PDB-6trd: Cryo- EM structure of the Thermosynechococcus elongatus photosyst...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6trd

タイトル

Cryo- EM structure of the Thermosynechococcus elongatus photosystem I in the presence of cytochrome c6

要素

(Photosystem I ...

光化学系I) x 12

キーワード

PHOTOSYNTHESIS (光合成) /

Photosystem I (光化学系I) /

P700 /

Cyanobacteria (藍藻)

機能・相同性

機能・相同性情報

photosystem I reaction center /

光化学系I / photosynthetic electron transport in photosystem I /

光化学系I /

chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane /

光合成 / 4 iron, 4 sulfur cluster binding /

electron transfer activity / magnesium ion binding ...
類似検索 - 分子機能

Photosystem I PsaX /

Photosystem I PsaX superfamily / PsaX family /

Photosystem I reaction center subunit PsaK /

Photosystem I reaction centre subunit PsaK /

Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily /

Photosystem I PsaM, reaction centre /

Photosystem I protein M (PsaM) /

Photosystem I reaction centre subunit PsaK superfamily /

Photosystem I psaG and psaK proteins signature. ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)

手法

電子顕微鏡法 /

単粒子再構成法 /

クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.16 Å

データ登録者

Koelsch, A. / Radon, C. / Baumert, A. / Buerger, J. / Mielke, T. / Lisdat, F. / Zouni, A. / Wendler, P.

資金援助

ドイツ, 3件

引用

ジャーナル: Curr.Opin.Struct.Biol. / 年: 2020
タイトル: Current limits of structural biology: The transient interaction between cytochrome c6 and photosystem I
著者: Koelsch, A. / Radon, C. / Golub, M. / Baumert, A. / Burger, J. / Miehlke, T. / Lisdat, F. / Feoktystov, A. / Pieper, J. / Zouni, A. / Wendler, P.

履歴

登録	2019年12月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年9月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release

ムービー	登録構造単位 Jmolによる作画ダウンロード EMマップとの重ね合わせマップデータ: EMDB-10559 UCSF Chimeraによる作画ダウンロードムービービューア
構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6trd.cif.gz	1.6 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6trd.ent.gz	1.5 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6trd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tr/6trd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tr/6trd	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	10559MC 10557C 10558C 6traC 6trcC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6trc-d 4fe1-1 5oy0-d 4fe1-2 6uzv-d 1jb0-1 6pnj-d 5zf0-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (63) #66 - 2005年6月カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase) 類似性 (62) #244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (48) #59 - 2004年11月光化学系II (Photosystem II) 類似性 (3) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (4) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (5) #144 - 2011年12月複合体I (Complex I) 類似性 (5) #137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (2) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (4) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (4)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (63)
#66 - 2005年6月
カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase)
類似性 (62)
#244 - 2020年4月
光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes)
類似性 (48)
#59 - 2004年11月
光化学系II (Photosystem II)
類似性 (3)
#220 - 2018年4月
脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases)
類似性 (4)
#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (5)
#144 - 2011年12月
複合体I (Complex I)
類似性 (5)
#137 - 2011年5月
シトクロムbc1 (Cytochrome bc1)
類似性 (2)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (4)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (4)

登録構造単位

A: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1

B: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2

C: Photosystem I iron-sulfur center

D: Photosystem I reaction center subunit II

E: Photosystem I reaction center subunit IV

F: Photosystem I reaction center subunit III

I: Photosystem I reaction center subunit VIII

J: Photosystem I reaction center subunit IX

K: Photosystem I reaction center subunit PsaK

L: Photosystem I reaction center subunit XI

M: Photosystem I reaction center subunit XII

X: Photosystem I 4.8K protein

a: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1

b: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2

c: Photosystem I iron-sulfur center

d: Photosystem I reaction center subunit II

e: Photosystem I reaction center subunit IV

f: Photosystem I reaction center subunit III

i: Photosystem I reaction center subunit VIII

j: Photosystem I reaction center subunit IX

k: Photosystem I reaction center subunit PsaK

l: Photosystem I reaction center subunit XI

m: Photosystem I reaction center subunit XII

x: Photosystem I 4.8K protein

1: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1

2: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2

3: Photosystem I iron-sulfur center

4: Photosystem I reaction center subunit II

5: Photosystem I reaction center subunit IV

6: Photosystem I reaction center subunit III

7: Photosystem I reaction center subunit VIII

8: Photosystem I reaction center subunit IX

9: Photosystem I reaction center subunit PsaK

0: Photosystem I reaction center subunit XI

y: Photosystem I reaction center subunit XII

z: Photosystem I 4.8K protein

ヘテロ分子

1.08 MDa, 36 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering

-
Photosystem I ... , 12種, 36分子 Aa1Bb2Cc3Dd4Ee5Ff6Ii7Jj8Kk9Ll0...

