PDB-6tmq: Rapid optimisation of fragments and hits to lead compounds from s...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6tmq

タイトル

Rapid optimisation of fragments and hits to lead compounds from screening of crude reaction mixtures

要素

[Pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase isozyme 2, mitochondrial

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) / OFF-RATE SCREENING /

PDHK /

HSP90 (Hsp90) / SPR / KINASE INHIBITORS / FRAGMENT SCREENING /

CANCER (悪性腫瘍) /

PDK1 /

PDK2 /

PDK3 /

PDK4

機能・相同性

機能・相同性情報

[pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase / regulation of acetyl-CoA biosynthetic process from pyruvate / pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring) kinase activity / : / regulation of cellular ketone metabolic process / regulation of pH / cellular response to nutrient / Regulation of pyruvate dehydrogenase (PDH) complex / Signaling by Retinoic Acid /

regulation of gluconeogenesis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多重同系置換 / 解像度: 2.112 Å

データ登録者

Baker, L.M. / Aimon, A. / Murray, J.B. / Surgenor, A.E. / Matassova, N. / Roughley, S.D. / von Delft, F. / Hubbard, R.E.

引用

ジャーナル: Commun Chem / 年: 2020
タイトル: Rapid optimisation of fragments and hits to lead compounds from screening of crude reaction mixtures
著者: Baker, L.M. / Aimon, A. / Murray, J.B. / Surgenor, A.E. / Matassova, N. / Roughley, S.D. / Collins, P.M. / Krojer, T. / von Delft, F. / Hubbard, R.E.

履歴

登録	2019年12月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年10月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6tmq.cif.gz	146 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6tmq.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6tmq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tm/6tmq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tm/6tmq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6tmpC 6tmzC 6tn0C 6tn2C 6tn4C 6tn5C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6tn2-d 6tmp-d 5ixp-d 5j6a-d 6tmz-d 5m4k-d 5m4m-d 2bu8-d 7c6x-10 6tn0-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#108 - 2008年12月 Hsp90 (Hsp90) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (2) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (2) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (2)

登録構造単位

AAA: [Pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase isozyme 2, mitochondrial

ヘテロ分子

45.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: mass spectrometry

単位格子

Length a, b, c (Å)	110.368, 110.368, 83.863
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	172
Space group name H-M	P6₄

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-339- PHE

#1: タンパク質	[Pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase isozyme 2, mitochondrial / Pyruvate dehydrogenase kinase isoform 2 / PDKII 分子量: 44647.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDK2, PDHK2 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS 参照: UniProt: Q15119, [pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase
#2: 化合物	ChemComp-TF3 / N-(2-AMINOETHYL)-2-{3-CHLORO-4-[(4-ISOPROPYLBENZYL)OXY]PHENYL} ACETAMIDE 分子量: 360.878 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₅ClN₂O₂
#3: 化合物	ChemComp-NMW / [2,4-bis(oxidanyl)phenyl]-[(1~{S})-6,7-dimethoxy-1-pyridin-3-yl-3,4-dihydro-1~{H}-isoquinolin-2-yl]methanone 分子量: 406.431 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₂₂N₂O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド / ジメチルスルホキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 150 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.75 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.8 詳細: 0.1 M Sodium acetate pH 5.8 0.125 M Magnesium chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91587 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91587 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.112→63.038 Å / Num. obs: 19218 / % possible obs: 83.3 % / 冗長度: 10.1 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.127 / Net I/σ(I): 13.8
反射シェル	解像度: 2.112→2.324 Å / R_merge(I) obs: 1.857 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 960 / CC_1/2: 0.571 / % possible all: 69.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多重同系置換 / 解像度: 2.112→63.038 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.913 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.305 / ESU R Free: 0.242 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2343	889	4.626 %
R_work	0.1758	-	-
all	0.178	-	-
obs	-	19218	52.055 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.574 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.14 Å²	-0.07 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.14 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.454 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.112→63.038 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2735	0	59	150	2944

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	2870
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.034	0.017	2651
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.531	1.658	3885
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.363	1.58	6157
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.99	5	338
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.581	22.534	146
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.43	15	492
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.145	15	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	363
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	3139
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.008	0.02	601
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.218	0.2	629
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.224	0.2	2384
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.173	0.2	1391
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.072	0.2	1216
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.154	0.2	131
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.037	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.263	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.23	0.2	51
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.178	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.493	4.639	1358
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.46	4.637	1357
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.304	6.929	1691
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.304	6.933	1692
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.896	5.123	1512
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.895	5.123	1513
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.3	7.506	2193
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.298	7.506	2194
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.882	54.781	3261
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.898	54.754	3250

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)	R_factor all	Fsc free	Fsc work	WR_factor R_work
2.042-2.095		0		0	2702	0
2.095-2.152	0.153	3	0.247	86	2643	3.3674	0.242	0.879	0.856	0.251
2.152-2.215	0.227	12	0.263	236	2582	9.605	0.261	0.809	0.819	0.265
2.215-2.283	0.379	16	0.296	287	2490	12.1687	0.301	0.795	0.788	0.309
2.283-2.358	0.294	22	0.244	569	2438	24.2412	0.246	0.844	0.835	0.242
2.358-2.44	0.33	28	0.24	692	2343	30.7298	0.243	0.843	0.849	0.233
2.44-2.533	0.261	45	0.225	864	2263	40.1679	0.227	0.846	0.86	0.217
2.533-2.636	0.339	46	0.281	884	2185	42.5629	0.284	0.802	0.83	0.275
2.636-2.753	0.362	47	0.235	848	2098	42.6597	0.241	0.828	0.883	0.216
2.753-2.887	0.278	105	0.214	1909	2015	99.9504	0.217	0.869	0.9	0.193
2.887-3.043	0.256	81	0.202	1816	1897	100	0.204	0.888	0.908	0.181
3.043-3.228	0.273	77	0.194	1742	1819	100	0.197	0.907	0.922	0.172
3.228-3.45	0.244	60	0.188	1315	1689	81.4091	0.19	0.917	0.932	0.176
3.45-3.726	0.247	61	0.174	1344	1574	89.263	0.177	0.924	0.94	0.163
3.726-4.081	0.204	69	0.149	1247	1472	89.4022	0.152	0.946	0.961	0.145
4.081-4.562	0.169	65	0.126	1255	1320	100	0.128	0.963	0.972	0.13
4.562-5.266	0.174	43	0.126	1135	1178	100	0.128	0.96	0.972	0.137
5.266-6.444	0.307	45	0.175	947	992	100	0.18	0.907	0.947	0.189
6.444-9.093	0.194	46	0.169	733	779	100	0.171	0.943	0.95	0.19
9.093-95.581	0.232	20	0.213	420	442	99.5475	0.214	0.923	0.932	0.237

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