled C-terminal / Dishevelled specific domain / Segment polarity protein dishevelled (Dsh) C terminal / Dishevelled-related protein / DIX domain / DIX domain superfamily / DIX domain / DIX domain profile. ...Dishevelled protein domain / Dishevelled family / Dishevelled C-terminal / Dishevelled specific domain / Segment polarity protein dishevelled (Dsh) C terminal / Dishevelled-related protein / DIX domain / DIX domain superfamily / DIX domain / DIX domain profile. / Domain present in Dishevelled and axin / Kelch-type beta propeller / Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin (DEP) / DEP domain profile. / Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin / DEP domain / BTB-kelch protein / BTB/Kelch-associated / BTB And C-terminal Kelch / BTB And C-terminal Kelch / Kelch / Kelch repeat type 1 / Kelch motif / Kelch-type beta propeller / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / 6 Propeller / ノイラミニダーゼ / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / PDZドメイン / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZドメイン / PDZ superfamily / Ubiquitin-like domain superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Segment polarity protein dishevelled homolog DVL-1 / Kelch-like protein 12
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.383 Å
データ登録者Chen, Z. / Williams, E. / Pike, A.C.W. / Strain-Damerell, C. / Wang, D. / Chalk, R. / Burgess-Brown, N. / Krojer, T. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. ...Chen, Z. / Williams, E. / Pike, A.C.W. / Strain-Damerell, C. / Wang, D. / Chalk, R. / Burgess-Brown, N. / Krojer, T. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Bullock, A.N.
引用ジャーナル: Open Biology / 年: 2020
タイトル: Identification of a PGXPP degron motif in dishevelled and structural basis for its binding to the E3 ligase KLHL12.
著者: Chen, Z. / Wasney, G.A. / Picaud, S. / Filippakopoulos, P. / Vedadi, M. / D'Angiolella, V. / Bullock, A.N.
履歴
登録2019年12月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kelch-like protein 12
B: Kelch-like protein 12
C: Kelch-like protein 12
D: Kelch-like protein 12
F: DVL1
G: DVL1
H: DVL1
E: DVL1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,51114
ポリマ－137,3228
非ポリマー1896
水11,620645
1
A: Kelch-like protein 12
E: DVL1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4164
ポリマ－34,3312
非ポリマー852
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1060 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area11930 Å2
手法PISA
2
B: Kelch-like protein 12
F: DVL1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3764
ポリマ－34,3312
非ポリマー462
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area970 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area11800 Å2
手法PISA
3
C: Kelch-like protein 12
G: DVL1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3533
ポリマ－34,3312
非ポリマー231
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area970 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area11910 Å2
手法PISA
4
D: Kelch-like protein 12
H: DVL1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3663
ポリマ－34,3312
非ポリマー351
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area980 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area11860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.225, 73.145, 101.845
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.500, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 8分子 ABCDFGHE

#1: タンパク質
Kelch-like protein 12 / / CUL3-interacting protein 1 / DKIR homolog / hDKIR


分子量: 32905.879 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KLHL12, C3IP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q53G59
#2: タンパク質・ペプチド
DVL1


分子量: 1424.623 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O14640*PLUS

-
非ポリマー , 4種, 651分子

#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 645 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.5 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 30% PEG4000, 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M acetate pH 4.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.38→79.98 Å / Num. obs: 47109 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 22.83 Å2 / CC1/2: 0.984 / Rmerge(I) obs: 0.204 / Rpim(I) all: 0.107 / Rrim(I) all: 0.232 / Net I/σ(I): 5.8 / Num. measured all: 212254
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.38-2.514.50.7413110968600.8160.3880.842.299.7
7.54-79.984.40.095680315620.9890.0510.10810.299.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.4 Å79.98 Å
Translation2.4 Å79.98 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
Aimless0.5.32データスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
xia2データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2VPJ

2vpj


解像度: 2.383→79.978 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.71 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2508 2359 5.02 %
Rwork0.2253 44653 -
obs0.2266 47012 99.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 92.35 Å2 / Biso mean: 26.1151 Å2 / Biso min: 5.57 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.383→79.978 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8712 0 15 645 9372
Biso mean--24.58 27.53 -
残基数----1171
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.3834-2.43210.31831410.29062616100
2.4321-2.48490.36631140.2925261299
2.4849-2.54270.32291530.27692601100
2.5427-2.60630.26861190.27082639100
2.6063-2.67680.31751390.2634260099
2.6768-2.75560.2861320.25062625100
2.7556-2.84450.27331490.24522620100
2.8445-2.94620.23011320.23472612100
2.9462-3.06420.26861470.23332625100
3.0642-3.20360.26371150.22762647100
3.2036-3.37250.22231470.21462594100
3.3725-3.58380.2461290.22172627100
3.5838-3.86050.2111480.19832641100
3.8605-4.2490.22991550.19312632100
4.249-4.86380.21351480.18482622100
4.8638-6.12750.23431350.20712668100
6.1275-79.9780.2541560.2269267298

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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