#1: タンパク質	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / 光化学系I / PsaA 分子量: 83267.773 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア) 参照: UniProt: P0A405, 光化学系I
#2: タンパク質	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / 光化学系I / PsaB 分子量: 83123.648 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア) 参照: UniProt: P0A407, 光化学系I
#3: タンパク質	Photosystem I iron-sulfur center / 光化学系I / 9 kDa polypeptide / PSI-C / Photosystem I subunit VII / PsaC 分子量: 8809.207 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア) 参照: UniProt: P0A415, 光化学系I
#4: タンパク質	Photosystem I reaction center subunit II / 光化学系I / Photosystem I 16 kDa polypeptide / PSI-D 分子量: 15389.494 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア) 参照: UniProt: P0A420
#5: タンパク質	Photosystem I reaction center subunit IV / 光化学系I / Photosystem I 8.1 kDa protein / p30 protein 分子量: 8399.485 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア) 参照: UniProt: P0A423
#6: タンパク質	Photosystem I reaction center subunit III / 光化学系I / PSI-F 分子量: 15129.358 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア) 参照: UniProt: P0A401
#7: タンパク質・ペプチド	Photosystem I reaction center subunit VIII / 光化学系I 分子量: 4325.245 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア) 参照: UniProt: P0A427
#8: タンパク質・ペプチド	Photosystem I reaction center subunit IX / 光化学系I 分子量: 4798.708 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア) 参照: UniProt: P0A429
#9: タンパク質	Photosystem I reaction center subunit PsaK / 光化学系I / Light-harvesting 8.0 kDa polypeptide / Photosystem I subunit X 分子量: 8483.983 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア) 参照: UniProt: P0A425
#10: タンパク質	Photosystem I reaction center subunit XI / 光化学系I / PSI subunit V / PSI-L 分子量: 16287.765 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア) 参照: UniProt: Q8DGB4
#11: タンパク質・ペプチド	Photosystem I reaction center subunit XII / 光化学系I / PSI-M 分子量: 3426.115 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア) 参照: UniProt: P0A403
#12: タンパク質・ペプチド	Photosystem I 4.8K protein / 光化学系I 分子量: 4104.939 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア) 参照: UniProt: Q8DKP6

-
非ポリマー , 9種, 453分子

#13: 化合物	ChemComp-CL0 / CHLOROPHYLL A ISOMER / クロロフィルa 分子量: 893.489 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅₅H₇₂MgN₄O₅
#14: 化合物	... ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A / クロロフィルa 分子量: 893.489 Da / 分子数: 288 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅₅H₇₂MgN₄O₅
#15: 化合物	ChemComp-PQN / PHYLLOQUINONE / VITAMIN K1 / 2-METHYL-3-PHYTYL-1,4-NAPHTHOQUINONE / フィロキノン / フィロキノン分子量: 450.696 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₁H₄₆O₂
#16: 化合物	ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター分子量: 351.640 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄S₄
#17: 化合物	... ChemComp-BCR / BETA-CAROTENE / β-カロチン / Β-カロテン分子量: 536.873 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₀H₅₆
#18: 化合物	ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / Phosphatidylglycerol 分子量: 722.970 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₈H₇₅O₁₀P / コメント: リン脂質*YM
#19: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#20: 化合物	ChemComp-LMG / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE 分子量: 787.158 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₅H₈₆O₁₀
#21: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素

名称: photosystem I

光化学系I / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#12 / 由来: NATURAL

分子量

値: 1 MDa / 実験値: NO

由来(天然)

生物種:

Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)

緩衝液

pH: 8

緩衝液成分

ID	濃度	名称	式	Buffer-ID
1	0.025 mM	Tricineトリシン (緩衝剤)	Tricineトリシン (緩衝剤)	1
2	0.025 mM	sodium chloride塩化ナトリウム	NaCl塩化ナトリウム	1
3	0.02 %	n-Dodecyl beta-D-maltoside	C₂₄H₄₆O₁₁	1

試料

濃度: 0.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: Photosystem I was crosslinked with its electron donor cytochrome c6. Crosslinked particles are monodisperse.

急速凍結

凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI POLARA 300
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
試料ホルダ	凍結剤: NITROGEN
撮影	電子線照射量: 32 e/Å² / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア

ID	名称	バージョン	カテゴリ
4	CTFFIND	4.1.10	CTF補正
7	Coot	0.8.9.1	モデルフィッティング
9	PHENIX	1.15	モデル精密化
10	RELION	3	初期オイラー角割当
11	RELION	3	最終オイラー角割当
13	RELION	3	３次元再構成

CTF補正

詳細: CTFFIND4 was used to estimate contrast transfer function parameters. CTF correction was done in Relion 3.0.
タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

対称性

点対称性: C₁ (非対称)

3次元再構成

解像度: 3.16 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 175999 / 対称性のタイプ: POINT

原子モデル構築

プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL

原子モデル構築

PDB-ID: 1JB0

1jb0

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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