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- PDB-6tr4: Ruminococcus gnavus GH29 fucosidase E1_10125 D221A mutant in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tr4
タイトルRuminococcus gnavus GH29 fucosidase E1_10125 D221A mutant in complex with fucose
要素F5/8 type C domain-containing protein
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / fucosidase / fucose (フコース) / ruminococcus gnavus / GH29
機能・相同性
機能・相同性情報


(Ara-f)3-Hyp beta-L-arabinobiosidase / alpha-L-fucosidase activity / carbohydrate metabolic process / 生体膜
類似検索 - 分子機能
CalX-like domain superfamily / Glycoside hydrolase, family 29 / Alpha-L-fucosidase / Alpha-L-fucosidase / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / F5/8 type C domain / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain / Galactose-binding-like domain superfamily / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-L-fucopyranose / beta-L-fucopyranose / F5/8 type C domain-containing protein / Beta-L-arabinobiosidase
類似検索 - 構成要素
生物種[Ruminococcus] gnavus E1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Owen, C.D. / Wu, H. / Crost, E. / Colvile, A. / Juge, N. / Walsh, M.A.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/M029042 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/J004529/1 英国
引用ジャーナル: Cell.Mol.Life Sci. / 年: 2021
タイトル: Fucosidases from the human gut symbiont Ruminococcus gnavus.
著者: Wu, H. / Rebello, O. / Crost, E.H. / Owen, C.D. / Walpole, S. / Bennati-Granier, C. / Ndeh, D. / Monaco, S. / Hicks, T. / Colvile, A. / Urbanowicz, P.A. / Walsh, M.A. / Angulo, J. / Spencer, D.I.R. / Juge, N.
履歴
登録2019年12月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: F5/8 type C domain-containing protein
B: F5/8 type C domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,32620
ポリマ－123,3302
非ポリマー99618
水27,1491507
1
A: F5/8 type C domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,25711
ポリマ－61,6651
非ポリマー59210
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: F5/8 type C domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,0699
ポリマ－61,6651
非ポリマー4048
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)49.780, 74.060, 76.509
Angle α, β, γ (deg.)82.470, 80.430, 70.410
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 0 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASN / Beg label comp-ID: ASN / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Refine code: 0 / Auth seq-ID: 7 - 512 / Label seq-ID: 7 - 512

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 F5/8 type C domain-containing protein


分子量: 61664.961 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) [Ruminococcus] gnavus E1 (バクテリア)
遺伝子: CDL26_02305 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2N5PIE7, UniProt: A0A6N3BKT0*PLUS

-
糖 , 2種, 3分子

#2: 糖 ChemComp-FUL / beta-L-fucopyranose / beta-L-fucose / 6-deoxy-beta-L-galactopyranose / L-fucose / fucose / 6-DEOXY-BETA-L-GALACTOSE / β-L-フコピラノ-ス / フコース


タイプ: L-saccharide, beta linking / 分子量: 164.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
LFucpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-L-fucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-L-FucpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
FucSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 糖 ChemComp-FUC / alpha-L-fucopyranose / alpha-L-fucose / 6-deoxy-alpha-L-galactopyranose / L-fucose / fucose / α-L-フコピラノ-ス / フコース


タイプ: L-saccharide, alpha linking / 分子量: 164.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
LFucpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-L-fucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-L-FucpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
FucSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 1522分子

#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1507 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.88 %
結晶化温度: 273 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 2 M magnesium chloride, 25% PEG 3350, 0.1 M bis-tris pH 5.5, 10mM 2FL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→69.64 Å / Num. obs: 166349 / % possible obs: 92.7 % / 冗長度: 2 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.06 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.45-1.471.80.111930450660.9550.1110.1573.456.9
7.94-69.5420.029218311010.9950.0290.04128.999.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.2データスケーリング
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
xia2データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4OUE

4oue


解像度: 1.45→69.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 1.687 / SU ML: 0.035 / SU R Cruickshank DPI: 0.0606 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.061 / ESU R Free: 0.06
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1605 8116 4.9 %RANDOM
Rwork0.1406 ---
obs0.1416 158233 92.66 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 52.09 Å2 / Biso mean: 11.7 Å2 / Biso min: 1.62 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.33 Å2-0.02 Å20.07 Å2
2---0.51 Å2-0.04 Å2
3---0.3 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.45→69.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7962 0 48 1507 9517
Biso mean--7.79 23.65 -
残基数----1012
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0138363
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0190.0187353
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4321.65211335
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.7121.59517257
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.29551050
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.725.475442
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.687151453
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.341520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.21085
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.029568
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.021652
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 17888 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.05 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.45→1.488 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.179 381 -
Rwork0.165 7556 -
all-7937 -
obs--59.55 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.09950.08310.03590.52540.13480.2563-0.00030.00440.0129-0.0051-0.0026-0.0075-0.02280.00050.00290.00380.006-0.00250.0214-0.00780.00590.0490.0510.004
20.0496-0.0041-0.00670.45970.11190.25020.0093-0.004-0.008-0.0074-0.0062-0.01010.0160.0057-0.00310.00580.0076-0.00430.0249-0.00820.004812.78937.52136.462
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A7 - 701
2X-RAY DIFFRACTION2B7 - 701

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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